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- PDB-7rdh: Crystal structure of the de novo designed binding protein H3mb in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rdh
タイトルCrystal structure of the de novo designed binding protein H3mb in complex with the 1968 influenza A virus hemagglutinin
要素
  • (Hemagglutinin ...) x 2
  • De novo designed protein H3mb
キーワードVIRAL PROTEIN/DE NOVO PROTEIN / de novo design / mini protein / HA stem binder / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-DE NOVO PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Kadam, R.U. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI127371 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Design of protein-binding proteins from the target structure alone.
著者: Cao, L. / Coventry, B. / Goreshnik, I. / Huang, B. / Sheffler, W. / Park, J.S. / Jude, K.M. / Markovic, I. / Kadam, R.U. / Verschueren, K.H.G. / Verstraete, K. / Walsh, S.T.R. / Bennett, N. / ...著者: Cao, L. / Coventry, B. / Goreshnik, I. / Huang, B. / Sheffler, W. / Park, J.S. / Jude, K.M. / Markovic, I. / Kadam, R.U. / Verschueren, K.H.G. / Verstraete, K. / Walsh, S.T.R. / Bennett, N. / Phal, A. / Yang, A. / Kozodoy, L. / DeWitt, M. / Picton, L. / Miller, L. / Strauch, E.M. / DeBouver, N.D. / Pires, A. / Bera, A.K. / Halabiya, S. / Hammerson, B. / Yang, W. / Bernard, S. / Stewart, L. / Wilson, I.A. / Ruohola-Baker, H. / Schlessinger, J. / Lee, S. / Savvides, S.N. / Garcia, K.C. / Baker, D.
履歴
登録2021年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title
改定 1.22022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
G: De novo designed protein H3mb
H: De novo designed protein H3mb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,39420
ポリマ－206,9928
非ポリマー4,40112
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39500 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area63810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.916, 240.845, 70.704
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.304, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 9 through 23 or resid 25...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 9 through 23 or resid 25...
d_3ens_1(chain "E" and (resid 9 through 23 or resid 25...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 1 through 9 or resid 11...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 1 through 9 or resid 11...
d_3ens_2(chain "F" and (resid 1 through 9 or resid 11...
d_1ens_3(chain "G" and ((resid 1 through 2 and (name N...
d_2ens_3(chain "H" and (resid 1 through 11 or (resid 12...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROGLYA1 - 15
d_12ens_1LEUASPA17 - 69
d_13ens_1PHESERA71 - 128
d_14ens_1ALALEUA130 - 218
d_15ens_1ARGTYRA221 - 225
d_16ens_1THRLYSA227 - 251
d_17ens_1ARGPROA253 - 265
d_18ens_1ASPPROA267 - 316
d_19ens_1NAGNAGB
d_110ens_1NAGNAGC
d_111ens_1NAGNAGE
d_112ens_1NAGNAGF
d_21ens_1PROGLYJ1 - 15
d_22ens_1LEUASPJ17 - 69
d_23ens_1PHESERJ71 - 128
d_24ens_1ALALEUJ130 - 218
d_25ens_1ARGTYRJ221 - 225
d_26ens_1THRLYSJ227 - 251
d_27ens_1ARGPROJ253 - 265
d_28ens_1ASPPROJ267 - 316
d_29ens_1NAGNAGK
d_210ens_1NAGNAGL
d_211ens_1NAGNAGN
d_212ens_1NAGNAGO
d_31ens_1PROGLYS1 - 15
d_32ens_1LEUASPS17 - 69
d_33ens_1PHESERS71 - 128
d_34ens_1ALALEUS130 - 218
d_35ens_1ARGTYRS221 - 225
d_36ens_1THRLYSS227 - 251
d_37ens_1ARGPROS253 - 265
d_38ens_1ASPPROS267 - 316
d_39ens_1NAGNAGV
d_310ens_1NAGNAGW
d_311ens_1NAGNAGY
d_312ens_1NAGNAGZ
d_11ens_2GLYPHEG1 - 9
d_12ens_2GLUGLYG11 - 16
d_13ens_2ILELYSG18 - 39
d_14ens_2THRGLNG41 - 47
d_15ens_2ASNGLYG49 - 50
d_16ens_2LEUARGG52 - 76
d_17ens_2GLNASPG78 - 164
d_18ens_2ALAPHEG166 - 171
d_21ens_2GLYPHER1 - 9
d_22ens_2GLUGLYR11 - 16
d_23ens_2ILELYSR18 - 39
d_24ens_2THRGLNR41 - 47
d_25ens_2ASNGLYR49 - 50
d_26ens_2LEUARGR52 - 76
d_27ens_2GLNASPR78 - 164
d_28ens_2ALAPHER166 - 171
d_31ens_2GLYPHEAA1 - 9
d_32ens_2GLUGLYAA11 - 16
d_33ens_2ILELYSAA18 - 39
d_34ens_2THRGLNAA41 - 47
d_35ens_2ASNGLYAA49 - 50
d_36ens_2LEUARGAA52 - 76
d_37ens_2GLNASPAA78 - 164
d_38ens_2ALAPHEAA166 - 171
d_11ens_3SERHISG1 - 57
d_21ens_3SERHISH1 - 57

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

-
要素

-
Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 35506.949 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91MA7
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 27230.078 Da / 分子数: 3 / Mutation: R123G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91MA7

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 96分子 GH

#3: タンパク質 De novo designed protein H3mb


分子量: 9390.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 3種, 12分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M sodium thiocyanate and 20% (w/v) polyethylene glycol 3350 as a precipitant

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→60 Å / Num. obs: 47866 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 57.25 Å2 / CC1/2: 0.79 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / Num. unique obs: 1481 / CC1/2: 0.31

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FNK

4fnk


解像度: 2.75→43.24 Å / SU ML: 0.5053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.6
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2889 2359 4.94 %
Rwork0.2323 45366 -
obs0.235 47725 88.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→43.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12296 0 288 94 12678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002113071
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.468417762
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04272024
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00372306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.22014786
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.697983134152
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS4.7659179042
ens_2d_2GX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.511544857503
ens_2d_3GX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.585600834209
ens_3d_2HX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.779962105845
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.810.4061770.34071644X-RAY DIFFRACTION53.66
2.81-2.870.4027830.35271659X-RAY DIFFRACTION56.65
2.87-2.940.38441090.33482116X-RAY DIFFRACTION69.23
2.94-3.010.41081610.33832513X-RAY DIFFRACTION86.57
3.01-3.090.40711640.29812681X-RAY DIFFRACTION89.44
3.09-3.180.3481960.2792782X-RAY DIFFRACTION93.62
3.18-3.280.34341630.27652791X-RAY DIFFRACTION95.6
3.28-3.40.31571280.26482957X-RAY DIFFRACTION97.63
3.4-3.540.3691190.2612987X-RAY DIFFRACTION97.86
3.54-3.70.30781260.24452926X-RAY DIFFRACTION96.86
3.7-3.890.29421450.23432904X-RAY DIFFRACTION96.92
3.89-4.140.27861490.22622837X-RAY DIFFRACTION94.91
4.14-4.460.2611510.19942792X-RAY DIFFRACTION93.55
4.46-4.90.25571320.19422950X-RAY DIFFRACTION97.59
4.9-5.610.25941950.19672917X-RAY DIFFRACTION98.51
5.61-7.060.24121260.21492999X-RAY DIFFRACTION98.39
7.07-43.240.20611350.19622911X-RAY DIFFRACTION95.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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