PDB-9ou1: Crystal structure of maize AKR4C13 in P21 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ou1

タイトル

Crystal structure of maize AKR4C13 in P21 space group

要素

Aldose reductase, AKR4C13

キーワード

OXIDOREDUCTASE / aldo-keto reductase superfamily / AKR4C subfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Santos, M.L. / Giuseppe, P.O. / Kiyota, E. / Schmelz, E.A. / Yunes, J.A. / Koch, K.E. / Murakami, M.T. / Aparicio, R. / Sousa, S.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Functional genomics and structural insights into maize aldo-keto reductase-4 family: Stress metabolism and substrate specificity in embryos.
著者: Morais de Sousa, S. / Oliveira de Giuseppe, P. / Murakami, M.T. / Guan, J.C. / Saunders, J.W. / Kiyota, E. / Santos, M.L. / Schmelz, E.A. / Yunes, J.A. / Koch, K.E.

履歴

登録	2025年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2025年7月2日	ID: 5JGY
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ou1.cif.gz	160.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ou1.ent.gz	120.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ou1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ou1_validation.pdf.gz	1022.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ou1_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9ou1_validation.xml.gz	37.1 KB	表示
CIF形式データ	9ou1_validation.cif.gz	53.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/9ou1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/9ou1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Aldose reductase, AKR4C13

B: Aldose reductase, AKR4C13

ヘテロ分子

75.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aldose reductase, AKR4C13

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Aldose reductase, AKR4C13

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.823, 115.370, 56.532
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.247, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Aldose reductase, AKR4C13 / Uncharacterized protein 分子量: 36767.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: AR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9JVD4
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.72 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 15% (w/v) PEG 1500 and 0.1 M SPG buffer pH 4.5 added by 0.01 M of beta-NADP+

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→57.65 Å / Num. obs: 120277 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 11.37
反射シェル	解像度: 1.45→1.54 Å / R_merge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 19245 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→39.728 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 1.216 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.183	5905	5.008 %
R_work	0.1592	112014	-
all	0.16	-	-
obs	-	117919	99.953 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.675 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.041 Å²	-0 Å²	-0.062 Å²
2-	-	-0.057 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.042 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→39.728 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4848	0	140	695	5683

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	5231
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4951
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.854	1.851	7087
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.64	1.786	11441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.182	5	637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.592	5	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	2.157	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.88	10	905
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.793	10	233
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	4529
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2507
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	464
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.184	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.245	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.547	1.491	2518
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.543	1.491	2518
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.233	2.682	3162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.235	2.682	3163
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.891	1.786	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.89	1.786	2714
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.462	3.096	3924
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.461	3.096	3925
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.823	19.321	6089
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.714	19.218	6004

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.45-1.488	0.307	427	0.289	8268	0.29	8697	0.935	0.94	99.977	0.276
1.488-1.528	0.254	395	0.252	8096	0.252	8500	0.953	0.953	99.8941	0.234
1.528-1.573	0.236	405	0.224	7839	0.225	8244	0.963	0.964	100	0.203
1.573-1.621	0.226	373	0.211	7591	0.212	7971	0.964	0.968	99.9122	0.188
1.621-1.674	0.22	417	0.188	7358	0.19	7776	0.967	0.976	99.9871	0.164
1.674-1.733	0.209	394	0.173	7113	0.175	7510	0.97	0.98	99.9601	0.149
1.733-1.798	0.202	362	0.158	6876	0.16	7238	0.973	0.984	100	0.135
1.798-1.871	0.195	330	0.147	6646	0.149	6982	0.976	0.986	99.9141	0.13
1.871-1.954	0.174	365	0.144	6339	0.145	6704	0.981	0.987	100	0.127
1.954-2.049	0.168	334	0.145	6074	0.147	6411	0.982	0.987	99.9532	0.133
2.049-2.16	0.176	325	0.142	5767	0.144	6093	0.982	0.988	99.9836	0.131
2.16-2.29	0.176	306	0.14	5432	0.142	5739	0.981	0.988	99.9826	0.131
2.29-2.448	0.169	275	0.129	5186	0.131	5463	0.984	0.99	99.9634	0.123
2.448-2.643	0.169	237	0.136	4776	0.138	5014	0.983	0.988	99.9801	0.132
2.643-2.894	0.155	210	0.137	4433	0.138	4643	0.985	0.988	100	0.136
2.894-3.234	0.171	221	0.151	4002	0.152	4227	0.982	0.986	99.9054	0.153
3.234-3.73	0.162	179	0.148	3543	0.148	3723	0.986	0.988	99.9731	0.155
3.73-4.558	0.141	164	0.134	3000	0.134	3165	0.988	0.99	99.9684	0.15
4.558-6.404	0.183	119	0.166	2343	0.167	2462	0.986	0.989	100	0.187
6.404-39.728	0.23	67	0.208	1332	0.209	1406	0.981	0.977	99.5021	0.238

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