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- PDB-7seg: Crystal structure of the complex of CD16A bound by an anti-CD16A Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7seg
タイトルCrystal structure of the complex of CD16A bound by an anti-CD16A Fab
要素
  • Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A
  • anti-CD16A Fab heavy chain
  • anti-CD16a Fab light chain
キーワードANTITUMOR PROTEIN / antibody (抗体) / fragment / CD16a / fab
機能・相同性
機能・相同性情報


immune receptor activity / low-affinity IgG receptor activity / IgG receptor activity / natural killer cell degranulation / Fc-gamma receptor III complex / Fc-gamma receptor signaling pathway / マクロファージ / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / 抗体依存性細胞傷害 ...immune receptor activity / low-affinity IgG receptor activity / IgG receptor activity / natural killer cell degranulation / Fc-gamma receptor III complex / Fc-gamma receptor signaling pathway / マクロファージ / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / 抗体依存性細胞傷害 / IgG binding / positive regulation of natural killer cell proliferation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / calcium-mediated signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell surface receptor signaling pathway / 免疫応答 / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.156 Å
データ登録者Kiefer, J.R. / Wallweber, H.A. / Polson, A.G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Leukemia / 年: 2022
タイトル: A BCMA/CD16A bispecific innate cell engager for the treatment of multiple myeloma.
著者: Kakiuchi-Kiyota, S. / Ross, T. / Wallweber, H.A. / Kiefer, J.R. / Schutten, M.M. / Adedeji, A.O. / Cai, H. / Hendricks, R. / Cohen, S. / Myneni, S. / Liu, L. / Fullerton, A. / Corr, N. / Yu, ...著者: Kakiuchi-Kiyota, S. / Ross, T. / Wallweber, H.A. / Kiefer, J.R. / Schutten, M.M. / Adedeji, A.O. / Cai, H. / Hendricks, R. / Cohen, S. / Myneni, S. / Liu, L. / Fullerton, A. / Corr, N. / Yu, L. / de Almeida Nagata, D. / Zhong, S. / Leong, S.R. / Li, J. / Nakamura, R. / Sumiyoshi, T. / Li, J. / Ovacik, A.M. / Zheng, B. / Dillon, M. / Spiess, C. / Wingert, S. / Rajkovic, E. / Ellwanger, K. / Reusch, U. / Polson, A.G.
履歴
登録2021年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: anti-CD16a Fab light chain
H: anti-CD16A Fab heavy chain
B: anti-CD16a Fab light chain
A: anti-CD16A Fab heavy chain
D: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A
C: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,71711
ポリマ－145,5376
非ポリマー1,1805
水3,567198
1
L: anti-CD16a Fab light chain
H: anti-CD16A Fab heavy chain
C: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3036
ポリマ－72,7683
非ポリマー5353
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: anti-CD16a Fab light chain
A: anti-CD16A Fab heavy chain
D: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4145
ポリマ－72,7683
非ポリマー6462
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.307, 220.560, 70.825
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.550, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 DC

#3: タンパク質 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A / CD16a antigen / Fc-gamma RIII-alpha / Fc-gamma RIII / Fc-gamma RIIIa / FcRIII / FcRIIIa / FcR-10 / ...CD16a antigen / Fc-gamma RIII-alpha / Fc-gamma RIII / Fc-gamma RIIIa / FcRIII / FcRIIIa / FcR-10 / IgG Fc receptor III-2


分子量: 20456.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGR3A, CD16A, FCG3, FCGR3, IGFR3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Tni Pro / 参照: UniProt: P08637

-
抗体 , 2種, 4分子 LBHA

#1: 抗体 anti-CD16a Fab light chain


分子量: 25662.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): 69F8
#2: 抗体 anti-CD16A Fab heavy chain


分子量: 26649.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): 69F8

-
糖 , 2種, 4分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 199分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH5.5, 0.2M MgCl2, 0.01M Betaine HCl, 25% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,h+l / Fraction: 0.33
反射解像度: 2.15→35 Å / Num. obs: 64779 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 0.956 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 184828
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.15-2.191.70.55222090.4350.4790.7340.46264.1
2.19-2.231.80.58126200.4520.4790.7570.51275.6
2.23-2.2720.54629970.5090.4420.7070.52785
2.27-2.322.20.53429810.5460.4210.6840.50986.5
2.32-2.372.50.50733190.6010.3780.6360.47694.8
2.37-2.422.70.43933810.7220.3120.5410.51897
2.42-2.482.80.40233900.7660.2780.4910.53497.5
2.48-2.552.90.35733830.8210.2440.4340.52897.8
2.55-2.622.90.31133870.8530.2120.3780.58997
2.62-2.712.90.26833880.890.1830.3260.62996.8
2.71-2.812.80.21932630.9160.1520.2680.75492.8
2.81-2.9230.18933440.9360.1280.2290.82596.7
2.92-3.053.10.16533820.9470.1090.1980.88896.7
3.05-3.213.10.13533560.9640.090.1631.09796.2
3.21-3.413.20.11433260.9730.0750.1371.22796.3
3.41-3.683.10.09433090.9790.0630.1141.46593.8
3.68-4.043.40.08434090.9840.0530.11.42198.6
4.04-4.633.40.06934710.9880.0440.0821.43498.6
4.63-5.833.30.06433890.990.0410.0771.31596.4
5.83-353.40.06834750.9910.0440.0811.51398.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 14EJ

14ej


解像度: 2.156→33.885 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 75.31 / 位相誤差: 35.78 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2339 3341 5.16 %
Rwork0.1894 61391 -
obs0.1938 64736 91.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 163.51 Å2 / Biso mean: 48.4284 Å2 / Biso min: 23.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.156→33.885 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9068 0 76 198 9342
Biso mean--59.3 38.62 -
残基数----1186
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1638-2.20110.2875830.29321800188353
2.2011-2.24110.28771440.28162550269473
2.2411-2.28410.3051450.27332905305082
2.2841-2.33070.31551430.27642834297783
2.3307-2.38120.28911910.27763168335989
2.3812-2.43650.24481750.26873174334992
2.4365-2.49740.26441820.25933201338392
2.4974-2.56470.27611650.24913231339693
2.5647-2.640.32041630.25413252341592
2.64-2.7250.32071730.24843210338392
2.725-2.82210.29051480.24273131327989
2.8221-2.93480.28751790.23853129330891
2.9348-3.06790.26281680.23063232340092
3.0679-3.22890.27031700.21463166333691
3.2289-3.43020.27951360.19763197333392
3.4302-3.69350.2161740.18043145331989
3.6935-4.06210.21381600.16223228338893
4.0621-4.64310.15831480.12983306345494
4.6431-5.82410.21381500.13683246339692
5.8241-19.57250.19541670.1573286345393
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.01581.82641.32792.9481.05170.6657-0.0195-0.05120.11140.1133-0.16940.40380.0956-0.25750.00170.24680.0203-0.00050.6367-0.06940.4083-4.66416.135141.57
22.0196-0.39330.46182.5907-0.02251.2027-0.04840.0066-0.07390.5628-0.0147-0.07720.2666-0.0904-0.00010.4084-0.0177-0.02960.5842-0.01770.31314.885-18.001135.885
30.74850.533-0.11871.30820.70920.8086-0.00230.0532-0.0635-0.017-0.0739-0.2640.04970.1169-00.2120.0387-0.02290.5549-0.03360.312818.91919.801142.692
40.8387-0.01960.32621.5584-0.35731.2848-0.0594-0.0443-0.18320.72270.0983-0.4189-0.0311-0.21440.02390.22790.02510.01980.5831-0.04810.319313.99122.89150.664
50.6851-0.38040.07061.37070.99550.95890.04440.0461-0.15080.5037-0.1207-0.1638-0.15280.085200.33310.0094-0.08210.5171-0.10380.366720.72118.086151.271
60.50570.31430.21340.493-0.22160.5033-0.05670.2066-0.02920.0124-0.04250.1441-0.1316-0.0134-0.00010.25490.02-0.05870.4557-0.02180.254111.9620.776142.893
70.79820.5379-0.75961.35440.25781.2779-0.06880.3446-0.04470.1610.1267-0.11330.24310.1813-0.00030.2530.033-0.02520.5064-0.03140.33915.814-7.957131.78
80.7563-0.2089-0.19441.331-0.84121.0770.06020.1776-0.4137-0.08390.064-0.37360.3315-0.10990.00040.23690.013-0.02330.5848-0.07890.371616.386-9.664123.605
90.3615-0.917-0.38582.70941.19550.601-0.1529-0.53690.3243-0.7818-0.16880.7022-0.3545-0.0165-0.28910.13130.0678-0.00480.7622-0.05920.5168-8.054-11.20397.36
10-0.01320.0121-0.0110.14590.12340.04580.26650.4642-0.2761-0.3487-0.6370.69260.0682-0.682-0.00170.43660.0605-0.1340.713-0.11960.4299-9.128-18.93390.852
111.5362-0.5605-0.77131.9911-0.80491.22690.0094-0.18520.0837-0.0549-0.03430.54140.1537-0.36160.00010.28060.0036-0.05740.5255-0.0440.4337-3.933-21.279101.79
120.3272-0.1875-0.46840.63990.16210.50740.0645-0.21430.19610.17390.0510.15230.38630.08140.00450.2451-0.0237-0.00810.6835-0.10290.3732-2.715-14.861102.912
130.8491-0.01150.32570.32720.02580.06680.11380.1119-0.1428-0.5322-0.52260.3899-0.2787-0.7782-0.01170.3091-0.0226-0.01940.5414-0.09210.3844-3.044-9.06198.794
142.5578-0.4403-0.05592.30140.56921.2234-0.0450.2730.2716-0.33240.1401-0.1172-0.2646-0.12060.00030.382-0.01130.00040.6067-0.01590.35195.24617.919105.731
152.01920.10510.24362.13560.70340.428-0.0116-0.0157-0.0253-0.2460.0518-0.18460.00990.0212-00.31320.0090.01340.486-0.02850.279318.391-19.8694.052
160.1426-0.3626-0.02710.7372-0.2020.18870.10420.0582-0.0598-0.09970.1369-0.17250.11340.1350.00790.2903-0.03010.05560.4947-0.00120.335310.269-23.68198.812
170.1993-0.03610.08230.1930.30250.4521-0.15770.14340.2122-0.18930.1507-0.4266-0.1580.2105-0.00630.23220.02910.03810.5428-0.04030.454523.683-0.75698.693
180.07490.34620.05660.9178-0.08051.7318-0.0716-0.1420.0336-0.15430.0657-0.0515-0.48650.32150.00890.2659-0.02990.01880.5324-0.03880.398415.2669.729113.143
191.18450.26910.9392.6201-1.14741.4418-0.1141-0.12020.02920.17870.1094-0.0941-0.2382-0.05460.00010.29-0.0036-0.01620.5072-0.06360.323515.0148.251114.999
200.3787-0.03140.35761.2562-0.60310.6151-0.1127-0.41350.2756-0.12850.07450.0827-0.08670.011-0.00010.42380.0608-0.06280.7088-0.04170.402111.63-46.79998.864
210.43740.26240.08860.8002-0.77590.9776-0.0395-1.18250.17960.431-0.07360.5866-0.75860.35020.01160.4804-0.00870.00270.957-0.00950.580812.855-49.13112.481
220.1939-0.23-0.10250.40730.11140.2745-0.0143-0.7546-0.51070.0356-0.1158-0.02010.06810.46910.00030.37820.068-0.03210.6635-0.01060.475517.773-53.492106.296
230.37940.24780.10860.5586-0.12450.1336-0.2046-0.6402-0.41840.5620.42320.30370.53490.262-0.00090.56420.1260.02140.70260.02260.50468.542-53.913108.28
240.1861-0.20580.19510.1869-0.17030.1436-0.1067-0.0842-0.15880.1334-0.2011-0.24060.18520.40950.00060.39450.0696-0.07880.6509-0.03430.455913.658-50.52489.06
250.17270.1165-0.08840.0904-0.05050.02890.4279-0.454-0.5999-0.1746-0.4110.3523-0.0292-0.45060.00330.5295-0.049-0.06620.71770.15360.6231-2.348-42.46492.281
260.0697-0.1536-0.06010.6399-0.12450.25130.51440.3658-0.3842-0.5713-0.2288-0.0393-0.21480.54690.00030.6251-0.0155-0.03460.6329-0.05940.376914.077-41.52382.519
270.4773-0.54840.37720.656-0.330.60330.18240.3216-0.6149-0.1689-0.17890.1929-0.12970.16710.00190.49540.034-0.08060.7385-0.09730.37375.092-36.13581.78
280.1608-0.20850.10110.95860.19410.20850.3699-0.01440.1356-0.24630.0027-0.4590.26860.42210.00020.65640.1119-0.10990.7148-0.12870.370513.4-45.81977.511
290.00820.0741-0.04381.7419-1.15770.75090.1352-0.078-0.09340.6064-0.05390.89280.1393-0.75050.1120.8316-0.0305-0.29990.5612-0.2780.689-4.401-46.46287.531
300.5655-0.0607-0.2445-0.0435-0.14620.35590.37540.11030.7066-0.1611-0.2526-0.13220.3553-0.5787-0.00130.4202-0.00980.00120.73740.01590.416211.81347.264142.196
310.56730.0098-0.25680.3364-0.0220.0737-0.54080.6729-0.0912-0.73250.28360.8284-0.3541-0.2127-0.01130.8263-0.0657-0.18050.80020.13540.495413.4350.026129.734
320.22010.1597-0.02320.097-0.05810.0925-0.31490.102-0.0803-0.5015-0.38530.3125-0.45150.275-0.01680.6626-0.0014-0.04180.85180.03660.458318.79354.438136.903
330.35510.4026-0.47760.2882-0.28990.4672-0.17760.29560.387-0.02610.17990.233-0.7885-0.62440.00310.4698-0.0109-0.09220.78230.08430.439410.87152.346141.147
340.1881-0.12630.14560.072-0.07890.0486-0.0584-0.01140.6684-0.4722-0.35160.4322-0.3716-0.849800.4780.1145-0.0380.7627-0.15260.5875-1.76542.438148.819
350.39410.7921-0.43241.82-0.17090.94840.0377-0.4623-0.05450.1994-0.156-0.0021-0.1509-0.0052-0.00140.3734-0.0288-0.00350.6535-0.11380.32599.05738.674159.023
360.63840.6198-0.64492.1456-0.48970.6920.0521-0.31690.43910.1334-0.364-0.0095-0.2733-0.2411-0.00040.48270.02880.02810.8004-0.14910.4297.29746.045160.366
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN L AND RESID 1:112 )L1 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN L AND RESID 113:211 )L113 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 5:44 )H5 - 44
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 45:63 )H45 - 63
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN H AND RESID 64:91 )H64 - 91
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN H AND RESID 92:118 )H92 - 118
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 119:182 )H119 - 182
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 183:213 )H183 - 213
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 1:17 )B1 - 17
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 18:29 )B18 - 29
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 30:74 )B30 - 74
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 75:90 )B75 - 90
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 91:112 )B91 - 112
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 113:211 )B113 - 211
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN A AND RESID 5:91 )A5 - 91
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN A AND RESID 92:113 )A92 - 113
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN A AND RESID 114:126 )A114 - 126
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN A AND RESID 127:164 )A127 - 164
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN A AND RESID 165:213 )A165 - 213
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 3:21 )D3 - 21
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 22:41 )D22 - 41
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 42:59 )D42 - 59
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND RESID 60:78 )D60 - 78
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND RESID 79:92 )D79 - 92
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN D AND RESID 93:102 )D93 - 102
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN D AND RESID 103:124 )D103 - 124
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN D AND RESID 125:146 )D125 - 146
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN D AND RESID 147:164 )D147 - 164
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN D AND RESID 165:172 )D165 - 172
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN C AND RESID 2:21 )C2 - 21
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN C AND RESID 22:41 )C22 - 41
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN C AND RESID 42:63 )C42 - 63
33X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN C AND RESID 64:91 )C64 - 91
34X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN C AND RESID 92:102 )C92 - 102
35X-RAY DIFFRACTION35( CHAIN C AND RESID 103:146 )C103 - 146
36X-RAY DIFFRACTION36( CHAIN C AND RESID 147:172 )C147 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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