PDB-7r5c: Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant RDM1-29...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r5c

タイトル

Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant RDM1-29 (G206C, R207S, D210L, S211V)

要素

(Isoaspartyl peptidase) x 2

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-aspartyl-peptidase / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / protein autoprocessing / hydrolase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Barciszewski, J. / Imiolczyk, B. / Loch, J.I. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and biophysical studies of new L-asparaginase variants: lessons from random mutagenesis of the prototypic Escherichia coli Ntn-amidohydrolase.
著者: Loch, J.I. / Klonecka, A. / Kadziolka, K. / Bonarek, P. / Barciszewski, J. / Imiolczyk, B. / Brzezinski, K. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2022年2月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r5c.cif.gz	207.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r5c.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r5c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7r5c_validation.pdf.gz	469.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r5c_full_validation.pdf.gz	473 KB	表示
XML形式データ	7r5c_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	7r5c_validation.cif.gz	31 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qq8C 7qsfC 7qtcC 7qvrC 7qy6C 7qymC 7qyxC 7r1gC 2zalS 2rig C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/WEFSC9 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/WEFSC9

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoaspartyl peptidase

BBB: Isoaspartyl peptidase

CCC: Isoaspartyl peptidase

DDD: Isoaspartyl peptidase

ヘテロ分子

67.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.789, 77.864, 148.363
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	CCC
3	2	BBB
4	2	DDD

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	ARG	ARG	AAA	A	4 - 157	4 - 157
2	2	1	ALA	ALA	ARG	ARG	CCC	C	4 - 157	4 - 157
3	3	2	THR	THR	TYR	TYR	BBB	B	179 - 311	1 - 133
4	4	2	THR	THR	TYR	TYR	DDD	D	179 - 311	1 - 133

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AAACCCBBBDDD

#1: タンパク質	Isoaspartyl peptidase / Beta-aspartyl-peptidase / EcAIII / Isoaspartyl dipeptidase 分子量: 19013.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37595, beta-aspartyl-peptidase
#2: タンパク質	Isoaspartyl peptidase / Beta-aspartyl-peptidase / EcAIII / Isoaspartyl dipeptidase 分子量: 14414.244 Da / 分子数: 2 / Mutation: G206C, R207S, D210L, S211V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37595, beta-aspartyl-peptidase

#1: タンパク質

Isoaspartyl peptidase / Beta-aspartyl-peptidase / EcAIII / Isoaspartyl dipeptidase

分子量: 19013.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37595, beta-aspartyl-peptidase

#2: タンパク質

Isoaspartyl peptidase / Beta-aspartyl-peptidase / EcAIII / Isoaspartyl dipeptidase

分子量: 14414.244 Da / 分子数: 2 / Mutation: G206C, R207S, D210L, S211V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37595, beta-aspartyl-peptidase

-
非ポリマー , 4種, 111分子

#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M PCTP buffer pH 7.0, 25 % w/v PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→21.48 Å / Num. obs: 30380 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_rim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / R_merge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2652 / CC_1/2: 0.902 / R_rim(I) all: 0.555 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZAL

2zal

解像度: 2.2→21.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.869 / SU B: 19.292 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.336 / ESU R Free: 0.26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3009	1039	3.423 %
R_work	0.2494	29315	-
all	0.251	-	-
obs	-	30354	97.015 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.081 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.425 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.441 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.866 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→21.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4193	0	14	107	4314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	4273
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.015	4107
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.622	1.629	5793
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.385	1.569	9418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.52	5	577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.657	22.103	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.717	15	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.578	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	571
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4941
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	927
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	900
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	4105
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.063	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.168	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.091	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.25	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.134	3.204	2309
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.132	3.203	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.182	4.793	2879
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.183	4.795	2880
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.277	3.512	1964
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.277	3.512	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.432	5.166	2912
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.432	5.166	2913
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.961	38.782	4583
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.956	38.765	4577
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.104	0.05	4387
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.071	0.05	3640

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10408	0.05008
1	2	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10408	0.05008
2	3	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07123	0.05009
2	4	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07123	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.301	89	0.313	2151	X-RAY DIFFRACTION	98.809
2.257-2.318	0.387	74	0.309	2096	X-RAY DIFFRACTION	99.3135
2.318-2.384	0.269	61	0.305	2067	X-RAY DIFFRACTION	99.2537
2.384-2.456	0.337	62	0.302	1999	X-RAY DIFFRACTION	98.8015
2.456-2.536	0.362	66	0.313	1896	X-RAY DIFFRACTION	98.2474
2.536-2.624	0.324	77	0.279	1856	X-RAY DIFFRACTION	98.4717
2.624-2.721	0.375	78	0.292	1777	X-RAY DIFFRACTION	97.9409
2.721-2.83	0.361	55	0.284	1726	X-RAY DIFFRACTION	97.8034
2.83-2.954	0.292	58	0.256	1644	X-RAY DIFFRACTION	97.4799
2.954-3.095	0.347	46	0.259	1590	X-RAY DIFFRACTION	97.1496
3.095-3.259	0.326	47	0.272	1534	X-RAY DIFFRACTION	97.6529
3.259-3.451	0.284	55	0.259	1442	X-RAY DIFFRACTION	98.2283
3.451-3.683	0.284	41	0.259	1354	X-RAY DIFFRACTION	97.0772
3.683-3.968	0.254	47	0.228	1240	X-RAY DIFFRACTION	95.8302
3.968-4.332	0.219	36	0.204	1157	X-RAY DIFFRACTION	94.5325
4.332-4.819	0.298	50	0.199	1004	X-RAY DIFFRACTION	92.9453
4.819-5.519	0.274	36	0.211	920	X-RAY DIFFRACTION	92.4565
5.519-6.65	0.348	26	0.232	795	X-RAY DIFFRACTION	92.6637
6.65-8.984	0.278	24	0.199	651	X-RAY DIFFRACTION	93.62
8.984-21.48	0.321	11	0.222	416	X-RAY DIFFRACTION	86.4372

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.364	0.2381	0.2018	0.4725	-0.186	0.4974	0.0234	-0.0773	-0.0177	0.0743	-0.0363	0.0196	0.0091	-0.0562	0.0129	0.0917	0.0219	0.0173	0.0294	-0.0089	0.0785	2.9054	-5.1419	60.6831
2	0.4071	-0.2453	-0.2633	0.5126	0.2708	0.7449	0.011	-0.0261	0.0239	0.0432	-0.0134	-0.062	-0.025	0.1524	0.0024	0.0345	-0.0021	-0.0368	0.0504	0.0069	0.0713	17.6517	-1.2868	56.8235
3	0.1526	-0.1824	-0.025	0.6905	-0.4414	0.5447	-0.0074	0.0086	0.0449	-0.0788	0.0538	0.0371	0.0746	-0.0685	-0.0464	0.0464	-0.0195	-0.012	0.0116	0.0071	0.0796	3.0893	6.503	27.6438
4	0.1419	-0.0388	0.2818	0.6356	-0.478	0.8828	0.0416	0.0358	0.0158	-0.1069	-0.0726	-0.0817	0.1889	0.1323	0.0309	0.0706	0.0335	0.0187	0.0229	-0.0057	0.0864	17.0393	-0.1161	30.5857

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	4 - 157
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	159 - 163
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	179 - 312
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BaB	314 - 317
5	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	4 - 157
6	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CaC	159 - 164
7	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	179 - 313
8	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DaD	314 - 316

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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