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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rep
タイトルCrystal structure of an engineered variant of single-chain Penicillin G Acylase from Kluyvera cryocrescens (A1-Ac Rd3CHis)
要素Penicillin G acylase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / penicillin (ペニシリン) / acylase
機能・相同性phenylmethanesulfonic acid
機能・相同性情報
生物種Kluyvera cryocrescens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.192 Å
データ登録者Orth, P.
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: A chemoenzymatic strategy for site-selective functionalization of native peptides and proteins.
著者: Fryszkowska, A. / An, C. / Alvizo, O. / Banerjee, G. / Canada, K.A. / Cao, Y. / DeMong, D. / Devine, P.N. / Duan, D. / Elgart, D.M. / Farasat, I. / Gauthier, D.R. / Guidry, E.N. / Jia, X. / ...著者: Fryszkowska, A. / An, C. / Alvizo, O. / Banerjee, G. / Canada, K.A. / Cao, Y. / DeMong, D. / Devine, P.N. / Duan, D. / Elgart, D.M. / Farasat, I. / Gauthier, D.R. / Guidry, E.N. / Jia, X. / Kong, J. / Kruse, N. / Lexa, K.W. / Makarov, A.A. / Mann, B.F. / Milczek, E.M. / Mitchell, V. / Nazor, J. / Neri, C. / Orr, R.K. / Orth, P. / Phillips, E.M. / Riggins, J.N. / Schafer, W.A. / Silverman, S.M. / Strulson, C.A. / Subramanian, N. / Voladri, R. / Yang, H. / Yang, J. / Yi, X. / Zhang, X. / Zhong, W.
履歴
登録2021年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin G acylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4713
ポリマ－86,2591
非ポリマー2122
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.700, 102.700, 255.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Penicillin G acylase


分子量: 86259.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyvera cryocrescens (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: ペニシリンアミダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PMS / phenylmethanesulfonic acid / ベンゼンメタンスルホン酸


分子量: 172.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 2M Ammonium sulfate, 100mM Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.192→50 Å / Num. obs: 70875 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.192→2.28 Å / Num. unique obs: 6972 / CC1/2: 0.399

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (11-DEC-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PEM

4pem


解像度: 2.192→47.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU R Cruickshank DPI: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.184 / SU Rfree Blow DPI: 0.164 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.164
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2519 1396 1.97 %RANDOM
Rwork0.2248 ---
obs0.2254 70766 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 92.09 Å2 / Biso mean: 46.01 Å2 / Biso min: 26.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4151 Å20 Å20 Å2
2---0.4151 Å20 Å2
3---0.8302 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.192→47.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6022 0 11 236 6269
Biso mean--53.77 44.88 -
残基数----764
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2053SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1065HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6211HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion781SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5333SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6211HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8467HARMONIC20.91
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.57
LS精密化 シェル解像度: 2.192→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4289 25 1.77 %
Rwork0.358 1391 -
obs--92.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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