PDB-7s5m: Crystal Structure of a 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s5m

タイトル

Crystal Structure of a 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase from Mycobacterium smegmatis

要素

8-amino-7-oxononanoate synthase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / 8-amino-7-oxononanoate synthase / 2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase / Mycolicibacterium smegmatis / Mycobacterium smegmatis / bioF / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

8-amino-7-oxononanoate synthase / 8-amino-7-oxononanoate synthase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase from Mycobacterium smegmatis
著者: Abendroth, J. / Davies, D.R. / Sankaran, B. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7s5m.cif.gz	638.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7s5m.ent.gz	439.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7s5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/7s5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/7s5m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3wy7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7s5m-2 1fc4-d 7bxr-d 6hx7-2 5dex-d 2zgz-d 5jay-d 6oia-2 6ed7-3 7bxs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 8-amino-7-oxononanoate synthase

B: 8-amino-7-oxononanoate synthase

C: 8-amino-7-oxononanoate synthase

D: 8-amino-7-oxononanoate synthase

167 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 8-amino-7-oxononanoate synthase

B: 8-amino-7-oxononanoate synthase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
83.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 8-amino-7-oxononanoate synthase

D: 8-amino-7-oxononanoate synthase

登録者が定義した集合体
83.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.710, 108.940, 108.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.651, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 7 through 15 or (resid 16...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 7 through 9 or (resid 10...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 7 through 9 or (resid 10...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 7 through 9 or (resid 10...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	LEU	LEU	A	1 - 23
d_1	2	ens_1	VAL	LEU	A	25 - 43
d_1	3	ens_1	GLN	ALA	A	45 - 284
d_1	4	ens_1	ALA	ILE	A	286 - 312
d_1	5	ens_1	PRO	THR	A	316 - 374
d_2	1	ens_1	LEU	LEU	B	3 - 25
d_2	2	ens_1	VAL	LEU	B	27 - 45
d_2	3	ens_1	GLN	ALA	B	47 - 286
d_2	4	ens_1	ALA	ILE	B	288 - 314
d_2	5	ens_1	PRO	THR	B	318 - 376
d_3	1	ens_1	LEU	LEU	C	3 - 25
d_3	2	ens_1	VAL	LEU	C	27 - 45
d_3	3	ens_1	GLN	ALA	C	47 - 286
d_3	4	ens_1	ALA	ILE	C	288 - 314
d_3	5	ens_1	PRO	THR	C	318 - 376
d_4	1	ens_1	LEU	LEU	D	1 - 23
d_4	2	ens_1	VAL	LEU	D	25 - 43
d_4	3	ens_1	GLN	ALA	D	45 - 284
d_4	4	ens_1	ALA	THR	D	286 - 371

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.254591700586, -0.967004559795, 0.00923294803184), (-0.966989668964, 0.254459138199, -0.0134731995008), (0.0106792373531, -0.0123583301341, -0.999866603886)	26.6953017877, 21.3451002805, 60.4556585594
2	given	(0.999999813603, -0.000407850561738, -0.000454369759444), (-0.000396538947839, -0.999696726564, 0.0246231122103), (-0.000464274511312, -0.0246229274453, -0.999696701952)	30.3703363092, -47.1916187558, 55.5100524329
3	given	(-0.256772558738, -0.966396874041, 0.0120388921361), (0.966366245063, -0.256908726902, -0.0115838873113), (0.0142875289388, 0.00865955460323, 0.999860429575)	56.9905670565, -67.0035967414, -5.51587772635

#1: タンパク質	8-amino-7-oxononanoate synthase / AONS / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthase / 7-KAP synthase / KAPA synthase / 8-amino-7- ...AONS / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthase / 7-KAP synthase / KAPA synthase / 8-amino-7-ketopelargonate synthase / Alpha-oxoamine synthase 分子量: 41777.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: bioF, MSMEG_3189, MSMEI_3107 / プラスミド: MysmA.00272.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QX65, 8-amino-7-oxononanoate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

8-amino-7-oxononanoate synthase / AONS / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthase / 7-KAP synthase / KAPA synthase / 8-amino-7- ...

分子量: 41777.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: bioF, MSMEG_3189, MSMEI_3107 / プラスミド: MysmA.00272.a.A1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QX65, 8-amino-7-oxononanoate synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Hampton Research PACT screen, condition F7: 200mM Sodium acetate, 100mM BisTris propane pH 6.5, 20% (w/V) PEG 3350: MysmA.00272.a.A1.PW28493 at 24.73mg/ml: tray 215578 F7: cryo: 20% EG: puck KFC7-1

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月30日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 65861 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.536 % / B_iso Wilson estimate: 44.62 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_rim(I) all: 0.098 / Χ²: 0.901 / Net I/σ(I): 11.07

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.25-2.31	4.603	0.621	2.31	4777	0.837	0.702	97.5
2.31-2.37	4.633	0.492	2.79	4680	0.887	0.555	98.5
2.37-2.44	4.628	0.438	3.15	4642	0.894	0.494	98.8
2.44-2.52	4.592	0.384	3.62	4449	0.908	0.434	98.3
2.52-2.6	4.645	0.322	4.33	4316	0.945	0.363	98.8
2.6-2.69	4.597	0.267	5.12	4175	0.957	0.302	98.8
2.69-2.79	4.596	0.221	6.23	4111	0.972	0.249	99
2.79-2.9	4.571	0.186	7.43	3862	0.975	0.211	98.8
2.9-3.03	4.553	0.151	9.09	3764	0.984	0.17	99.2
3.03-3.18	4.521	0.115	11.41	3582	0.99	0.129	99.1
3.18-3.35	4.492	0.089	14.32	3386	0.994	0.1	98.5
3.35-3.56	4.461	0.073	17.18	3233	0.995	0.082	99.2
3.56-3.8	4.437	0.06	19.74	3034	0.996	0.068	98.9
3.8-4.11	4.443	0.052	22.44	2831	0.996	0.059	99
4.11-4.5	4.45	0.046	24.66	2607	0.997	0.052	99.4
4.5-5.03	4.396	0.045	25.5	2381	0.997	0.05	99.4
5.03-5.81	4.312	0.05	23.17	2095	0.997	0.057	99.4
5.81-7.12	4.389	0.047	24.04	1776	0.998	0.053	99.4
7.12-10.06	4.482	0.039	28.35	1406	0.998	0.043	99.7
10.06-50	4.199	0.041	28.22	754	0.998	0.046	96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.18 4274	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3wy7 as per Morda

3wy7

解像度: 2.25→46.23 Å / SU ML: 0.3355 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.8029
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2743	1885	2.87 %	0
R_work	0.2302	63909	-	-
obs	0.2315	65794	98.74 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→46.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10504	0	0	213	10717

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10664
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9238	14571
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0533	1802
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0089	1936
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.554	3664

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.433290533005
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.304845014895
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.421686821654

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.31	0.3958	143	0.3096	4792	X-RAY DIFFRACTION	97.24
2.31-2.38	0.3618	152	0.2787	4873	X-RAY DIFFRACTION	98.55
2.38-2.46	0.2713	137	0.2704	4907	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.46-2.54	0.3328	126	0.2682	4900	X-RAY DIFFRACTION	98.28
2.54-2.65	0.3032	141	0.2707	4926	X-RAY DIFFRACTION	98.73
2.65-2.77	0.3512	141	0.2606	4903	X-RAY DIFFRACTION	98.75
2.77-2.91	0.3229	147	0.258	4902	X-RAY DIFFRACTION	98.84
2.91-3.09	0.329	119	0.2536	4923	X-RAY DIFFRACTION	98.98
3.09-3.33	0.2955	162	0.2461	4904	X-RAY DIFFRACTION	98.69
3.33-3.67	0.2515	179	0.2239	4925	X-RAY DIFFRACTION	99.13
3.67-4.2	0.2673	182	0.2057	4876	X-RAY DIFFRACTION	98.96
4.2-5.29	0.2201	140	0.1935	4995	X-RAY DIFFRACTION	99.36
5.29-46.23	0.2224	116	0.2096	5083	X-RAY DIFFRACTION	99.29

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.14829341436	0.266384531977	-0.421152053536	1.88742781104	0.0457035064874	0.967702177681	-0.0437433194586	-0.121042555448	-0.174565481334	0.0545855648104	0.0364042643637	-0.0486800407797	0.216328747891	0.132212439556	-0.00427767264571	0.321136654861	0.0411339117989	-0.0229765553916	0.239726055148	0.00368665574375	0.234655563409	17.1284289073	-4.67125000268	40.2258269462
2	2.59962237022	0.775385589957	0.136140094692	1.76389219533	-0.263007832138	0.647849824365	0.0175106910917	-0.0648626568304	-0.112676796359	-0.0985551787331	0.0521908316686	0.228899842694	0.116425693048	-0.109511794782	-0.0773241296388	0.288065796323	0.0355341464387	-0.0425485943264	0.230852979979	0.0239990267214	0.241261563911	3.43239814088	-7.15360185535	37.0845444452
3	1.95490132652	-0.446017847104	-0.211851519156	1.54717429819	0.123510838609	0.952181474686	0.0196787733675	0.252521527639	0.0711598219391	-0.007575035441	-0.0403640896921	-0.0830422122907	0.137940193028	0.00842732118893	0.0285035134188	0.264342147081	0.0247012983102	-0.00119351003932	0.254032962597	0.0196180690753	0.271506747706	26.2573466754	4.18385120922	20.5105466282
4	3.46065630858	0.230969602375	-0.472776677197	2.69799895491	1.12362215187	3.04088196448	-0.111272708377	-0.244158715753	0.310637882037	0.511770939067	0.300215822583	-0.689469748651	0.0287901500956	0.508617681683	-0.149050406411	0.304621636778	0.00975477040459	-0.0771214386433	0.404681206869	-0.0582259239209	0.788288657358	42.0443240841	21.1088249778	27.8670593382
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7	2.81901390707	0.197506093271	0.228536407352	3.01698708165	0.629158872904	1.98985671283	-0.0444057285861	-0.118067639214	0.194942866951	0.418036750092	0.0827862167726	0.214102043153	0.0404126354102	-0.0417617626584	-0.02744088898	0.391398396604	0.0466845523541	0.0740712447638	0.29668199282	0.0534407538261	0.489895851547	26.5353579141	-31.4762702795	23.1581417887
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13	2.30316917594	0.0203058080058	0.602137442085	2.33212193151	0.543792333768	0.952851387383	0.0716511829388	-0.231573490532	-0.593833167829	-0.0280322744726	0.130299842566	-0.669816674013	0.054588587054	0.184015312232	-0.207346675503	0.338893754818	-0.0319218290384	-0.00667142923254	0.267149427407	0.0515899991449	0.612705905518	63.1182536709	-66.763180264	34.1468790453
14	2.81456410983	0.421248540166	0.0830239737568	3.4913930283	0.71474877803	2.78934352246	0.148101014514	0.303184024448	-0.592559527301	-0.465860746041	0.312889526091	-1.04421244649	-0.659350617575	0.336192475075	-0.282447113458	0.547916347248	-0.00722523930205	0.0834766375011	0.397980389093	-0.0997478196655	1.02238896459	70.5769991066	-68.3500978157	27.2360384106

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 7 through 242 )	A	A	7 - 242	1 - 236
2	2	chain 'A' and (resid 243 through 383 )	A	A	243 - 383	237 - 377
3	3	chain 'B' and (resid 5 through 304 )	B	B	5 - 304	1 - 300
4	4	chain 'B' and (resid 305 through 382 )	B	B	305 - 382	301 - 378
5	5	chain 'C' and (resid 5 through 160 )	C	C	5 - 160	1 - 156
6	6	chain 'C' and (resid 161 through 304 )	C	C	161 - 304	157 - 300
7	7	chain 'C' and (resid 305 through 383 )	C	C	305 - 383	301 - 379
8	8	chain 'D' and (resid 7 through 41 )	D	D	7 - 41	1 - 35
9	9	chain 'D' and (resid 42 through 94 )	D	D	42 - 94	36 - 88
10	10	chain 'D' and (resid 95 through 151 )	D	D	95 - 151	89 - 145
11	11	chain 'D' and (resid 152 through 242 )	D	D	152 - 242	146 - 236
12	12	chain 'D' and (resid 243 through 269 )	D	D	243 - 269	237 - 263
13	13	chain 'D' and (resid 270 through 335 )	D	D	270 - 335	264 - 326
14	14	chain 'D' and (resid 336 through 380 )	D	D	336 - 380	327 - 371

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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