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- PDB-7rdm: Crystal structure of PCDN-38B, a broadly neutralizing anti-HIV an... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rdm | |||||||||
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Title | Crystal structure of PCDN-38B, a broadly neutralizing anti-HIV antibody | |||||||||
![]() | (PCDN-38B Fab ...) x 2 | |||||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Antibody / Broadly Neutralizing / HIV-1 / Cysteinylation | |||||||||
Function / homology | CYSTEINE / PHOSPHATE ION![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Omorodion, O. / Wilson, I.A. | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: Structural and Biochemical Characterization of Cysteinylation in Broadly Neutralizing Antibodies to HIV-1. Authors: Omorodion, O. / Wilson, I.A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 223.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 156.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7rdjC ![]() 7rdkC ![]() 7rdlC ![]() 5bzdS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Antibody , 2 types, 2 molecules AB
#1: Antibody | Mass: 23399.936 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
---|---|
#2: Antibody | Mass: 25242.303 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Sugars , 2 types, 2 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#4: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 4 types, 272 molecules ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CYS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CYS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | ChemComp-CYS / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: 1.6 M sodium dihydrogen phosphate, 0.4 M dipotassium hydrogen phosphate, 0.1 M phosphate-citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 16, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03309 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.08→50 Å / Num. obs: 36353 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 36.55 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 9 |
Reflection shell | Resolution: 2.08→2.2 Å / Redundancy: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 5694 / CC1/2: 0.7 / Rsym value: 0.98 / % possible all: 96.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5BZD Resolution: 2.08→45.5 Å / SU ML: 0.2876 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.1525 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.08→45.5 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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