PDB-3wy7: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis 7-Keto-8-aminopelarg...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wy7

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium smegmatis 7-Keto-8-aminopelargonic acid (KAPA) synthase BioF

要素

8-amino-7-oxononanoate synthase

キーワード

TRANSFERASE / domain swapping / alpha and beta / alpha-beta-alpha sandwich / Synthase / pyridoxal 5'-phosphate (PLP) binding

機能・相同性

機能・相同性情報

8-amino-7-oxononanoate synthase / 8-amino-7-oxononanoate synthase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Fan, S.H. / Li, D.F. / Wang, D.C. / Chen, G.J. / Zhang, X.E. / Bi, L.J.

引用

ジャーナル: Int.J.Biochem.Cell Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure and function of Mycobacterium smegmatis 7-keto-8-aminopelargonic acid (KAPA) synthase
著者: Fan, S.H. / Li, D.F. / Wang, D.C. / Fleming, J. / Zhang, H.T. / Zhou, Y. / Zhou, L. / Zhou, J. / Chen, T. / Chen, G.J. / Zhang, X.E. / Bi, L.J.

履歴

登録	2014年8月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年12月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wy7.cif.gz	524.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wy7.ent.gz	434.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wy7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/3wy7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/3wy7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1bs0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tp9-d 3nx3-d 4jf1-d 1oat-1 5i92-2 4jex-d 5zy8-d 4nf8-d 6v8d-2 1dj9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 8-amino-7-oxononanoate synthase

B: 8-amino-7-oxononanoate synthase

C: 8-amino-7-oxononanoate synthase

D: 8-amino-7-oxononanoate synthase

168 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 8-amino-7-oxononanoate synthase

B: 8-amino-7-oxononanoate synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 8-amino-7-oxononanoate synthase

D: 8-amino-7-oxononanoate synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.880, 91.680, 109.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.80, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	GLU	GLU	chain A	A	A	37 - 382	59 - 404
2	LEU	LEU	chain B	B	B	12 - 380	34 - 402
3	GLU	GLU	chain C	C	C	37 - 382	59 - 404
4	LEU	LEU	chain D	D	D	12 - 382	34 - 404

#1: タンパク質	8-amino-7-oxononanoate synthase / AONS / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthase / 7-KAP synthase / KAPA synthase / 8-amino-7- ...AONS / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthase / 7-KAP synthase / KAPA synthase / 8-amino-7-ketopelargonate synthase / Alpha-oxoamine synthase 分子量: 41932.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: bioF, MSMEG_3189, MSMEI_3107 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli Bl21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QX65, 8-amino-7-oxononanoate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

8-amino-7-oxononanoate synthase / AONS / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthase / 7-KAP synthase / KAPA synthase / 8-amino-7- ...

分子量: 41932.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: bioF, MSMEG_3189, MSMEI_3107 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli Bl21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QX65, 8-amino-7-oxononanoate synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.05M DL-Malic acid, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月15日
放射	モノクロメーター: double crystal (Si 111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→63.03 Å / Num. all: 61286 / Num. obs: 60733 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 36.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.119 / R_sym value: 0.119 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 8828 / R_sym value: 0.376 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BS0

1bs0

解像度: 2.3→55.749 Å / SU ML: 0.33 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 28.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2769	1982	3.26 %	RANDOM
R_work	0.2425	-	-	-
all	0.2436	61286	-	-
obs	0.2436	60733	97.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.18 Å² / B_iso mean: 40.5292 Å² / B_iso min: 16.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→55.749 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10302	0	0	411	10713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	10438
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.066	14219
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1738
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1891
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.31	3701

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	6214	X-RAY DIFFRACTION	10.559	TORSIONAL
1	2	B	6214	X-RAY DIFFRACTION	10.559	TORSIONAL
1	3	C	6214	X-RAY DIFFRACTION	10.559	TORSIONAL
1	4	D	6214	X-RAY DIFFRACTION	10.559	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3001-2.3576	0.3131	131	0.2867	3963	4094	93
2.3576-2.4213	0.3274	137	0.2772	4142	4279	97
2.4213-2.4926	0.2756	143	0.2626	4125	4268	98
2.4926-2.573	0.3384	143	0.2734	4199	4342	98
2.573-2.665	0.3369	141	0.2758	4205	4346	98
2.665-2.7717	0.3153	142	0.2695	4209	4351	99
2.7717-2.8978	0.2925	143	0.2683	4221	4364	99
2.8978-3.0506	0.2895	143	0.2629	4242	4385	99
3.0506-3.2417	0.3108	143	0.2483	4232	4375	99
3.2417-3.492	0.2544	141	0.235	4187	4328	98
3.492-3.8433	0.2492	144	0.2231	4244	4388	99
3.8433-4.3992	0.2325	144	0.2168	4265	4409	99
4.3992-5.5418	0.2683	144	0.2123	4277	4421	99
5.5418-55.7655	0.2638	143	0.241	4240	4383	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.252	-1.002	-0.1682	0.6695	0.1933	3.1697	0.0174	0.4735	0.4794	0.0198	-0.0878	-0.5248	-0.5604	-0.1502	0.0546	0.1759	-0.0341	0.0565	0.5563	0.126	0.4896	7.7768	-18.9841	6.5077
2	1.6009	-0.7104	0.2342	1.3344	-0.2478	1.4771	0.0021	0.0958	0.1435	0.06	-0.0501	-0.251	0.0189	0.1462	0.067	0.2603	-0.0326	-0.0127	0.3247	0.0625	0.2979	32.2054	-20.8344	14.7566
3	2.209	-0.4886	0.4711	0.8639	0.7441	1.1668	-0.0721	0.0856	0.1516	0.1639	0.0481	-0.0773	-0.2174	-0.0904	-0.0114	0.2955	-0.0422	-0.031	0.4053	0.0829	0.2599	17.8073	-22.3216	15.5669
4	0.838	-0.0417	0.7963	1.7896	0.7548	1.3318	0.0693	0.4097	-0.2067	-0.2266	0.3449	-0.8043	0.0201	0.6212	-0.136	0.2954	-0.043	0.0121	0.5155	-0.1076	0.6752	19.1565	-46.1368	4.5046
5	1.1973	-0.4926	1.6209	0.161	-0.6006	1.8708	-0.5335	-1.4294	0.408	0.4216	-0.0347	-0.284	-1.3521	-0.3939	0.1809	0.6526	-0.0824	-0.0613	0.899	0.0574	0.5378	20.4653	1.2875	8.3262
6	0.5739	0.7103	0.1355	2.0546	-0.5707	2.5641	0.0445	-0.0022	-0.7386	-0.9424	-0.209	-1.1105	0.9349	0.29	0.1013	0.4438	0.0253	0.1006	0.645	0.0923	0.7951	6.019	-22.5739	-3.3418
7	2.0937	0.4044	-0.1487	1.2262	0.1885	1.7923	0.0586	0.1836	-0.1821	-0.1032	-0.0956	-0.1818	-0.0828	0.2823	0.0578	0.2658	0.0618	0.0613	0.4468	0.1262	0.3243	29.6679	-11.4663	-14.9259
8	2.3667	0.32	-0.2666	2.4038	0.4063	1.7281	-0.0124	-0.2896	0.2899	0.1684	0.0548	-0.2419	-0.0182	0.1191	-0.0617	0.2353	0.0543	-0.0363	0.4061	0.0569	0.3133	16.0162	-0.0436	-8.7369
9	0.5686	0.6945	0.6451	0.6605	0.5259	1.6379	0.0401	-0.4707	0.67	-0.1229	-0.284	0.3865	-0.266	-0.2552	0.0186	0.2598	0.0083	0.0591	0.301	-0.1278	0.6196	20.2497	1.3104	47.9109
10	2.0315	0.5304	0.2606	2.3744	-0.4135	0.9784	0.0025	0.2582	0.0444	-0.2512	0.0218	0.2654	-0.0808	-0.0814	0.0044	0.2873	0.0458	-0.0316	0.2279	0.0329	0.2021	-1.0058	-1.8623	37.7984
11	5.9269	-0.1493	3.3947	1.7193	-0.8511	2.2745	-0.7287	-1.2301	1.0229	1.5604	0.4829	0.6494	-1.2786	-0.8691	-0.4471	0.8025	0.1966	0.1995	0.3829	0.0772	0.3911	3.4103	11.3902	43.796
12	1.1863	-0.2863	0.4472	1.8735	-0.2361	1.0792	0.0471	0.3654	-0.0332	-0.197	0.2396	0.1114	0.0781	-0.2729	-0.0612	0.2574	0.0168	0.0211	0.1394	-0.0219	0.2248	13.6451	-16.1332	40.2295
13	1.3177	0.3752	0.328	2.0475	0.0577	1.6451	-0.1254	-0.1978	-0.0095	0.1078	0.1329	0.3055	-0.0885	-0.4779	0.0425	0.3027	-0.0227	-0.0039	0.3356	0.065	0.3031	10.9032	-25.9715	50.9403
14	4.6126	-0.1487	-1.6203	0.25	0.8427	2.6167	0.2736	2.1285	0.683	-0.694	-0.5572	0.2414	-1.796	-0.8357	0.5822	0.5628	-0.3335	0.0327	-0.213	0.0426	0.7785	7.1697	21.0524	46.1227
15	0.9526	-0.4488	-0.7365	0.6068	-0.5092	2.255	-0.3225	0.0011	-0.9519	-0.1055	0.5201	1.2453	0.7878	-0.662	-0.1512	0.4353	-0.0219	-0.0322	0.4448	-0.0182	0.8775	21.4016	-2.2728	56.9787
16	3.7435	-0.0191	-0.1957	0.689	-0.0056	1.3841	-0.0321	-0.329	-0.2294	-0.0046	0.0218	0.1493	0.2306	-0.1457	0.0126	0.3444	-0.0325	0.0035	0.21	0.0763	0.2377	0.9768	7.1608	68.525
17	1.475	-0.4261	-0.3713	1.7667	1.0068	2.1667	-0.0751	0.0738	0.3501	0.1325	-0.026	0.2438	-0.4827	-0.2597	0.0244	0.2742	-0.0245	-0.0665	0.2127	-0.0183	0.4357	13.2076	29.0039	60.977

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 37 THROUGH 79 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 80 THROUGH 200 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 201 THROUGH 302 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 303 THROUGH 382 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 12 THROUGH 51 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 52 THROUGH 79 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 80 THROUGH 200 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 201 THROUGH 380 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESID 37 THROUGH 79 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESID 80 THROUGH 241 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESID 242 THROUGH 268 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESID 269 THROUGH 322 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESID 323 THROUGH 382 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN D AND (RESID 12 THROUGH 51 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN D AND (RESID 52 THROUGH 79 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESID 80 THROUGH 268 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN D AND (RESID 269 THROUGH 382 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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