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Yorodumi- PDB-4g5d: X-ray crystal structure of Prostaglandin f synthase from Leishman... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4g5d | ||||||
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Title | X-ray crystal structure of Prostaglandin f synthase from Leishmania major Friedlin bound to NADPH | ||||||
Components | Prostaglandin f2-alpha synthase/D-arabinose dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / Oxidoreductases; Acting on the CH-OH group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor / prostaglandin biosynthetic process / nucleotide binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Leishmania major (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2015 Title: Structures of prostaglandin F synthase from the protozoa Leishmania major and Trypanosoma cruzi with NADP. Authors: Moen, S.O. / Fairman, J.W. / Barnes, S.R. / Sullivan, A. / Nakazawa-Hewitt, S. / Van Voorhis, W.C. / Staker, B.L. / Lorimer, D.D. / Myler, P.J. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4g5d.cif.gz | 250.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4g5d.ent.gz | 199.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4g5d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4g5d_validation.pdf.gz | 973.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4g5d_full_validation.pdf.gz | 976.7 KB | Display | |
Data in XML | 4g5d_validation.xml.gz | 31.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4g5d_validation.cif.gz | 48.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/4g5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/4g5d | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4f40SC 4fziC 4gieC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32187.525 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Leishmania major (eukaryote) / Strain: Friedlin / Gene: PGFS, LMJF_31_2150 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q4Q646, UniProt: P22045*PLUS, prostaglandin-F synthase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: JCSG+ B8: 10% PEG8000, 200 mM magnesium chloride, 100 mM Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Jul 5, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. all: 63649 / Num. obs: 61422 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 17.594 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 13.36 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4F40 Resolution: 1.8→46.189 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / FOM work R set: 0.8788 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.54 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 56.15 Å2 / Biso mean: 14.454 Å2 / Biso min: 2.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→46.189 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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