PDB-7r1g: Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant RDM1-38...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r1g

タイトル

Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant RDM1-38 (R207C, D210S, S211V)

要素

Beta-aspartyl-peptidase
Isoaspartyl peptidase

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / Ntn-hydrolase / EcAIII

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-aspartyl-peptidase / asparagine catabolic process via L-aspartate / asparaginase / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / protein autoprocessing / hydrolase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Kadziolka, K. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and biophysical studies of new L-asparaginase variants: lessons from random mutagenesis of the prototypic Escherichia coli Ntn-amidohydrolase.
著者: Loch, J.I. / Klonecka, A. / Kadziolka, K. / Bonarek, P. / Barciszewski, J. / Imiolczyk, B. / Brzezinski, K. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2022年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r1g.cif.gz	198.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r1g.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r1g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7r1g_validation.pdf.gz	410.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r1g_full_validation.pdf.gz	414.3 KB	表示
XML形式データ	7r1g_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	7r1g_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7qq8C 7qsfC 7qtcC 7qvrC 7qy6C 7qymC 7qyxC 7r5cC 2zalS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/XSEXUF / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoaspartyl peptidase

BBB: Beta-aspartyl-peptidase

CCC: Isoaspartyl peptidase

DDD: Beta-aspartyl-peptidase

ヘテロ分子

66.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.815, 74.691, 147.358
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Isoaspartyl peptidase / Beta-aspartyl-peptidase / EcAIII / Isoaspartyl dipeptidase 分子量: 19013.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 GOLD / 参照: UniProt: P37595, beta-aspartyl-peptidase
#2: タンパク質	Beta-aspartyl-peptidase / Isoaspartyl peptidase / Putative L-asparaginase 分子量: 14358.139 Da / 分子数: 2 / Mutation: R207C, D210S, S211V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: iaaA, iaaA_1, A6583_11900, A9819_04170, AM340_25825, AT845_002782, B6R12_001137, B6R15_002170, B7C15_001855, B9T59_03785, BHS87_04410, BJJ90_17725, BK272_22150, BON86_21650, BON92_22175, ...遺伝子: iaaA, iaaA_1, A6583_11900, A9819_04170, AM340_25825, AT845_002782, B6R12_001137, B6R15_002170, B7C15_001855, B9T59_03785, BHS87_04410, BJJ90_17725, BK272_22150, BON86_21650, BON92_22175, BUE82_16375, BvCmsKSP076_04930, C2M16_01470, C2U48_05880, C3F40_08425, CDL37_06080, CG831_000717, CIG67_24035, CQP61_18640, CR539_08595, D3Y67_16925, D9J11_12335, D9K17_05660, DNQ45_21365, E2123_17525, E2135_02495, ELT49_19670, ELT58_16270, ExPECSC038_02859, F3N40_09450, F6U69_05970, F9400_10180, F9V07_02875, F9X20_012640, F9X20_12740, FDM60_08630, FGG80_18755, FQ021_11565, FQE77_03270, G4A38_09815, G7635_000303, GBE29_09760, GF699_09605, GJ11_04600, GKF52_09360, GKG12_09800, GQE42_02190, GQE87_02220, GQM13_17755, GRQ19_05905, H0O72_02540, HH795_002282, HIN64_003880, HJO75_000955, HJS37_002784, HMJ82_04325, HNC36_00665, HNC38_00260, HNC59_02050, HNC99_06385, HND24_01780, HNO08_00970, HNY50_16000, HNY54_13200, HV109_15925, HZ71_000057, NCTC10429_05732, NCTC8621_03538, NCTC9706_00685, NCTC9969_03483, SAMEA3472064_00385, SAMEA3752557_02250 プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0K4KR53, beta-aspartyl-peptidase, asparaginase
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M MgCl2 in 0.1M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54056 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→21.131 Å / Num. obs: 38942 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_rim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / R_merge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2596 / CC_1/2: 0.741 / R_rim(I) all: 0.464

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZAL

2zal

解像度: 1.95→21.131 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.886 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.848 / SU B: 11.353 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.193

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2832	1020	2.627 %
R_work	0.248	37806	-
all	0.249	-	-
obs	-	38826	94.765 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.092 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.384 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.841 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.543 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→21.131 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4180	0	2	170	4352

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4266
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.015	4096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.617	1.629	5788
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.38	1.569	9401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.528	5	583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.595	22.228	193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.753	15	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.245	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	571
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4955
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	923
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	950
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	4109
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	2079
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1954
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.043	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.178	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.268	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.303	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.25	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.576	1.074	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.575	1.073	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.023	1.603	2890
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.024	1.605	2891
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.619	1.209	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.618	1.206	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.015	1.769	2893
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.015	1.769	2893
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.479	13.356	4690
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.451	13.32	4677

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2	0.391	75	0.327	2633	0.329	2983	0.631	0.749	90.7811	0.327
2-2.055	0.345	60	0.281	2609	0.282	2855	0.826	0.848	93.4851	0.281
2.055-2.113	0.291	58	0.271	2586	0.272	2805	0.811	0.872	94.2603	0.271
2.113-2.178	0.377	67	0.272	2560	0.275	2744	0.819	0.858	95.7362	0.272
2.178-2.248	0.324	63	0.261	2500	0.262	2649	0.847	0.868	96.7535	0.261
2.248-2.326	0.271	65	0.24	2426	0.241	2548	0.872	0.895	97.763	0.24
2.326-2.413	0.251	69	0.225	2379	0.226	2489	0.903	0.913	98.3528	0.225
2.413-2.51	0.282	75	0.228	2317	0.23	2409	0.877	0.911	99.2943	0.228
2.51-2.62	0.316	59	0.244	2230	0.245	2299	0.858	0.895	99.565	0.244
2.62-2.746	0.302	61	0.258	2127	0.259	2202	0.865	0.887	99.3642	0.258
2.746-2.892	0.318	54	0.259	2036	0.26	2111	0.868	0.886	99.0052	0.259
2.892-3.064	0.264	49	0.257	1907	0.257	1986	0.892	0.89	98.4894	0.257
3.064-3.27	0.265	48	0.25	1821	0.251	1905	0.903	0.909	98.1102	0.25
3.27-3.525	0.302	39	0.237	1629	0.239	1756	0.894	0.92	94.9886	0.237
3.525-3.851	0.223	40	0.234	1455	0.234	1644	0.922	0.921	90.9367	0.234
3.851-4.288	0.232	45	0.229	1250	0.229	1492	0.94	0.924	86.7962	0.229
4.288-4.918	0.189	24	0.214	1124	0.213	1338	0.949	0.944	85.7997	0.214
4.918-5.943	0.327	33	0.248	977	0.25	1153	0.852	0.915	87.5976	0.248
5.943-8.091	0.248	21	0.218	767	0.219	938	0.904	0.925	84.0085	0.218
8.091-21.131	0.27	15	0.228	473	0.229	619	0.924	0.95	78.8368	0.228

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0699	-0.0169	-0.0689	0.2381	-0.1401	0.2472	-0.0104	0.0161	0.0439	-0.0222	0.0179	0.0243	0.0301	-0.0196	-0.0075	0.0042	-0.0053	-0.0066	0.0582	0.0087	0.0841	3.9301	5.0018	27.7915
2	0.2012	0.1124	0.0059	0.3005	-0.009	0.2902	-0.0168	0.015	0.0441	0.0057	0.0093	-0.0168	0.0728	0.0483	0.0075	0.0222	0.0099	0.0024	0.0566	0.0102	0.0753	17.9879	-0.7426	31.6899
3	0.1703	0.0423	0.0849	0.0609	-0.1154	0.544	-0.028	-0.0466	-0.0265	-0.003	0.0006	0.0099	-0.02	-0.0468	0.0274	0.0075	0.0193	0.0043	0.0606	-0	0.0719	2.0324	-4.9113	60.6441
4	0.0688	0.0049	-0.1627	0.326	-0.0043	0.385	0.0152	-0.027	-0.0074	0.0265	-0.029	-0.0134	-0.0372	0.064	0.0138	0.0108	0.0046	-0.0141	0.0734	0.0045	0.0619	17.1283	0.0105	58.066

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	2 - 159
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	179 - 313
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	4 - 158
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	179 - 313

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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