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- PDB-7mfa: Crystal structure of antibody 10E8v4-P100fA+P100gA Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mfa
タイトルCrystal structure of antibody 10E8v4-P100fA+P100gA Fab
要素
  • Antibody 10E8v4 Fab heavy chain
  • Antibody 10E8v4 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Monoclonal antibody 10E8 / MPER / cis-trans isomerization / size-exclusion chromatography
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kwon, Y.D. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Antibodies / : 2021
タイトル: Structures of HIV-1 Neutralizing Antibody 10E8 Delineate the Mechanistic Basis of Its Multi-Peak Behavior on Size-Exclusion Chromatography.
著者: Do Kwon, Y. / Wang, X.E. / Bender, M.F. / Yang, R. / Li, Y. / McKee, K. / Rawi, R. / O'Dell, S. / Schneck, N.A. / Shaddeau, A. / Zhang, B. / Arnold, F.J. / Connors, M. / Doria-Rose, N.A. / Kwong, P.D. / Lei, Q.P.
履歴
登録2021年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Antibody 10E8v4 Fab heavy chain
L: Antibody 10E8v4 Fab light chain
C: Antibody 10E8v4 Fab heavy chain
D: Antibody 10E8v4 Fab light chain
G: Antibody 10E8v4 Fab heavy chain
I: Antibody 10E8v4 Fab light chain
M: Antibody 10E8v4 Fab heavy chain
N: Antibody 10E8v4 Fab light chain
Q: Antibody 10E8v4 Fab heavy chain
R: Antibody 10E8v4 Fab light chain
U: Antibody 10E8v4 Fab heavy chain
V: Antibody 10E8v4 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)288,21812
ポリマ-288,21812
非ポリマー00
1,47782
1
H: Antibody 10E8v4 Fab heavy chain
L: Antibody 10E8v4 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0362
ポリマ-48,0362
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20550 Å2
手法PISA
2
C: Antibody 10E8v4 Fab heavy chain
D: Antibody 10E8v4 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0362
ポリマ-48,0362
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20700 Å2
手法PISA
3
G: Antibody 10E8v4 Fab heavy chain
I: Antibody 10E8v4 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0362
ポリマ-48,0362
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area21020 Å2
手法PISA
4
M: Antibody 10E8v4 Fab heavy chain
N: Antibody 10E8v4 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0362
ポリマ-48,0362
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20600 Å2
手法PISA
5
Q: Antibody 10E8v4 Fab heavy chain
R: Antibody 10E8v4 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0362
ポリマ-48,0362
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20650 Å2
手法PISA
6
U: Antibody 10E8v4 Fab heavy chain
V: Antibody 10E8v4 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0362
ポリマ-48,0362
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.778, 53.795, 328.528
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体
Antibody 10E8v4 Fab heavy chain


分子量: 25085.928 Da / 分子数: 6 / 変異: P100fA, P100gA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHV3-15*05 / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Antibody 10E8v4 Fab light chain


分子量: 22950.463 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGLV3-19*01 / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 10% PEG 8000, 5% Iso-propanol, 0.2M Ammonium sulfate 0.1M HEPES 7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月28日
詳細: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 108309 / % possible obs: 81.4 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 68.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.17 / Χ2: 1.493 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.442.42.62842320.1091.5493.0790.42163.7
2.44-2.492.62.74546130.1731.5533.1830.42971.1
2.49-2.532.92.4646340.1561.3992.8550.43669.8
2.53-2.593.62.56842150.241.2912.8920.42664.4
2.59-2.644.22.14451660.430.9782.3670.43978.2
2.64-2.74.71.97952510.3980.872.1710.45679.2
2.7-2.774.91.64854500.5530.7191.8070.47282.6
2.77-2.855.11.23453550.6870.531.3490.50380.8
2.85-2.935.10.99354520.7220.4371.090.55883.1
2.93-3.025.10.78454210.8090.3480.8620.59881.7
3.02-3.135.10.62656330.840.2820.690.69484.8
3.13-3.2650.42855480.8990.1940.4730.85684.4
3.26-3.414.80.30556680.9450.1410.3381.13685.2
3.41-3.584.60.23957950.9610.1130.2661.45986.3
3.58-3.814.60.1953500.9740.0920.2121.92480.6
3.81-4.14.80.14463780.9820.0690.1612.51495.8
4.1-4.524.40.10362200.9920.0520.1163.12692.9
4.52-5.174.10.07960050.9940.0410.093.59789.8
5.17-6.514.20.07161160.9940.0360.0813.5389.7
6.51-504.40.05858070.9950.0290.0653.98782.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IQ9
解像度: 2.4→35.01 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2861 1902 1.81 %
Rwork0.2384 103202 -
obs0.2392 105104 78.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 193.6 Å2 / Biso mean: 99.2728 Å2 / Biso min: 38.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→35.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19637 0 0 82 19719
Biso mean---66.2 -
残基数----2599
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.39-2.450.4586750.40724100417544
2.45-2.520.47961040.39625682578662
2.52-2.590.4198980.37815543564159
2.59-2.670.37871270.36757213734077
2.67-2.770.45571410.34997487762881
2.77-2.880.36081410.32087604774581
2.88-3.010.36661430.30917696783982
3.01-3.170.35521460.29747883802984
3.17-3.370.31661500.27247984813485
3.37-3.630.30431500.25228033818386
3.63-3.990.30081530.23638237839087
3.99-4.570.24411620.19668846900893
4.57-5.750.2351630.19568547871090
5.75-35.010.25091490.20938347849685
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.55720.5797-0.28643.2397-2.15824.7787-0.19720.1749-0.2762-0.6007-0.0888-0.21641.10160.03140.26570.9034-0.12030.01350.4145-0.01350.51359.717-8.15886.382
24.9785-1.45760.55765.51331.76062.96930.0430.24450.7288-0.6101-0.2594-0.26380.00960.78620.19041.069-0.0771-0.18751.10290.22840.64198.75819.7762.103
30.86210.7851-0.02093.017-2.08383.964-0.09260.1388-0.1173-0.3382-0.1708-0.36550.6420.07740.22930.8966-0.0652-0.02360.44780.00450.53957.898-26.86589.559
41.6923-1.7761-0.85789.1812-1.21083.7464-0.07650.2770.40890.1343-0.2697-0.7037-0.39280.160.3131.2226-0.1821-0.27530.84430.16170.58358.1763.35765.033
52.3476-0.0792-1.69791.2126-1.4124.55640.0343-1.3618-0.21350.091-0.4716-0.388-0.27671.56910.36060.6021-0.3693-0.08251.25170.13690.7447-4.469-31.673129.704
64.46271.1233-0.22233.64640.8456.1244-0.0588-1.4697-0.53080.2801-0.19560.220.5214-0.3840.1710.9042-0.1524-0.05251.94890.11920.5615-31.025-40.551156.757
72.8352.1607-2.95942.759-1.1322.02670.3073-1.5335-0.41430.164-0.6246-0.4805-0.2381.40910.20940.6089-0.3048-0.19471.34540.2240.619339.7923.488131.79
83.2072-0.9231-2.73688.649-2.24898.85480.24530.2086-0.4863-0.2934-0.49950.43480.34391.50370.17610.7736-0.0541-0.13351.1805-0.15830.592315.28-11.513152.607
93.9611-1.89111.53132.3453-2.16822.3972-0.2974-0.13490.10150.13490.42780.0277-0.2432-0.5204-0.18620.91840.0291-0.06371.40420.04520.5407-12.11624.67521.856
103.3592-0.0982-2.2344.6214-0.35826.17080.1820.22010.15360.0435-0.6284-0.4309-1.02330.21440.35581.09210.0826-0.08431.49490.24040.560212.3838.63142.277
114.6979-0.98893.81060.8873-0.63813.5159-0.46660.32290.6265-0.0129-0.119-0.0748-0.917-0.18720.52130.98510.0354-0.17451.55520.06450.722839.6433.57321.46
125.0708-1.9963-1.07627.65420.23124.7601-0.03330.68690.2373-0.4848-0.4052-0.6719-0.60910.11120.48491.0063-0.053-0.08891.15820.14570.550363.672-7.73545.545
132.74330.2278-0.97726.1641-2.0663.68530.0511-0.20950.40760.2139-0.05610.1542-0.7654-0.250.0340.7626-0.0471-0.06760.3578-0.00020.41094.587.87799.179
145.74010.73480.30053.4631.80167.03120.20170.76920.27070.03680.1210.5374-0.5516-1.2929-0.34291.00660.0889-0.03980.88730.27480.7136-5.06619.1771.891
151.56920.2887-0.87599.2675-0.81323.1981-0.3008-0.11680.23130.5985-0.08640.2827-0.4649-0.10160.35131.0895-0.0871-0.11710.4204-0.01550.492952.117-10.953102.023
163.4026-0.92671.00435.06790.04736.8159-0.220.35390.08280.0695-0.03180.2177-0.2183-0.76320.29770.9603-0.1071-0.12060.65710.04540.588543.7161.64373.393
177.58772.7899-1.92843.6923-2.29487.2197-0.24490.0450.1335-0.33760.14810.2128-0.0856-0.75430.04320.4457-0.0962-0.0060.561-0.08720.3961-22.19-32.477118.33
183.49190.33451.80795.6062-0.53817.5831-0.5779-0.57630.54910.17220.78490.1354-1.4262-1.0381-0.18710.76850.02370.00591.5671-0.14390.6276-35.623-27.038146.992
198.42823.9841-1.49822.7795-0.74775.02770.162-0.933-0.2155-0.2006-0.2450.0471-0.015-0.13370.06130.665-0.1357-0.14330.44630.10830.482223.2762.954118.397
203.1159-0.5728-1.4824.45380.45175.5330.2276-0.02340.4889-0.26050.42680.0242-1.87490.6613-0.61591.171-0.425-0.02951.04690.04370.67965.2610.964148.055
213.2504-2.5612-2.30514.24340.1792.6946-0.3796-0.1193-0.3159-0.10350.1508-0.22781.14150.14320.19281.31540.0605-0.20891.6602-0.03160.6285-4.12310.8487.749
222.2628-0.7592-0.23096.2295-0.05296.2440.40730.9219-0.2298-0.612-0.62770.05611.16930.45430.22171.15620.2362-0.1031.6012-0.00410.68645.524-5.66636.623
237.1534-3.5723-2.05452.7010.17341.0237-0.01250.9324-0.3857-0.5253-0.23720.23590.1-0.09440.2340.85610.0905-0.14421.84010.16120.649250.447-9.9629.251
243.74740.24611.12547.8636-1.33963.45310.03360.6696-0.26880.6264-0.34490.21530.804-0.20790.20881.2659-0.1257-0.00481.4261-0.01130.557956.751-21.89739.06
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:127 )H1 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 135:213 )H135 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 1:127 )C1 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 135:214 )C135 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN G AND RESID 1:126 )G1 - 126
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN G AND RESID 135:214 )G135 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN M AND RESID 1:126 )M1 - 126
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN M AND RESID 135:214 )M135 - 214
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN Q AND RESID 1:126 )Q1 - 126
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN Q AND RESID 136:214 )Q136 - 214
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN U AND RESID 1:126 )U1 - 126
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN U AND RESID 135:214 )U135 - 214
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN L AND RESID 3:113 )L3 - 113
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN L AND RESID 114:209 )L114 - 209
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN D AND RESID 3:113 )D3 - 113
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 114:209 )D114 - 209
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN I AND RESID 2:113 )I2 - 113
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN I AND RESID 114:209 )I114 - 209
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN N AND RESID 3:113 )N3 - 113
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN N AND RESID 114:209 )N114 - 209
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN R AND RESID 3:113 )R3 - 113
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN R AND RESID 114:209 )R114 - 209
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN V AND RESID 3:113 )V3 - 113
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN V AND RESID 114:212 )V114 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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