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- PDB-6ed7: Crystal structure of 7,8-diaminopelargonic acid synthase bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ed7
タイトルCrystal structure of 7,8-diaminopelargonic acid synthase bound to inhibitor MAC13772
要素7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / Inhibitor adduct complex / ANTIBIOTIC / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate aminotransferase BioA / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate aminotransferase BioA / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-[(2-nitrophenyl)sulfanyl]acetohydrazide / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase / Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Brown, C.M. / Zlitni, S. / Chan, J. / Brown, E.D. / Junop, M.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of 7,8-diaminopelargonic acid synthase bound to inhibitor MAC13772
著者: Brown, C.M. / Zlitni, S. / Chan, J. / Brown, E.D. / Junop, M.S.
履歴
登録2018年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase
B: 7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase
C: 7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase
D: 7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase
E: 7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase
F: 7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase
G: 7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase
H: 7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)384,20032
ポリマ－378,5878
非ポリマー5,61324
水15,025834
1
A: 7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase
B: 7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0508
ポリマ－94,6472
非ポリマー1,4036
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11080 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area26020 Å2
手法PISA
2
C: 7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase
D: 7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0508
ポリマ－94,6472
非ポリマー1,4036
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11070 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area25820 Å2
手法PISA
3
E: 7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase
F: 7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0508
ポリマ－94,6472
非ポリマー1,4036
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10900 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area25890 Å2
手法PISA
4
G: 7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase
H: 7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0508
ポリマ－94,6472
非ポリマー1,4036
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11050 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area25670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.430, 111.570, 136.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase / Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase / DAPA aminotransferase / 8- ...Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase / DAPA aminotransferase / 8-diaminononanoate synthase / DANS / Diaminopelargonic acid synthase


分子量: 47323.324 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bioA, EL75_3021, EL79_3111, EL80_3072 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0A0GYM0, UniProt: P12995*PLUS, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物
ChemComp-J4J / 2-[(2-nitrophenyl)sulfanyl]acetohydrazide


分子量: 227.240 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9N3O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 834 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.05 M Ammonium Citrate, Dibasic 5% w/v Peg3350 0.45mM Spermidine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.425→200 Å / Num. obs: 104748 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.43→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.354 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.43→42.79 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 27.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 5304 5.06 %
Rwork0.177 --
obs0.18 104748 75.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→42.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26075 0 359 834 27268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00927077
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25436828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2019635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0514043
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074801
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4251-2.45270.2734430.2162944X-RAY DIFFRACTION22
2.4527-2.48150.3149750.21591209X-RAY DIFFRACTION28
2.4815-2.51180.3609520.22961378X-RAY DIFFRACTION31
2.5118-2.54360.3369840.2221558X-RAY DIFFRACTION36
2.5436-2.5770.3192830.22221707X-RAY DIFFRACTION39
2.577-2.61230.3581010.22411876X-RAY DIFFRACTION43
2.6123-2.64960.32161170.21662092X-RAY DIFFRACTION48
2.6496-2.68920.30951330.21562362X-RAY DIFFRACTION54
2.6892-2.73120.27461390.22152517X-RAY DIFFRACTION58
2.7312-2.7760.29511530.22862712X-RAY DIFFRACTION62
2.776-2.82380.30711580.2332815X-RAY DIFFRACTION65
2.8238-2.87520.31571420.24752988X-RAY DIFFRACTION68
2.8752-2.93050.29261860.24513315X-RAY DIFFRACTION76
2.9305-2.99030.27032020.23773519X-RAY DIFFRACTION81
2.9903-3.05530.29082200.2423722X-RAY DIFFRACTION85
3.0553-3.12630.30382040.24413867X-RAY DIFFRACTION88
3.1263-3.20450.30682220.234002X-RAY DIFFRACTION92
3.2045-3.29110.27062240.21184082X-RAY DIFFRACTION94
3.2911-3.38790.27992300.21264298X-RAY DIFFRACTION97
3.3879-3.49720.24932300.1974353X-RAY DIFFRACTION100
3.4972-3.62210.25142490.19684331X-RAY DIFFRACTION100
3.6221-3.76710.23631970.17874431X-RAY DIFFRACTION100
3.7671-3.93840.22432500.16254350X-RAY DIFFRACTION100
3.9384-4.14590.2072120.14154448X-RAY DIFFRACTION100
4.1459-4.40540.19232320.12674403X-RAY DIFFRACTION100
4.4054-4.74510.1862270.12294395X-RAY DIFFRACTION100
4.7451-5.22190.1792190.13014409X-RAY DIFFRACTION100
5.2219-5.97580.19762390.15154419X-RAY DIFFRACTION100
5.9758-7.52220.19412350.1574462X-RAY DIFFRACTION100
7.5222-42.79220.19322460.14364480X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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