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Yorodumi- PDB-7rdl: Crystal structure of PCDN-22A, an anti-HIV antibody from the PCDN... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rdl | |||||||||
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Title | Crystal structure of PCDN-22A, an anti-HIV antibody from the PCDN bnAb lineage | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antibody / Immunoglobulin / Broadly Neutralizing | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.71 Å | |||||||||
Authors | Omorodion, O. / Wilson, I.A. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2021 Title: Structural and Biochemical Characterization of Cysteinylation in Broadly Neutralizing Antibodies to HIV-1. Authors: Omorodion, O. / Wilson, I.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7rdl.cif.gz | 395.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7rdl.ent.gz | 290.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7rdl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/7rdl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/7rdl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7rdjC 7rdkC 7rdmC 5bzdS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23538.172 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 24914.918 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.37 Details: 0.1 M Tris, 0.2 M magnesium chloride, 8% (w/v) PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.97946 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 18, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 29990 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 72.15 Å2 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 9 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Redundancy: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1464 / CC1/2: 0.51 / Rpim(I) all: 0.7 / Rsym value: 1.59 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5BZD Resolution: 2.71→45.58 Å / SU ML: 0.417 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 33.3222 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 104.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.71→45.58 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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