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- PDB-5k87: crystal structure of malonate bound to methylaconitate isomerase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k87
タイトルcrystal structure of malonate bound to methylaconitate isomerase PrpF from Shewanella oneidensis
要素2-methyl-aconitate isomerase
キーワードISOMERASE / PrpF methylaconitate isomerase 2-MMC
機能・相同性
機能・相同性情報


intramolecular oxidoreductase activity, transposing C=C bonds / propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位
類似検索 - 分子機能
2-methyl-aconitate isomerase PrpF / PrpF protein / PrpF protein / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / 2-methyl-aconitate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.219 Å
データ登録者Rayment, I. / Wetterhorn, K.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: The PrpF protein of Shewanella oneidensis MR-1 catalyzes the isomerization of 2-methyl-cis-aconitate during the catabolism of propionate via the AcnD-dependent 2-methylcitric acid cycle.
著者: Rocco, C.J. / Wetterhorn, K.M. / Garvey, G.S. / Rayment, I. / Escalante-Semerena, J.C.
履歴
登録2016年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-methyl-aconitate isomerase
B: 2-methyl-aconitate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,9816
ポリマ－83,5732
非ポリマー4084
水20,0511113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area27570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.825, 103.393, 78.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 2-methyl-aconitate isomerase / Cis-trans isomerase


分子量: 41786.348 Da / 分子数: 2 / 変異: K73E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: prpF, SO_0342 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8EJW4, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位
#2: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.36 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES pH 6.0, 136 mM sodium malonate, 15% polyethylene glycol 4000 (PEG 4K)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→50 Å / Num. obs: 227930 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 49.5
反射 シェル解像度: 1.22→1.24 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2pvz

2pvz


解像度: 1.219→31.36 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1819 10804 5.05 %Random selection
Rwork0.1628 ---
obs0.1638 213736 90.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.219→31.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5697 0 28 1113 6838
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066047
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.088261
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1592194
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069951
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051105
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2185-1.23240.28371180.23392166X-RAY DIFFRACTION29
1.2324-1.24690.25111550.23432942X-RAY DIFFRACTION40
1.2469-1.26210.26092100.23893932X-RAY DIFFRACTION52
1.2621-1.27810.27062810.23695180X-RAY DIFFRACTION70
1.2781-1.29490.24723380.2316282X-RAY DIFFRACTION84
1.2949-1.31260.2593530.22696736X-RAY DIFFRACTION92
1.3126-1.33140.23553640.22137098X-RAY DIFFRACTION94
1.3314-1.35130.23733580.21347097X-RAY DIFFRACTION95
1.3513-1.37240.20993650.20457209X-RAY DIFFRACTION96
1.3724-1.39490.20183700.20087302X-RAY DIFFRACTION97
1.3949-1.41890.21973580.19487241X-RAY DIFFRACTION97
1.4189-1.44470.23463830.18917275X-RAY DIFFRACTION97
1.4447-1.47250.20453850.18497233X-RAY DIFFRACTION97
1.4725-1.50260.19193680.18017299X-RAY DIFFRACTION97
1.5026-1.53520.19833940.18287274X-RAY DIFFRACTION97
1.5352-1.5710.19713680.17687236X-RAY DIFFRACTION96
1.571-1.61020.20583830.1737329X-RAY DIFFRACTION98
1.6102-1.65380.18513990.1717288X-RAY DIFFRACTION98
1.6538-1.70240.18664100.17387335X-RAY DIFFRACTION98
1.7024-1.75740.19024350.16917284X-RAY DIFFRACTION98
1.7574-1.82020.1783840.17027395X-RAY DIFFRACTION99
1.8202-1.89310.18823920.16537402X-RAY DIFFRACTION99
1.8931-1.97920.16063970.16837264X-RAY DIFFRACTION97
1.9792-2.08350.17524180.16077391X-RAY DIFFRACTION99
2.0835-2.2140.18364280.15767406X-RAY DIFFRACTION99
2.214-2.38490.18484050.16137444X-RAY DIFFRACTION99
2.3849-2.62480.18253850.16387475X-RAY DIFFRACTION99
2.6248-3.00440.18514290.16577362X-RAY DIFFRACTION98
3.0044-3.78420.16743700.14167532X-RAY DIFFRACTION100
3.7842-31.37050.14964010.13227523X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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