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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rxp | ||||||
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タイトル | Fab1512 in complex with the C-terminal alpha-TSR domain of P. falciparum | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody / Sporozoite / Circumsporozoite protein / alpha-TSR domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell surface binding / symbiont entry into host / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / heparan sulfate proteoglycan binding / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.761 Å | ||||||
データ登録者 | Pholcharee, T. / Oyen, D. / Wilson, I.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2022 タイトル: A novel CSP C-terminal epitope targeted by an antibody with protective activity against Plasmodium falciparum. 著者: Beutler, N. / Pholcharee, T. / Oyen, D. / Flores-Garcia, Y. / MacGill, R.S. / Garcia, E. / Calla, J. / Parren, M. / Yang, L. / Volkmuth, W. / Locke, E. / Regules, J.A. / Dutta, S. / Emerling, ...著者: Beutler, N. / Pholcharee, T. / Oyen, D. / Flores-Garcia, Y. / MacGill, R.S. / Garcia, E. / Calla, J. / Parren, M. / Yang, L. / Volkmuth, W. / Locke, E. / Regules, J.A. / Dutta, S. / Emerling, D. / Early, A.M. / Neafsey, D.E. / Winzeler, E. / King, C.R. / Zavala, F. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. / Rogers, T.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rxp.cif.gz | 210.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rxp.ent.gz | 168.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rxp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/7rxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/7rxp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23830.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 25085.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
#3: タンパク質 | 分子量: 7582.599 Da / 分子数: 1 Fragment: C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 309-375) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0304600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7K740 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG3000, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES. pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03324 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03324 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 55594 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.5 % / CC1/2: 0.96 / Rpim(I) all: 0.033 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.79 Å / Num. unique obs: 2685 / CC1/2: 0.769 / Rpim(I) all: 0.357 / Rsym value: 0.901 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Homology model 解像度: 1.761→31.397 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.53 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.761→31.397 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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