PDB-6oia: (1S,3S)-3-amino-4-(perfluoropropan-2-ylidene)cyclopentane-1-carbo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oia

タイトル

(1S,3S)-3-amino-4-(perfluoropropan-2-ylidene)cyclopentane-1-carboxylic acid hydrochloride, a potent inhibitor of ornithine aminotransferase

要素

Ornithine aminotransferase, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / Human Ornithine Aminotransferase (hOAT) Mechanism Based Inhibitors Hepatocellular Carcinoma PLP

機能・相同性

機能・相同性情報

L-arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / L-arginine catabolic process to L-glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.777 Å

データ登録者

Catlin, D.S. / Liu, D. / Moschitto, M.J. / Doubleday, P.F. / Kelleher, N. / Silverman, R.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Mechanism of Inactivation of Ornithine Aminotransferase by (1S,3S)-3-Amino-4-(hexafluoropropan-2-ylidenyl)cyclopentane-1-carboxylic Acid.
著者: Moschitto, M.J. / Doubleday, P.F. / Catlin, D.S. / Kelleher, N.L. / Liu, D. / Silverman, R.B.

履歴

登録	2019年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2025年4月2日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6oia.ent.gz	414.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6oia_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6oia_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6oia_validation.xml.gz	55.6 KB	表示
CIF形式データ	6oia_validation.cif.gz	82.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/6oia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/6oia	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6v8c-2 7jx9-2 2can-2 6v8d-2 4jey-d 1oat-1 6v8c-1 4jex-d 2can-1 4dqp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
90.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.824, 115.824, 187.644
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-726- HOH
2	1	C-941- HOH

#1: タンパク質	Ornithine aminotransferase, mitochondrial / Ornithine delta-aminotransferase / Ornithine--oxo-acid aminotransferase 分子量: 44860.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OAT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04181, ornithine aminotransferase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate 分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MQ4 / (1S)-3-amino-4-[(2S)-1,1,1-trifluoro-3-oxopropan-2-yl]cyclopent-3-ene-1-carboxylic acid 分子量: 237.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀F₃NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1079 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 6000, 200 mM NaCl, 2.5 % Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 125931 / % possible obs: 89.78 % / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 19.52 Å² / Net I/σ(I): 1.37
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / Num. unique obs: 7324

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.777→29.487 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.93

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1891	6318	5.02 %
R_work	0.1614	-	-
obs	0.1628	125923	89.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.89 Å² / B_iso mean: 29.082 Å² / B_iso min: 7.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.777→29.487 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9483	0	89	1079	10651
B_iso mean	-	-	33.65	37.91	-
残基数	-	-	-	-	1212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9943
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.86	13535
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1494
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1748
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.014	8166

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7769-1.7971	0.3098	80	0.2715	1699	1779	39
1.7971-1.8182	0.358	139	0.2822	2500	2639	57
1.8182-1.8404	0.2625	166	0.2611	3017	3183	68
1.8404-1.8637	0.2797	169	0.2383	3305	3474	76
1.8637-1.8882	0.2608	167	0.2283	3480	3647	80
1.8882-1.9141	0.2514	202	0.22	3650	3852	83
1.9141-1.9414	0.2522	179	0.2153	3765	3944	85
1.9414-1.9704	0.2615	241	0.2066	3901	4142	89
1.9704-2.0012	0.2557	251	0.2026	4094	4345	94
2.0012-2.034	0.2196	221	0.1971	4294	4515	97
2.034-2.0691	0.2353	213	0.1975	4341	4554	98
2.0691-2.1067	0.2107	210	0.1939	4330	4540	98
2.1067-2.1472	0.2057	236	0.1865	4287	4523	98
2.1472-2.191	0.2147	223	0.1787	4343	4566	98
2.191-2.2386	0.2169	193	0.168	4307	4500	98
2.2386-2.2907	0.1982	233	0.1637	4329	4562	98
2.2907-2.3479	0.2006	250	0.1638	4331	4581	98
2.3479-2.4114	0.1837	202	0.1665	4320	4522	97
2.4114-2.4823	0.2038	241	0.1707	4270	4511	97
2.4823-2.5624	0.1995	267	0.1657	4267	4534	97
2.5624-2.6539	0.2201	230	0.1667	4269	4499	97
2.6539-2.7601	0.1994	253	0.1625	4307	4560	96
2.7601-2.8856	0.176	211	0.1591	4265	4476	96
2.8856-3.0376	0.1709	203	0.1553	4327	4530	96
3.0376-3.2277	0.1622	199	0.1597	4283	4482	96
3.2277-3.4766	0.1937	242	0.1489	4249	4491	95
3.4766-3.8257	0.1601	230	0.1334	4248	4478	95
3.8257-4.3778	0.1514	218	0.122	4280	4498	94
4.3778-5.5097	0.1499	214	0.1222	4256	4470	93
5.5097-29.491	0.1344	235	0.1434	4291	4526	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7681	-0.2658	0.5231	0.602	-0.906	1.3708	0.0096	0.1368	-0.0191	-0.0922	-0.0065	-0.2138	0.0632	0.2333	-0.0076	0.2969	0.0368	0.0949	0.4339	0.0498	0.3316	80.3475	-24.3579	-66.4076
2	0.9597	0.2445	0.0761	0.5316	0.1831	0.4441	0.0444	0.032	0.0292	-0.063	0.0078	-0.1204	0.0357	0.1559	-0.0167	0.2698	0.2063	0.0164	0.3758	0.0076	0.2073	82.6938	-38.0543	-52.188
3	0.2848	-0.0265	-0.1504	0.2829	0.0334	0.4127	0.018	-0.1697	-0.0405	0.0385	0.0297	-0.0118	0.2074	0.3323	0.03	0.2692	0.1066	-0.0206	0.137	0.039	0.05	62.0113	-28.1679	-38.2788
4	0.7587	-0.0116	-0.2667	0.4619	0.0015	1.1741	0.0772	0.0485	0.2231	-0.0217	0.0573	-0.2262	-0.1554	0.2305	-0.0444	0.1932	0.0477	-0.0068	0.6457	0.008	0.3823	90.4476	-22.6468	-42.1542
5	0.3998	0.6915	0.206	1.6321	0.1552	1.2214	-0.0014	-0.0523	-0.1543	0.0025	-0.0069	-0.0269	0.17	0.0407	-0.0262	0.3652	0.0418	0.0151	0.1034	0.083	0.1838	50.981	-48.6778	-41.5683
6	0.4983	0.1283	0.0024	0.5819	-0.0437	0.0578	0.0391	-0.007	-0.0914	0.0386	0.0148	0.0261	0.0947	0.0387	0.0151	0.4247	0.1376	-0.0153	0.083	0.0188	0.1809	58.1162	-50.6187	-60.0609
7	0.301	-0.0734	0.1098	0.1958	-0.0361	0.5304	0.0031	0.0787	0.0238	-0.0784	-0.0445	-0.0574	0.0723	0.2241	0.033	0.2337	0.0368	0.0065	0.0899	0.0353	0.0993	56.7632	-21.6754	-60.2977
8	0.194	-0.1637	0.078	0.6907	0.0532	0.1166	0.0149	0.074	0.0044	-0.1018	-0.0599	0.0295	0.0714	0.053	-0.0256	0.3157	0.073	-0.0243	0.0484	0.0318	0.0649	49.933	-25.4451	-70.135
9	0.7487	0.2432	0.2592	0.7382	0.1103	0.5044	0.0114	0.0284	-0.0385	-0.0466	0.0026	0.0765	0.2077	0.0749	-0.0082	0.2978	0.0667	0.021	0.1151	0.0137	0.1203	52.2099	-37.3624	-66.2316
10	1.1513	0.1022	-0.4073	0.5331	-0.2984	1.179	0.0608	-0.0598	-0.0507	0.0655	0.0398	0.1147	0.0847	-0.1199	-0.0213	0.4056	0.0005	-0.0044	0.1107	0.0347	0.2349	40.8673	-50.5924	-61.6984
11	0.78	0.9535	-0.184	1.1989	-0.0564	0.9078	-0.0762	0.0887	0.0108	-0.1482	0.0558	0.1646	0.0604	-0.1785	0.0415	0.3256	-0.1344	-0.195	0.2233	0.0781	0.3703	7.8703	-12.4062	-81.6539
12	0.0764	0.0915	0.0125	0.4157	-0.0061	0.0591	0.0234	0.0441	0.0015	-0.0396	0.0839	0.137	0.042	-0.1248	0.0023	0.2191	-0.163	-0.0846	0.3179	0.2315	0.5219	-1.6312	-14.1366	-64.124
13	0.0789	0.0523	-0.0338	0.1807	-0.1057	0.1818	0.0583	-0.0507	-0.006	0.0722	0.1047	0.2863	-0.0406	-0.1744	0.0296	0.1763	0.0061	0.0604	-0.1001	0.1278	0.227	23.199	-3.6274	-53.259
14	0.4024	0.4067	0.0928	0.7059	0.1037	0.2021	0.0157	-0.0299	-0.084	-0.0097	0.0318	0.0722	0.0859	-0.0524	-0.0179	0.2108	-0.0221	0.0439	0.0263	0.0626	0.1996	27.0864	-15.0935	-47.1632
15	0.077	0.0646	0.1172	0.3258	-0.1151	0.3713	0.0554	-0.0495	0.0307	0.0747	0.1086	0.2171	0.0117	-0.2237	-0.0753	0.155	0.0046	0.0796	0.1551	0.1338	0.3839	11.5792	-6.1921	-49.2909
16	0.2033	0.2822	-0.0409	0.7194	0.0823	0.3602	0.052	0.0442	-0.0738	-0.1055	0.1054	0.0162	0.1415	-0.0847	0.0603	0.4205	-0.2512	-0.1539	0.1659	0.1427	0.5207	9.0354	-30.5103	-63.1201

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 36 through 61 )	A	36 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 62 through 105 )	A	62 - 105
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 106 through 344 )	A	106 - 344
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 345 through 439 )	A	345 - 439
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 36 through 61 )	B	36 - 61
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 62 through 105 )	B	62 - 105
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 106 through 220 )	B	106 - 220
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 221 through 295 )	B	221 - 295
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 296 through 389 )	B	296 - 389
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 390 through 439 )	B	390 - 439
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 36 through 61 )	C	36 - 61
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 62 through 105 )	C	62 - 105
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 106 through 220 )	C	106 - 220
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 221 through 263 )	C	221 - 263
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 264 through 344 )	C	264 - 344
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 345 through 439 )	C	345 - 439

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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