PDB-5i92: Crystal structure of Glutamate-1-semialdehyde 2,1- aminomutase (G...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i92

タイトル

Crystal structure of Glutamate-1-semialdehyde 2,1- aminomutase (GSA) from Pseudomonas aeruginosa

要素

Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase

キーワード

ISOMERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase / glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Glutamate-1-semialdehyde 2,1- aminomutase (GSA) from Pseudomonas aeruginosa
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Delker, S.L. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5i92.ent.gz	808.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i92.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5i92_validation.pdf.gz	504.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i92_full_validation.pdf.gz	517.9 KB	表示
XML形式データ	5i92_validation.xml.gz	105.9 KB	表示
CIF形式データ	5i92_validation.cif.gz	158.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/5i92 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/5i92	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1oat-1 2e7u-1 2wk7-d 3a8u-2 6sh2-d 2oat-3 2oat-2 4jez-d 2can-1 2e54-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-PsaeA.01026.a

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetTrack: SSGCID-PsaeA.01026.a

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase

B: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase

C: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase

D: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase

E: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase

F: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase

ヘテロ分子

280 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase

B: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase

D: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.3 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase

F: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.660, 121.440, 142.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.270, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase / GSA / Glutamate-1-semialdehyde aminotransferase / GSA-AT 分子量: 46474.934 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: hemL, PA3977 / プラスミド: PSAEA.01026.A.B1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P48247, glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₃NO₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MCSG-1 (D9): 25% PEG-3350, 0.2M NACL, 0.1M TRIS, PH=8.5, CRYO: 20% EG

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月12日 / 詳細: BERYLLIUM LENSES

放射

モノクロメーター: DIAMOND [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→47.52 Å / Num. obs: 241258 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 18.48 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_rim(I) all: 0.064 / Χ²: 0.984 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 1022137

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8		0.482	3.33	75143	17805	17795	0.864	0.55	99.9
1.8-1.84		0.387	4.19	73274	17352	17343	0.91	0.441	99.9
1.84-1.9		0.306	5.24	71961	16990	16988	0.936	0.349	100
1.9-1.96		0.235	6.68	69280	16350	16330	0.963	0.268	99.9
1.96-2.02		0.19	8.16	67485	15908	15892	0.972	0.217	99.9
2.02-2.09		0.147	10.22	65365	15385	15374	0.983	0.168	99.9
2.09-2.17		0.121	12.18	63120	14834	14824	0.988	0.138	99.9
2.17-2.26		0.099	14.51	60963	14321	14311	0.992	0.113	99.9
2.26-2.36		0.085	16.54	58304	13697	13681	0.993	0.097	99.9
2.36-2.47		0.073	18.75	55929	13124	13115	0.995	0.083	99.9
2.47-2.61		0.063	21.29	53206	12486	12476	0.996	0.072	99.9
2.61-2.77		0.055	24.16	50191	11777	11767	0.997	0.062	99.9
2.77-2.96		0.047	27.24	47320	11145	11123	0.998	0.054	99.8
2.96-3.2		0.04	31.7	43779	10345	10320	0.998	0.045	99.8
3.2-3.5		0.033	37.22	40033	9512	9492	0.999	0.037	99.8
3.5-3.91		0.029	42.19	36009	8632	8603	0.999	0.033	99.7
3.91-4.52		0.025	46.04	31783	7620	7609	0.999	0.029	99.9
4.52-5.53		0.024	46.47	26945	6440	6436	0.999	0.027	99.9
5.53-7.83		0.024	45.91	21100	5036	5035	0.999	0.028	100
	7.83	0.021	50.11	10947	2795	2744	0.999	0.024	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2313)	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→47.503 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1788	1819	75 %
R_work	0.1528	239385	-
obs	0.153	241204	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.94 Å² / B_iso mean: 21.755 Å² / B_iso min: 6.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→47.503 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18764	0	60	2168	20992
B_iso mean	-	-	33.52	32.47	-
残基数	-	-	-	-	2530

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	19831
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.88	26975
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	2993
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3572
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.735	11845

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.75-1.7973	0.2199	152	0.1943	18327	18479
1.7973-1.8502	0.2164	131	0.1831	18392	18523
1.8502-1.9099	0.2199	126	0.1727	18412	18538
1.9099-1.9782	0.2089	123	0.1657	18373	18496
1.9782-2.0574	0.1873	145	0.1578	18346	18491
2.0574-2.151	0.1749	123	0.1532	18400	18523
2.151-2.2644	0.1907	125	0.1548	18435	18560
2.2644-2.4063	0.1883	134	0.1593	18356	18490
2.4063-2.5921	0.2111	150	0.1624	18449	18599
2.5921-2.8529	0.2046	172	0.1674	18380	18552
2.8529-3.2656	0.1847	168	0.1618	18393	18561
3.2656-4.114	0.1581	142	0.1331	18462	18604
4.114-47.5202	0.1244	128	0.132	18660	18788

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0557	-0.0676	0.014	0.0654	-0.0118	0.0352	0.0197	0.1861	0.0731	-0.0765	0.0056	-0.0322	0.0289	-0.0611	-0	0.1339	-0.0172	-0.0071	0.1624	-0.0143	0.124	18.0038	-24.4404	44.9379
2	0.1103	0.1418	-0.0317	0.2005	0.0697	0.1584	-0.0656	0.0148	-0.0075	-0.0229	0.0147	-0.0442	0.0688	0.0553	0	0.09	0.0047	0.0019	0.1283	-0.006	0.1276	35.7984	-26.3111	55.5843
3	0.2386	-0.1154	0.0032	0.1494	-0.1039	0.18	0.0343	-0.0677	-0.0071	0.005	0.0131	-0.0005	0.0029	0.0141	0.0373	0.0809	-0.0162	-0.0058	0.1399	-0.0204	0.1203	25.0766	-6.4266	69.2827
4	0.1696	-0.0777	0.0764	0.0884	-0.0601	0.0366	0.0132	-0.005	0.1134	-0.1258	-0.0148	0.1036	-0.0379	0.0091	-0	0.0945	0.0007	0.0091	0.0966	-0.0072	0.1245	13.5228	4.6807	57.2782
5	0.474	-0.0148	-0.0993	0.1217	-0.1432	0.3076	0.0488	0.0362	0.0778	0.0145	-0.0469	-0.0535	-0.0557	0.0717	0.0077	0.0793	-0.0223	0.0061	0.1069	-0.0231	0.1376	30.8464	5.0036	61.1827
6	0.253	-0.0556	-0.0909	0.2185	-0.1878	0.2098	-0.0076	-0.064	-0.1063	0.1194	-0.0201	-0.0686	0.0079	0	-0.014	0.0901	0.006	-0.0128	0.1536	-0.0434	0.128	26.951	-9.087	73.1321
7	0.048	0.0066	0.0113	0.1856	-0.2326	0.8215	-0.0366	0.009	0.0019	-0.0249	0.0549	-0.0324	-0.0423	-0.0841	0.0223	0.0712	0.002	0.0049	0.1571	-0.0058	0.1049	37.3936	-9.008	46.0476
8	0.1156	-0.0164	-0.0007	0.3116	0.0186	0.0433	-0.0363	-0.0077	-0.0411	-0.1414	0.0445	-0.0453	0.0164	-0.1022	-0	0.1162	-0.0149	0.015	0.1571	-0.0048	0.1263	38.0054	-15.6737	40.9433
9	0.0422	-0.0179	-0.0446	0.044	0.0013	0.0434	0.0215	-0.0989	-0.0223	0.1934	-0.0869	0.0587	-0.0375	0.0075	0	0.1621	-0.0453	-0.0125	0.2076	-0.0063	0.1183	28.3274	-15.5843	87.66
10	0.166	-0.0733	0.102	0.1806	-0.0968	0.0834	0.0269	-0.0487	-0.0502	0.0188	-0.0405	0.0132	0.0945	0.1817	0	0.1404	-0.0081	-0.0032	0.1762	0.0214	0.1608	25.8221	-33.3	77.2838
11	0.0609	-0.0196	-0.0733	0.2935	0.0111	0.1581	0.0101	0.0119	0.0033	-0.0215	0.0162	0.0064	0.0325	0.0337	0.0001	0.0702	-0.0064	-0.0084	0.0957	-0.0113	0.124	9.5375	-18.1903	62.9372
12	0.0518	-0.006	-0.0376	0.1086	0.0616	0.0475	-0.0255	-0.09	0.1442	0.0385	-0.0096	0.1624	-0.036	-0.0181	0	0.1028	0.0022	0.0148	0.1406	-0.0106	0.1947	1.9066	-3.801	74.2587
13	0.0187	0.06	-0.0569	0.3926	0.0043	0.3086	-0.0435	0.0668	-0.0199	0.2895	-0.0479	0.1169	0.4201	-0.0895	-0.0257	-0.1429	-0.0538	-0.0221	0.0716	-0.011	0.1943	-1.4397	-21.0303	70.4476
14	0.1353	-0.0407	-0.1383	0.3869	0.1014	0.1811	0.0272	0.0321	-0.0768	-0.0088	-0.0838	0.065	0.1023	0.036	-0.0117	0.0818	-0.0191	-0.0125	0.0882	-0.008	0.1191	10.7888	-29.8719	69.7918
15	0.4543	0.0907	-0.0748	0.3375	0.0134	0.4196	0.1109	-0.1176	-0.0023	0.0117	-0.0923	0.0161	-0.0714	0.0311	0.0005	0.1687	-0.0351	0.0224	0.1265	0.0022	0.1144	9.9237	-27.5887	91.9389
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精密化 TLSグループ

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8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 389 through 427 )	A	389 - 427
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 35 )	B	1 - 35
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 36 through 81 )	B	36 - 81
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16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 1 through 35 )	C	1 - 35
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 36 through 81 )	C	36 - 81
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19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 154 through 183 )	C	154 - 183
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 184 through 268 )	C	184 - 268
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 269 through 301 )	C	269 - 301
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 302 through 342 )	C	302 - 342
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 343 through 426 )	C	343 - 426
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 1 through 35 )	D	1 - 35
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28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 184 through 259 )	D	184 - 259
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 260 through 301 )	D	260 - 301
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 302 through 367 )	D	302 - 367
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 368 through 388 )	D	368 - 388
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 389 through 426 )	D	389 - 426
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 1 through 35 )	E	1 - 35
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 36 through 81 )	E	36 - 81
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 82 through 102 )	E	82 - 102
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 103 through 153 )	E	103 - 153
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 154 through 183 )	E	154 - 183
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 184 through 268 )	E	184 - 268
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 269 through 301 )	E	269 - 301
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 302 through 342 )	E	302 - 342
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 343 through 426 )	E	343 - 426
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 1 through 35 )	F	1 - 35
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 36 through 81 )	F	36 - 81
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 82 through 153 )	F	82 - 153
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 154 through 183 )	F	154 - 183
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 184 through 268 )	F	184 - 268
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 269 through 341 )	F	269 - 341
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 342 through 425 )	F	342 - 425
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 501 through 501 )	F	501

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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