PDB-7sf4: M. tb EgtD in complex with imatinib

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sf4

タイトル

M. tb EgtD in complex with imatinib

要素

Histidine N-alpha-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Ergothioneine biosynthesis pathway / Rossmann fold domain / histidine binding site / SAM dependent methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

ergothioneine biosynthetic process / L-histidine Nalpha-methyltransferase / : / aminoacyl-tRNA ligase activity / protein methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Sudasinghe, T.D. / Ronning, D.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Inhibitors of Mycobacterium tuberculosis EgtD target both substrate binding sites to limit hercynine production.
著者: Sudasinghe, T.D. / Banco, M.T. / Ronning, D.R.

履歴

登録	2021年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sf4.cif.gz	259.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sf4.ent.gz	209.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sf4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7sf4_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7sf4_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7sf4_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	7sf4_validation.cif.gz	35.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/7sf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/7sf4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7scfC 7sewC 7sexC 7seyC 7sf5C 4uy5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7sf5-2 7sf5-1 6fnt-2 4pim-1 7scf-2 6fnr-2 7sex-d 3f9q-d 7ntd-1 6in9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histidine N-alpha-methyltransferase

B: Histidine N-alpha-methyltransferase

ヘテロ分子

72 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histidine N-alpha-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histidine N-alpha-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.980, 71.131, 144.557
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 1 through 321 or resid 401 through 403 or resid 405 through 406))
2	1	(chain B and (resid 1 through 321 or resid 401 through 402 or resid 404 through 405))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain A and (resid 1 through 321 or resid 401 through 403 or resid 405 through 406))	A	A	1 - 321	1 - 321
1	2	XDK	XDK	GOL	GOL	(chain A and (resid 1 through 321 or resid 401 through 403 or resid 405 through 406))	A	C - E	401 - 403
1	3	EDO	EDO	EDO	EDO	(chain A and (resid 1 through 321 or resid 401 through 403 or resid 405 through 406))	A	G - H	405 - 406
2	1	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain B and (resid 1 through 321 or resid 401 through 402 or resid 404 through 405))	B	B	1 - 321	1 - 321
2	2	XDK	XDK	GOL	GOL	(chain B and (resid 1 through 321 or resid 401 through 402 or resid 404 through 405))	B	N - O	401 - 402
2	3	GOL	GOL	EDO	EDO	(chain B and (resid 1 through 321 or resid 401 through 402 or resid 404 through 405))	B	Q - R	404 - 405

#1: タンパク質	Histidine N-alpha-methyltransferase / Histidine trimethyltransferase 分子量: 35314.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: egtD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A045KE74, L-histidine Nalpha-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-XDK / 2-AMINO-4-PYRIDYL-PYRIMIDINE / 4-(3-ピリジル)ピリミジン-2-アミン分子量: 172.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M potassium phosphate dibasic and 20 % w/v polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→50.7 Å / Num. obs: 28869 / % possible obs: 96.77 % / 冗長度: 1 % / B_iso Wilson estimate: 29.82 Å² / CC_1/2: 0.95 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.39→2.45 Å / Num. unique obs: 690 / CC_1/2: 0.952

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UY5

4uy5

解像度: 2.39→50.7 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2636	2002	6.93 %
R_work	0.2207	26867	-
obs	0.2237	28869	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.15 Å² / B_iso mean: 34.3192 Å² / B_iso min: 22.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.39→50.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4974	0	94	178	5246
B_iso mean	-	-	40.66	34.7	-
残基数	-	-	-	-	642

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1995	X-RAY DIFFRACTION	6.283	TORSIONAL
1	2	B	1995	X-RAY DIFFRACTION	6.283	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.39-2.45	0.3569	139	0.3216	1871	2010	99
2.45-2.52	0.3617	136	0.2967	1884	2020	100
2.52-2.59	0.3135	145	0.2833	1891	2036	100
2.59-2.67	0.3507	140	0.2769	1890	2030	100
2.67-2.77	0.3229	139	0.2677	1892	2031	100
2.77-2.88	0.3131	140	0.2549	1914	2054	100
2.88-3.01	0.2753	143	0.242	1879	2022	100
3.01-3.17	0.3002	141	0.2301	1923	2064	100
3.17-3.37	0.3145	148	0.2137	1897	2045	100
3.37-3.63	0.2368	142	0.2004	1932	2074	100
3.63-3.99	0.2412	142	0.1935	1921	2063	100
3.99-4.57	0.2119	145	0.1731	1941	2086	100
4.57-5.76	0.2211	143	0.2017	1979	2122	100
5.76-50.7	0.2114	159	0.1974	2053	2212	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 12.1218 Å / Origin y: 40.8504 Å / Origin z: -18.1202 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2238 Å²	0.028 Å²	0.0103 Å²	-	0.2598 Å²	-0.0126 Å²	-	-	0.2176 Å²
L	0.2054 °²	0.0454 °²	0.0054 °²	-	0.187 °²	-0.0388 °²	-	-	0.0977 °²
S	-0.0044 Å °	0.0486 Å °	-0.04 Å °	0.0094 Å °	0.0136 Å °	-0.0318 Å °	0.0452 Å °	0.0675 Å °	-0.0127 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 321
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	401 - 411
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 321
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	401 - 405
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	405 - 649
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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