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- PDB-4p16: Crystal structure of the papain-like protease of Middle-East Resp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p16
タイトルCrystal structure of the papain-like protease of Middle-East Respiratory Syndrome coronavirus
要素ORF1a
キーワードHYDROLASE / MERS-CoV / Papain-like protease / deubiquitinase
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA capping enzyme complex / host cell membrane / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / methyltransferase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / endonuclease activity ...mRNA capping enzyme complex / host cell membrane / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / methyltransferase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / endonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / methylation / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / methyltransferase cap1 activity / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / regulation of autophagy / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Papain-like viral protease, N-terminal domain / Papain-like viral protease, thumb domain / Jelly Rolls - #1680 / RNA-dependent RNA polymerase, Middle East respiratory syndrome-related coronavirus / Non-structural protein 2, MERS-CoV-like / NSP3, SUD-C domain, MERS-CoV-like / AAA domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ubiquitin-like (UB roll) / Nonstructural protein 14, betacoronavirus ...Papain-like viral protease, N-terminal domain / Papain-like viral protease, thumb domain / Jelly Rolls - #1680 / RNA-dependent RNA polymerase, Middle East respiratory syndrome-related coronavirus / Non-structural protein 2, MERS-CoV-like / NSP3, SUD-C domain, MERS-CoV-like / AAA domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ubiquitin-like (UB roll) / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ORF1ab polyprotein / ORF1a
類似検索 - 構成要素
生物種Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lei, J. / Mesters, J.R. / Ma, Q. / Hilgenfeld, R.
資金援助European Union, ドイツ, 3件
組織認可番号国
European CommissionHEALTH-F3-2010-260644European Union
German Center for Infection Research (DZIF) ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 306 ドイツ
引用ジャーナル: Antiviral Res. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the papain-like protease of MERS coronavirus reveals unusual, potentially druggable active-site features.
著者: Lei, J. / Mesters, J.R. / Drosten, C. / Anemuller, S. / Ma, Q. / Hilgenfeld, R.
履歴
登録2014年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Data collection
改定 1.22014年8月6日Group: Database references
改定 1.32014年8月27日Group: Data collection
改定 1.42020年1月15日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.country ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3132
ポリマ－36,2481
非ポリマー651
水82946
1
A: ORF1a
ヘテロ分子

A: ORF1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6264
ポリマ－72,4952
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area28320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.891, 47.666, 88.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ORF1a


分子量: 36247.727 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1482-1801 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス)
遺伝子: orf1ab
発現宿主: E.coli-K.pastoris shuttle vector pPpB1GAP (その他)
参照: UniProt: K4LC41, UniProt: K0BWD0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.056 M sodium dihydrogenphosphate monohydrate (NaH2PO4), 1.344 M potassium monohydrogenphosphate (K2HPO4), pH 8.0, and 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→42.6 Å / Num. obs: 12337 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 59.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.4 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FE8

2fe8


解像度: 2.5→42.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8636 / SU R Cruickshank DPI: 0.488 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.471 / SU Rfree Blow DPI: 0.258 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.263
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2336 591 4.79 %RANDOM
Rwork0.1869 ---
obs0.1893 12337 98.66 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.9825 Å20 Å28.0262 Å2
2---34.4685 Å20 Å2
3---27.486 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.342 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→42.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2451 0 1 46 2498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012512HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.133404HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d860SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes55HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes364HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2512HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.87
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.64
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion325SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2812SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.74 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3026 140 4.87 %
Rwork0.2358 2733 -
all0.2391 2873 -
obs--98.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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