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- PDB-7sfx: 10A1 Fab in complex with CD99 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sfx
タイトル10A1 Fab in complex with CD99 peptide
要素
  • 10A1 Fab heavy chain
  • 10A1 Fab light chain
  • CD99 antigen peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / tumor antigen / cytotoxic antibody / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of neutrophil extravasation / T cell extravasation / homotypic cell-cell adhesion / Cell surface interactions at the vascular wall / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / focal adhesion / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CD99 antigen-like protein 2 / CD99 antigen like protein 2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Romero, L.A. / Hattori, T. / Koide, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: High-valency Anti-CD99 Antibodies Toward the Treatment of T Cell Acute Lymphoblastic Leukemia.
著者: Romero, L.A. / Hattori, T. / Ali, M.A.E. / Ketavarapu, G. / Koide, A. / Park, C.Y. / Koide, S.
履歴
登録2021年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 10A1 Fab heavy chain
D: 10A1 Fab light chain
F: CD99 antigen peptide
A: 10A1 Fab heavy chain
B: 10A1 Fab light chain
E: CD99 antigen peptide
G: 10A1 Fab heavy chain
H: 10A1 Fab light chain
J: 10A1 Fab heavy chain
K: 10A1 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,85910
ポリマ－201,85910
非ポリマー00
水18010
1
C: 10A1 Fab heavy chain
D: 10A1 Fab light chain
F: CD99 antigen peptide


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation, Yeast binding assay: Mutations to alanine on the 10A1 Fab heavy and light chain CDRs identified residues critical for CD99 binding. 10A1 and 10A1 alanine-mutants were ...根拠: immunoprecipitation, Yeast binding assay: Mutations to alanine on the 10A1 Fab heavy and light chain CDRs identified residues critical for CD99 binding. 10A1 and 10A1 alanine-mutants were displayed on yeast in the single chain Fv format and binding towards the extracellular domain of recombinant CD99 detected., immunoprecipitation, Yeast binding assay: C-terminal truncations of the extracellular domain of CD99 containing residues 23-72 and 23-82 confirm the epitope region for clone 10A1 is similar to parental clone. 10A1 scFv was displayed on yeast and binding towards the extracellular domain of recombinant CD99 detected.
  • 51.3 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2683
ポリマ－51,2683
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 10A1 Fab heavy chain
B: 10A1 Fab light chain
E: CD99 antigen peptide


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation, Yeast binding assay: Mutations to alanine on the 10A1 Fab heavy and light chain CDRs identified residues critical for CD99 binding. 10A1 and 10A1 alanine-mutants were ...根拠: immunoprecipitation, Yeast binding assay: Mutations to alanine on the 10A1 Fab heavy and light chain CDRs identified residues critical for CD99 binding. 10A1 and 10A1 alanine-mutants were displayed on yeast in the single chain Fv format and binding towards the extracellular domain of recombinant CD99 detected., immunoprecipitation, Yeast binding assay: C-terminal truncations of the extracellular domain of CD99 containing residues 23-72 and 23-82 confirm the epitope region for clone 10A1 is similar to parental clone. 10A1 scFv was displayed on yeast and binding towards the extracellular domain of recombinant CD99 detected.
  • 51.3 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2683
ポリマ－51,2683
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: 10A1 Fab heavy chain
H: 10A1 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6622
ポリマ－49,6622
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: 10A1 Fab heavy chain
K: 10A1 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6622
ポリマ－49,6622
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.410, 131.550, 119.811
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.116, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: 抗体
10A1 Fab heavy chain


分子量: 26469.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体
10A1 Fab light chain


分子量: 23192.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド CD99 antigen peptide / 12E7 / E2 antigen / Protein MIC2 / T-cell surface glycoprotein E2


分子量: 1605.768 Da / 分子数: 2 / Fragment: sequence database residues 63-76 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14209
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.83 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M HEPES, pH 7.3, 25% PEG3350, and 0.1 M L-Proline

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月30日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 36430 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.157 / Χ2: 0.923 / Net I/σ(I): 10.97
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.35 / Num. unique obs: 1834 / CC1/2: 0.868 / CC star: 0.964 / Rpim(I) all: 0.198 / Rrim(I) all: 0.456 / Χ2: 0.865 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2xza

2xza


解像度: 3.1→46.38 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 187.38 / 位相誤差: 34.1706
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 1882 5.22 %
Rwork0.2262 34177 -
obs0.2318 36059 97.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→46.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13136 0 0 10 13146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006313450
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.055218353
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05312084
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00832353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.79421852
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.180.33091440.29662392X-RAY DIFFRACTION85.37
3.18-3.280.34571390.29352633X-RAY DIFFRACTION92.71
3.28-3.380.28751270.28532652X-RAY DIFFRACTION94.21
3.38-3.50.28931390.2772649X-RAY DIFFRACTION93.54
3.5-3.640.27251390.26572604X-RAY DIFFRACTION91.56
3.64-3.810.27091360.25562642X-RAY DIFFRACTION94.39
3.81-4.010.23841680.24322661X-RAY DIFFRACTION93.47
4.01-4.260.20431110.21662678X-RAY DIFFRACTION95.34
4.26-4.590.21571750.20182643X-RAY DIFFRACTION92.83
4.59-5.050.22541280.18262652X-RAY DIFFRACTION93.05
5.05-5.780.23981150.19422684X-RAY DIFFRACTION95.38
5.78-7.280.21891500.21892661X-RAY DIFFRACTION92.72
7.28-46.380.26991760.22242661X-RAY DIFFRACTION91.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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