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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pvz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of methylaconitate isomerase PrpF from Shewanella oneidensis | ||||||
要素 | PrpF methylaconitate isomerase | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / propionate catabolism / diaminopimelate epimerase like / aconitate binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intramolecular oxidoreductase activity, transposing C=C bonds / propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Shewanella oneidensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Garvey, G.S. / Rayment, I.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007 タイトル: The three-dimensional crystal structure of the PrpF protein of Shewanella oneidensis complexed with trans-aconitate: insights into its biological function. 著者: Garvey, G.S. / Rocco, C.J. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pvz.cif.gz | 169.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pvz.ent.gz | 137.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pvz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/2pvz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/2pvz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a homodimer. There is one homodimer in the asymetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41734.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 遺伝子: PrpF / プラスミド: pPRP196 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8EJW4 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.79 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 300-350 mM NaCl, 21-24% methyl ether poly(ethylene glycol) 5000, buffered with 100 mM triethanolamine (pH 8.0 at 25 C). , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.964108 Å |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2005年4月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.964108 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→75.81 Å / Num. obs: 204015 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 21.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.02 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / Num. unique all: 3643 / % possible all: 95.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→75.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.669 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.034 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→75.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
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