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万見
- PDB-4gie: Crystal structure of prostaglandin F synthase from Trypanosoma cr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gie
タイトルCrystal structure of prostaglandin F synthase from Trypanosoma cruzi bound to NADP
要素Prostaglandin F synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Chagas disease / prostaglandin D2 / trypanosomiasis / eukaryotic pathogen / parasite / NADP+ / NADPH / Rutin / Bimatoprost
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / prostaglandin biosynthetic process / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel ...Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 9,11-endoperoxide prostaglandin H2 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Structures of prostaglandin F synthase from the protozoa Leishmania major and Trypanosoma cruzi with NADP.
著者: Moen, S.O. / Fairman, J.W. / Barnes, S.R. / Sullivan, A. / Nakazawa-Hewitt, S. / Van Voorhis, W.C. / Staker, B.L. / Lorimer, D.D. / Myler, P.J. / Edwards, T.E.
履歴
登録2012年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin F synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3943
ポリマ－33,5921
非ポリマー8022
水7,440413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.540, 50.340, 37.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.230, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Prostaglandin F synthase


分子量: 33592.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053511287.49 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4DJ07, prostaglandin-F synthase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.71 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: TrcrA.00019.a.B1 at 20 mg/mL with 2 mM NADP against Index G6: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% PEG3350, cryoprotectant: 15% ethylene glycol, crystal tracking ID 235869g6, ...詳細: TrcrA.00019.a.B1 at 20 mg/mL with 2 mM NADP against Index G6: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% PEG3350, cryoprotectant: 15% ethylene glycol, crystal tracking ID 235869g6, unique puck ID pzu9-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月27日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. all: 80172 / Num. obs: 75887 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 12.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 23.41
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.25-1.280.3695.2933873476781
1.28-1.320.3256.2940448532193.1
1.32-1.360.287.4239987524393.3
1.36-1.40.2448.4939346512693.7
1.4-1.440.219.8538053495294.4
1.44-1.490.17511.8537267483494.7
1.49-1.550.14314.2335754464095.1
1.55-1.610.1216.5134948454395.4
1.61-1.690.10419.0233595435795.8
1.69-1.770.08921.7132217418096
1.77-1.860.07326.1430893401696.4
1.86-1.980.05931.4829083378796.8
1.98-2.110.04836.9127485359597.4
2.11-2.280.04141.3825395334397.6
2.28-2.50.03845.2523678313597.8
2.5-2.80.03448.820935280298.4
2.8-3.230.02954.6618385250098.6
3.23-3.950.02662.316314213398.8
3.95-5.590.02466.5612721168199.3
5.590.02364.1684793297.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FZI

4fzi


解像度: 1.25→29.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 0.86 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1362 3826 5 %RANDOM
Rwork0.1193 ---
obs0.1202 75882 94.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 44.76 Å2 / Biso mean: 9.0386 Å2 / Biso min: 2.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→29.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2309 0 52 413 2774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192521
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022339
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4481.9453449
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79435373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8515315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.64323.594128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.97115418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6041519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022888
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02640
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.38934860
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.053569
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.62855124
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 218 -
Rwork0.17 4543 -
all-4761 -
obs--81.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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