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- PDB-3a8u: Crystal Structure of omega-Amino Acid:Pyruvate Aminotransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a8u
タイトルCrystal Structure of omega-Amino Acid:Pyruvate Aminotransferase
要素Omega-amino acid--pyruvate aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / Large pleated sheet / transaminase / Aminotransferase / Pyridoxal phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-alanine-pyruvate transaminase / beta-alanine:pyruvate transaminase activity / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Omega-amino acid--pyruvate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Watanabe, N. / Sakabe, N. / Sakabe, K. / Sasaki, K.
引用
ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of omega-Amino Acid:Pyruvate Aminotransferase
著者: Watanabe, N. / Sakabe, N. / Sakabe, K. / Sasaki, K.
#1: ジャーナル: J.Biochem. / 年: 1989
タイトル: Crystal structure analysis of omega-amino acid:pyruvate aminotransferase with a newly developed Weissenberg camera and an imaging plate using synchrotron radiation
著者: Watanabe, N. / Sakabe, K. / Sakabe, N. / Higashi, T. / Sasaki, K. / Aibara, S. / Morita, Y. / Yonaha, K. / Toyama, S. / Fukutani, H.
履歴
登録2009年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Omega-amino acid--pyruvate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9162
ポリマ－48,6681
非ポリマー2471
水6,684371
1
X: Omega-amino acid--pyruvate aminotransferase
ヘテロ分子

X: Omega-amino acid--pyruvate aminotransferase
ヘテロ分子

X: Omega-amino acid--pyruvate aminotransferase
ヘテロ分子

X: Omega-amino acid--pyruvate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,6628
ポリマ－194,6744
非ポリマー9894
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
2
X: Omega-amino acid--pyruvate aminotransferase
ヘテロ分子

X: Omega-amino acid--pyruvate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,8314
ポリマ－97,3372
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area13240 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area27170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.460, 137.790, 61.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-1329-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Omega-amino acid--pyruvate aminotransferase / Omega-APT / Beta-alanine--pyruvate aminotransferase


分子量: 48668.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas putida (バクテリア) / 参照: UniProt: P28269, beta-alanine-pyruvate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: dialysis / pH: 7.8
詳細: 2.2M ammonium sulphate, 0.33M potassium phosphate buffer, pH 7.8, Dialysis, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→55.9 Å / Num. all: 137549 / Num. obs: 135011 / % possible obs: 73.6 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.15→1.19 Å / 冗長度: 17.6 % / Rmerge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 0.26 / Num. unique all: 3274 / % possible all: 17.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.734 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15763 5129 5 %RANDOM
Rwork0.14617 ---
obs0.14675 97574 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.774 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20 Å20 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3365 0 16 371 3752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0213482
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3411.9584723
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9855440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2520
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21393
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0990.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0950.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7221.52183
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44923494
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.44631299
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9634.51229
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.228 302
Rwork0.222 6793

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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