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- PDB-7rm4: Neoantigen p53R175H-specific TCR 6-11 binds to p53R175H-HLA-A2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rm4
タイトルNeoantigen p53R175H-specific TCR 6-11 binds to p53R175H-HLA-A2
要素
  • 6-11 T cell receptor alpha chain
  • 6-11 T cell receptor beta chain
  • Beta-2-microglobulin
  • Cellular tumor antigen p53 peptide
  • HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR-pMHC / Neoantigen / Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / negative regulation of helicase activity / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity ...Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / negative regulation of helicase activity / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of fibroblast apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / positive regulation of programmed necrotic cell death / mRNA transcription / bone marrow development / circadian behavior / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / germ cell nucleus / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase regulator activity / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / negative regulation of glial cell proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuroblast proliferation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / T cell lineage commitment / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / mitochondrial DNA repair / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / CD8 receptor binding / ER overload response / B cell lineage commitment / thymocyte apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of mitophagy / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of DNA replication / entrainment of circadian clock by photoperiod / PI5P Regulates TP53 Acetylation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / beta-2-microglobulin binding / Zygotic genome activation (ZGA) / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / necroptotic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / endoplasmic reticulum exit site / rRNA transcription / TFIID-class transcription factor complex binding / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / T cell proliferation involved in immune response / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / TAP binding / positive regulation of execution phase of apoptosis / Transcriptional Regulation by VENTX / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / replicative senescence / cellular response to UV-C / general transcription initiation factor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to actinomycin D / neuroblast proliferation / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / type II interferon-mediated signaling pathway / hematopoietic stem cell differentiation / Pyroptosis / chromosome organization / viral process / embryonic organ development / somitogenesis / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / glial cell proliferation / detection of bacterium / hematopoietic progenitor cell differentiation / T cell receptor binding
類似検索 - 分子機能
Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family ...Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Cellular tumor antigen p53 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Wu, D. / Mariuzza, R.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI129893 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126299 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: T cell receptors employ diverse strategies to target a p53 cancer neoantigen.
著者: Wu, D. / Gowathaman, R. / Pierce, B.G. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録2021年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Cellular tumor antigen p53 peptide
D: 6-11 T cell receptor beta chain
E: 6-11 T cell receptor alpha chain
F: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Cellular tumor antigen p53 peptide
I: 6-11 T cell receptor beta chain
J: 6-11 T cell receptor alpha chain
K: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
M: Cellular tumor antigen p53 peptide
N: 6-11 T cell receptor beta chain
O: 6-11 T cell receptor alpha chain
P: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
Q: Beta-2-microglobulin
R: Cellular tumor antigen p53 peptide
S: 6-11 T cell receptor beta chain
T: 6-11 T cell receptor alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)383,41120
ポリマ－383,41120
非ポリマー00
水00
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Cellular tumor antigen p53 peptide
D: 6-11 T cell receptor beta chain
E: 6-11 T cell receptor alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,8535
ポリマ－95,8535
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Cellular tumor antigen p53 peptide
I: 6-11 T cell receptor beta chain
J: 6-11 T cell receptor alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,8535
ポリマ－95,8535
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
M: Cellular tumor antigen p53 peptide
N: 6-11 T cell receptor beta chain
O: 6-11 T cell receptor alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,8535
ポリマ－95,8535
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
P: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
Q: Beta-2-microglobulin
R: Cellular tumor antigen p53 peptide
S: 6-11 T cell receptor beta chain
T: 6-11 T cell receptor alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,8535
ポリマ－95,8535
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.226, 55.144, 304.877
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.740, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 57 or (resid 58...
21chain F
31chain K
41chain P
12chain B
22(chain G and resid 1 through 99)
32chain L
42chain Q
13chain C
23chain H
33chain M
43chain R
14(chain D and (resid 2 through 227 or (resid 228...
24(chain I and (resid 2 through 82 or (resid 83...
34(chain N and (resid 2 through 82 or (resid 83...
44(chain S and (resid 2 through 82 or (resid 83...
15chain E
25chain J
35chain O
45chain T

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLYGLYPROPRO(chain A and (resid 1 through 57 or (resid 58...AA1 - 571 - 57
121GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 1 through 57 or (resid 58...AA5858
131GLYGLYGLUGLU(chain A and (resid 1 through 57 or (resid 58...AA1 - 2751 - 275
141GLYGLYGLUGLU(chain A and (resid 1 through 57 or (resid 58...AA1 - 2751 - 275
151GLYGLYGLUGLU(chain A and (resid 1 through 57 or (resid 58...AA1 - 2751 - 275
161GLYGLYGLUGLU(chain A and (resid 1 through 57 or (resid 58...AA1 - 2751 - 275
211GLYGLYGLUGLUchain FFF1 - 2751 - 275
311GLYGLYGLUGLUchain KKK1 - 2751 - 275
411GLYGLYGLUGLUchain PPP1 - 2751 - 275
112METMETMETMETchain BBB1 - 1001 - 100
212METMETASPASP(chain G and resid 1 through 99)GG1 - 991 - 99
312METMETMETMETchain LLL1 - 1001 - 100
412METMETMETMETchain QQQ1 - 1001 - 100
113HISHISCYSCYSchain CCC1 - 91 - 9
213HISHISCYSCYSchain HHH1 - 91 - 9
313HISHISCYSCYSchain MMM1 - 91 - 9
413HISHISCYSCYSchain RRR1 - 91 - 9
114ALAALAASPASP(chain D and (resid 2 through 227 or (resid 228...DD2 - 2273 - 228
124ARGARGALAALA(chain D and (resid 2 through 227 or (resid 228...DD228 - 229229 - 230
134ALAALAALAALA(chain D and (resid 2 through 227 or (resid 228...DD2 - 2443 - 245
144ALAALAALAALA(chain D and (resid 2 through 227 or (resid 228...DD2 - 2443 - 245
154ALAALAALAALA(chain D and (resid 2 through 227 or (resid 228...DD2 - 2443 - 245
164ALAALAALAALA(chain D and (resid 2 through 227 or (resid 228...DD2 - 2443 - 245
214ALAALAALAALA(chain I and (resid 2 through 82 or (resid 83...II2 - 823 - 83
224LYSLYSLYSLYS(chain I and (resid 2 through 82 or (resid 83...II8384
234ALAALAALAALA(chain I and (resid 2 through 82 or (resid 83...II2 - 2443 - 245
244ALAALAALAALA(chain I and (resid 2 through 82 or (resid 83...II2 - 2443 - 245
254ALAALAALAALA(chain I and (resid 2 through 82 or (resid 83...II2 - 2443 - 245
264ALAALAALAALA(chain I and (resid 2 through 82 or (resid 83...II2 - 2443 - 245
314ALAALAALAALA(chain N and (resid 2 through 82 or (resid 83...NN2 - 823 - 83
324LYSLYSLYSLYS(chain N and (resid 2 through 82 or (resid 83...NN8384
334ALAALAALAALA(chain N and (resid 2 through 82 or (resid 83...NN2 - 2443 - 245
344ALAALAALAALA(chain N and (resid 2 through 82 or (resid 83...NN2 - 2443 - 245
354ALAALAALAALA(chain N and (resid 2 through 82 or (resid 83...NN2 - 2443 - 245
414ALAALAALAALA(chain S and (resid 2 through 82 or (resid 83...SS2 - 823 - 83
424LYSLYSLYSLYS(chain S and (resid 2 through 82 or (resid 83...SS8384
434ALAALAALAALA(chain S and (resid 2 through 82 or (resid 83...SS2 - 2443 - 245
115LYSLYSPROPROchain EEE3 - 2024 - 203
215LYSLYSPROPROchain JJJ3 - 2024 - 203
315LYSLYSPROPROchain OOO3 - 2024 - 203
415LYSLYSPROPROchain TTT3 - 2024 - 203

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

#1: タンパク質
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Human leukocyte antigen A / HLA-A


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04439
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド
Cellular tumor antigen p53 peptide / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 1114.320 Da / 分子数: 4 / Mutation: R175H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53, P53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04637
#4: タンパク質
6-11 T cell receptor beta chain


分子量: 27662.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: 6-11 T cell receptor beta chain / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#5: タンパク質
6-11 T cell receptor alpha chain


分子量: 23342.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: 6-11 T cell receptor alpha chain / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 8.5), and 0.2 M Potassium thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.33→49.319 Å / Num. obs: 60837 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 3.33→3.45 Å / Num. unique obs: 4526 / CC1/2: 0.737

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WKF, 6OVN, 6VR5

5wkf

6ovn

6vr5


解像度: 3.33→49.319 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2949 2703 4.65 %
Rwork0.237 55378 -
obs0.2397 58081 92.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 144.11 Å2 / Biso mean: 50.5848 Å2 / Biso min: 10.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.33→49.319 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26474 0 0 0 26474
残基数----3308
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3376X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
12F3376X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
13K3376X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
14P3376X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
21B1196X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
22G1196X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
23L1196X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
24Q1196X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
31C104X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
32H104X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
33M104X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
34R104X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
41D2912X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
42I2912X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
43N2912X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
44S2912X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
51E2400X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
52J2400X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
53O2400X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
54T2400X-RAY DIFFRACTION2.015TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.33-3.39050.39121150.3319209167
3.3905-3.45570.39031290.3194241377
3.4557-3.52630.38291310.3126258985
3.5263-3.60290.36051500.3153285992
3.6029-3.68670.37111440.3097302796
3.6867-3.77890.34461380.3009299598
3.7789-3.8810.35081600.2811305598
3.881-3.99510.33671600.2747307398
3.9951-4.1240.37351320.2574299097
4.124-4.27130.29071530.2451304496
4.2713-4.44230.33531170.2257294895
4.4423-4.64430.24311380.2066293693
4.6443-4.88890.24061340.1874287592
4.8889-5.19490.25451430.189294394
5.1949-5.59550.25121680.1953304396
5.5955-6.15770.25611260.2053310697
6.1577-7.04650.30711470.2165316399
7.0465-8.86940.24631610.1959306996
8.8694-49.3190.19811570.1905315994

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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