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- PDB-7rdk: Crystal structure of PCDN-16B, an anti-HIV antibody from the PCDN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rdk
タイトルCrystal structure of PCDN-16B, an anti-HIV antibody from the PCDN bnAb lineage (cysteinylated state)
要素(PCDN-16B Fab ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Antibody (抗体) / Broadly Neutralizing / HIV-1 / Cysteinylation
機能・相同性システイン
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Omorodion, O. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP119635 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Cysteinylation in Broadly Neutralizing Antibodies to HIV-1.
著者: Omorodion, O. / Wilson, I.A.
履歴
登録2021年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PCDN-16B Fab light chain
B: PCDN-16B Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7117
ポリマ－48,2782
非ポリマー4335
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.211, 115.230, 44.104
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.085, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 PCDN-16B Fab light chain


分子量: 23458.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 PCDN-16B Fab heavy chain


分子量: 24818.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 5種, 80分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.93 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→50 Å / Num. obs: 14022 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 36.68 Å2 / CC1/2: 0.83 / Rpim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.46→2.54 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 659 / CC1/2: 0.48 / Rpim(I) all: 0.41 / Rsym value: 0.52 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-20002.3.10データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BZD

5bzd


解像度: 2.46→43.55 Å / SU ML: 0.4126 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.9039
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2533 702 5.01 %
Rwork0.2078 13301 -
obs0.2103 14003 92.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→43.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3372 0 26 75 3473
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00193485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51564745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0407531
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051608
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.34251248
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.46-2.650.35331010.31292415X-RAY DIFFRACTION83.26
2.65-2.910.38671290.29162668X-RAY DIFFRACTION92.89
2.91-3.330.29671450.2482719X-RAY DIFFRACTION94.4
3.33-4.20.2351720.18372754X-RAY DIFFRACTION96
4.2-43.550.19011550.15492745X-RAY DIFFRACTION94.03
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.26888768054-0.004550458075480.2902504355276.035630859660.3364168035047.10483926268-0.0274900109408-0.0137620623422-0.214919462164-0.1798324683810.2285546953010.2880984890260.407169204797-0.189741378864-0.1651231983220.318669041084-0.05682853828110.0281968589970.197156269781-0.03536692165930.362396108281201.464-51.654102.269
20.475143464837-0.2200061232270.9137586266962.20232698762-2.21797639893.271887320140.26425089981-0.0708015759176-0.204662965602-0.2606096830920.214328810220.3319349808180.327797295457-0.00324347341076-0.480957063190.2408299811920.0408144089684-0.02120059469460.180844495674-0.06023505208810.370623824186199.467-48.74698.209
33.393500784382.843297242770.6526978725326.823053353880.162849081730.855901930462-0.04133818366010.1922135163430.34912410585-0.3015840655810.111159278814-0.1231620282110.0126984563955-0.0289372971772-0.0439453895510.2329164261520.04557557125040.06369965270510.26121262964-0.002817358290020.338358550245203.268-19.69784.337
40.716844559681-0.0170844285120.6067382423624.54511308599-0.8367634965612.471848382780.291254675729-0.1152699222420.5876655520180.6555704166510.393420019968-0.113935894149-0.3945234248430.167047763664-0.5687713954270.4418920283330.023400084540.1910620469320.280057016579-0.07673409675210.495506321037207.204-37.159119.909
54.90974167191-3.111140360782.65222331944.91860293508-0.8715236320796.09716888226-0.0757933797620.119475045494-0.3370906783540.4812496410810.38660483482-0.6414113890180.1781767076120.933963438361-0.3558461834540.3153033271440.00827205113050.04511256518490.252779246671-0.1581115934240.61070584779214.741-43.641114.988
62.765380735112.038450562552.479016193917.35767229444-2.009873042574.92148708078-0.113101206412-0.236991909734-0.2911885047470.917880330677-0.206891322439-0.5733636995930.1757072712820.6093454523090.2371734292950.3789051316070.0547633185534-0.1019007279810.305978306504-0.0893291224270.308867367062214.387-38.465123.342
72.03082990969-2.503713251840.689292925019.28011396989-3.426512613591.59672869432-0.0773664996331-0.0553649869207-0.308177911391-0.2463115558840.3316552719540.3728191590030.03706045323560.0759567392371-0.1649200938190.302711113239-0.0009920128762830.1046296943150.308631733492-0.1135115533280.442671582675210.943-48.285118.085
80.9087938632-0.4709975353190.489779348852.46449554851-1.055591136230.6099280142180.01642155441170.0968475266204-0.0113983383416-0.05877490277420.018737986320.0418635600039-0.0372350646910.0228842979697-0.01408155512770.2678688897830.06714242665310.1117224218920.290928185878-0.1571512344490.395332247666201.697-25.62102.365
95.25664966199-0.4766420015890.8786373879750.99939360496-1.251159818461.56564723171-0.265003886202-1.13646130510.271118346570.3239389163630.1830505209370.00571837414898-0.219873697385-0.572604464114-0.1508799816720.2711464451170.05574300942430.06462915512420.448741957557-0.02693863454760.252522428899197.289-16.12798.97
105.06072379322-1.81429136091.415340341146.5934737592-0.292874398980.403933643319-0.223675022945-0.6105300614090.02385234934390.1650570786940.02950508484551.36688542241-0.0770977295935-0.6828412109560.05611964329920.113260835552-0.08322441029350.01038635535890.533576169569-0.02349929354640.351428913697185.839-19.17796.02
115.080729322830.8105692375992.45717899972.987568950110.2923831226913.243377363840.181589499789-0.408827684757-0.08356602426550.141189348871-0.00277481977299-0.157930570283-0.25774622035-0.359459669418-0.177001708170.225604760419-0.02122259152050.1394980270560.288083299426-0.0489729872280.364219849737195.25-16.03195.572
123.48356030299-0.7278260331194.167893768833.96782707876-0.3575860750585.16958737155-0.620150828579-0.2621441576671.213919598430.08702860157720.227949423662-0.732704888161-0.5600880834990.5015302996530.2565464320420.3714150151430.1159205682890.04819222751510.624838916767-0.2131949014370.818794123172194.105-8.05698.073
135.052724722087.91715455918.558908021761.999975510772.000042785672.000001215180.302120469165-1.10184826034-0.0001756083177710.5129428777420.2651543042141.14610282567-0.2031012761650.964871801237-0.4934533765550.3367154404420.1878363031740.1856146076690.6754156186330.01063735239540.643480003872202.751-52.78117.248
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-IDBeg PDB ins codeEnd PDB ins code
11( CHAIN A AND RESID 0:61 )A0 - 61
22( CHAIN A AND RESID 62:113 )A62 - 113
33( CHAIN A AND RESID 114:214 )A114 - 214
44( CHAIN B AND RESID 1:40 )B1 - 40
55( CHAIN B AND RESID 41:63 )B41 - 63
66( CHAIN B AND RESID 64:82 )B64 - 82
77( CHAIN B AND RESID 82:102 )B82 - 102AG
88( CHAIN B AND RESID 100:134 )B100 - 134H
99( CHAIN B AND RESID 135:154 )B135 - 154
1010( CHAIN B AND RESID 155:165 )B155 - 165
1111( CHAIN B AND RESID 166:200 )B166 - 200
1212( CHAIN B AND RESID 201:216 )B201 - 216
1313( CHAIN B AND RESID 301:301 )B301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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