PDB-7rdk: Crystal structure of PCDN-16B, an anti-HIV antibody from the PCDN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rdk

タイトル

Crystal structure of PCDN-16B, an anti-HIV antibody from the PCDN bnAb lineage (cysteinylated state)

要素

(PCDN-16B Fab ...) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Broadly Neutralizing / HIV-1 / Cysteinylation

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / CYSTEINE

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Omorodion, O. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Cysteinylation in Broadly Neutralizing Antibodies to HIV-1.
著者: Omorodion, O. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2021年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rdk.cif.gz	211.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rdk.ent.gz	149.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rdk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/7rdk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/7rdk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7rdjC 7rdlC 7rdmC 5bzdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1u8o-d 4fqq-2 2fx9-2 4nhc-d 2f5b-d 4yaq-2 1u8l-d 1u95-d 2p8l-d 4fqq-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PCDN-16B Fab light chain

B: PCDN-16B Fab heavy chain

ヘテロ分子

48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.211, 115.230, 44.104
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.085, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体	PCDN-16B Fab light chain 分子量: 23458.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	PCDN-16B Fab heavy chain 分子量: 24818.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 80分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CYS / CYSTEINE / システインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.93 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→50 Å / Num. obs: 14022 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 36.68 Å² / CC_1/2: 0.83 / R_pim(I) all: 0.09 / R_sym value: 0.12 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.46→2.54 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 659 / CC_1/2: 0.48 / R_pim(I) all: 0.41 / R_sym value: 0.52 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000	2.3.10	データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.6.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BZD

5bzd

解像度: 2.46→43.55 Å / SU ML: 0.4126 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.9039
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2533	702	5.01 %
R_work	0.2078	13301	-
obs	0.2103	14003	92.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→43.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3372	0	26	75	3473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	3485
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5156	4745
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0407	531
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	608
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.3425	1248

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.65	0.3533	101	0.3129	2415	X-RAY DIFFRACTION	83.26
2.65-2.91	0.3867	129	0.2916	2668	X-RAY DIFFRACTION	92.89
2.91-3.33	0.2967	145	0.248	2719	X-RAY DIFFRACTION	94.4
3.33-4.2	0.235	172	0.1837	2754	X-RAY DIFFRACTION	96
4.2-43.55	0.1901	155	0.1549	2745	X-RAY DIFFRACTION	94.03

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.26888768054	-0.00455045807548	0.290250435527	6.03563085966	0.336416803504	7.10483926268	-0.0274900109408	-0.0137620623422	-0.214919462164	-0.179832468381	0.228554695301	0.288098489026	0.407169204797	-0.189741378864	-0.165123198322	0.318669041084	-0.0568285382811	0.028196858997	0.197156269781	-0.0353669216593	0.362396108281	201.464	-51.654	102.269
2	0.475143464837	-0.220006123227	0.913758626696	2.20232698762	-2.2179763989	3.27188732014	0.26425089981	-0.0708015759176	-0.204662965602	-0.260609683092	0.21432881022	0.331934980818	0.327797295457	-0.00324347341076	-0.48095706319	0.240829981192	0.0408144089684	-0.0212005946946	0.180844495674	-0.0602350520881	0.370623824186	199.467	-48.746	98.209
3	3.39350078438	2.84329724277	0.652697872532	6.82305335388	0.16284908173	0.855901930462	-0.0413381836601	0.192213516343	0.34912410585	-0.301584065581	0.111159278814	-0.123162028211	0.0126984563955	-0.0289372971772	-0.043945389551	0.232916426152	0.0455755712504	0.0636996527051	0.26121262964	-0.00281735829002	0.338358550245	203.268	-19.697	84.337
4	0.716844559681	-0.017084428512	0.606738242362	4.54511308599	-0.836763496561	2.47184838278	0.291254675729	-0.115269922242	0.587665552018	0.655570416651	0.393420019968	-0.113935894149	-0.394523424843	0.167047763664	-0.568771395427	0.441892028333	0.02340008454	0.191062046932	0.280057016579	-0.0767340967521	0.495506321037	207.204	-37.159	119.909
5	4.90974167191	-3.11114036078	2.6522233194	4.91860293508	-0.871523632079	6.09716888226	-0.075793379762	0.119475045494	-0.337090678354	0.481249641081	0.38660483482	-0.641411389018	0.178176707612	0.933963438361	-0.355846183454	0.315303327144	0.0082720511305	0.0451125651849	0.252779246671	-0.158111593424	0.61070584779	214.741	-43.641	114.988
6	2.76538073511	2.03845056255	2.47901619391	7.35767229444	-2.00987304257	4.92148708078	-0.113101206412	-0.236991909734	-0.291188504747	0.917880330677	-0.206891322439	-0.573363699593	0.175707271282	0.609345452309	0.237173429295	0.378905131607	0.0547633185534	-0.101900727981	0.305978306504	-0.089329122427	0.308867367062	214.387	-38.465	123.342
7	2.03082990969	-2.50371325184	0.68929292501	9.28011396989	-3.42651261359	1.59672869432	-0.0773664996331	-0.0553649869207	-0.308177911391	-0.246311555884	0.331655271954	0.372819159003	0.0370604532356	0.0759567392371	-0.164920093819	0.302711113239	-0.000992012876283	0.104629694315	0.308631733492	-0.113511553328	0.442671582675	210.943	-48.285	118.085
8	0.9087938632	-0.470997535319	0.48977934885	2.46449554851	-1.05559113623	0.609928014218	0.0164215544117	0.0968475266204	-0.0113983383416	-0.0587749027742	0.01873798632	0.0418635600039	-0.037235064691	0.0228842979697	-0.0140815551277	0.267868889783	0.0671424266531	0.111722421892	0.290928185878	-0.157151234449	0.395332247666	201.697	-25.62	102.365
9	5.25664966199	-0.476642001589	0.878637387975	0.99939360496	-1.25115981846	1.56564723171	-0.265003886202	-1.1364613051	0.27111834657	0.323938916363	0.183050520937	0.00571837414898	-0.219873697385	-0.572604464114	-0.150879981672	0.271146445117	0.0557430094243	0.0646291551242	0.448741957557	-0.0269386345476	0.252522428899	197.289	-16.127	98.97
10	5.06072379322	-1.8142913609	1.41534034114	6.5934737592	-0.29287439898	0.403933643319	-0.223675022945	-0.610530061409	0.0238523493439	0.165057078694	0.0295050848455	1.36688542241	-0.0770977295935	-0.682841210956	0.0561196432992	0.113260835552	-0.0832244102935	0.0103863553589	0.533576169569	-0.0234992935464	0.351428913697	185.839	-19.177	96.02
11	5.08072932283	0.810569237599	2.4571789997	2.98756895011	0.292383122691	3.24337736384	0.181589499789	-0.408827684757	-0.0835660242655	0.141189348871	-0.00277481977299	-0.157930570283	-0.25774622035	-0.359459669418	-0.17700170817	0.225604760419	-0.0212225915205	0.139498027056	0.288083299426	-0.048972987228	0.364219849737	195.25	-16.031	95.572
12	3.48356030299	-0.727826033119	4.16789376883	3.96782707876	-0.357586075058	5.16958737155	-0.620150828579	-0.262144157667	1.21391959843	0.0870286015772	0.227949423662	-0.732704888161	-0.560088083499	0.501530299653	0.256546432042	0.371415015143	0.115920568289	0.0481922275151	0.624838916767	-0.213194901437	0.818794123172	194.105	-8.056	98.073
13	5.05272472208	7.9171545591	8.55890802176	1.99997551077	2.00004278567	2.00000121518	0.302120469165	-1.10184826034	-0.000175608317771	0.512942877742	0.265154304214	1.14610282567	-0.203101276165	0.964871801237	-0.493453376555	0.336715440442	0.187836303174	0.185614607669	0.675415618633	0.0106373523954	0.643480003872	202.751	-52.78	117.248

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID	Beg PDB ins code	End PDB ins code
1	1	( CHAIN A AND RESID 0:61 )	A	0 - 61
2	2	( CHAIN A AND RESID 62:113 )	A	62 - 113
3	3	( CHAIN A AND RESID 114:214 )	A	114 - 214
4	4	( CHAIN B AND RESID 1:40 )	B	1 - 40
5	5	( CHAIN B AND RESID 41:63 )	B	41 - 63
6	6	( CHAIN B AND RESID 64:82 )	B	64 - 82
7	7	( CHAIN B AND RESID 82:102 )	B	82 - 102	A	G
8	8	( CHAIN B AND RESID 100:134 )	B	100 - 134	H
9	9	( CHAIN B AND RESID 135:154 )	B	135 - 154
10	10	( CHAIN B AND RESID 155:165 )	B	155 - 165
11	11	( CHAIN B AND RESID 166:200 )	B	166 - 200
12	12	( CHAIN B AND RESID 201:216 )	B	201 - 216
13	13	( CHAIN B AND RESID 301:301 )	B	301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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