PDB-7qyx: Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant RDM1-24...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qyx

タイトル

Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant RDM1-24 (R207A, D210S, S211T)

要素

Beta-aspartyl-peptidase
Isoaspartyl peptidase

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-aspartyl-peptidase / asparaginase / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / protein autoprocessing / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Klonecka, A. / Kadziolka, K. / Bonarek, P. / Barciszewski, J. / Imiolczyk, B. / Brzezinski, K. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and biophysical studies of new L-asparaginase variants: lessons from random mutagenesis of the prototypic Escherichia coli Ntn-amidohydrolase.
著者: Loch, J.I. / Klonecka, A. / Kadziolka, K. / Bonarek, P. / Barciszewski, J. / Imiolczyk, B. / Brzezinski, K. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2022年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qyx.cif.gz	199.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qyx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qyx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qyx_validation.pdf.gz	447.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qyx_full_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示
XML形式データ	7qyx_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	7qyx_validation.cif.gz	32.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qyx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qq8C 7qsfC 7qtcC 7qvrC 7qy6C 7qymC 7r1gC 7r5cC 2zalS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/6OXPLO / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoaspartyl peptidase

BBB: Beta-aspartyl-peptidase

CCC: Isoaspartyl peptidase

DDD: Beta-aspartyl-peptidase

ヘテロ分子

66.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.258, 74.141, 147.466
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	CCC
3	2	BBB
4	2	DDD

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	SER	SER	AAA	A	4 - 145	4 - 145
2	1	1	ALA	ALA	SER	SER	CCC	C	4 - 145	4 - 145
3	2	2	THR	THR	TYR	TYR	BBB	B	179 - 311	1 - 133
4	2	2	THR	THR	TYR	TYR	DDD	D	179 - 311	1 - 133

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: タンパク質	Isoaspartyl peptidase / Beta-aspartyl-peptidase / EcAIII / Isoaspartyl dipeptidase 分子量: 19013.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 Gold / 参照: UniProt: P37595, beta-aspartyl-peptidase
#2: タンパク質	Beta-aspartyl-peptidase / Putative L-asparaginase 分子量: 14328.045 Da / 分子数: 2 / Mutation: R207A, D210S, S211T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: iaaA, BG821_004768, BMC79_000629, D3822_09905, FJQ51_03270, GQW68_09230, NCTC9044_04106, NCTC9702_03859 プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold 参照: UniProt: A0A3A6SJA6, beta-aspartyl-peptidase, asparaginase
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% PEG 6K; 15% PEG 400; 0.2M MgCl2 in 0.1 Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.7749 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→52.335 Å / Num. obs: 48066 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.119 / R_rim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 15.16
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 12.4 % / R_merge(I) obs: 2.141 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 7553 / CC_1/2: 0.789 / R_rim(I) all: 1.852 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZAL

2zal

解像度: 1.85→52.335 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 8.13 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2385	1031	2.151 %
R_work	0.1984	46910	-
all	0.199	-	-
obs	-	47941	99.948 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.827 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.174 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.061 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.235 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→52.335 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4063	0	5	208	4276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	4140
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.568	1.629	5620
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.484	1.569	9083
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.889	5	566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.211	22.419	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.892	15	651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.485	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	558
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4817
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	893
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	849
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	3931
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.104	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.779	2.696	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.767	2.694	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.631	4.033	2810
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.633	4.035	2811
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.439	3.122	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.434	3.118	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.808	4.538	2806
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.806	4.538	2806
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.559	33.791	4515
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.542	33.627	4490
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.062	0.05	4123
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.051	0.05	3667

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06231	0.05008
1	2	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06231	0.05008
2	3	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05109	0.0501
2	4	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05109	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.898	0.347	52	0.353	3454	X-RAY DIFFRACTION	99.943
1.898-1.95	0.343	76	0.321	3334	X-RAY DIFFRACTION	99.9414
1.95-2.006	0.279	69	0.282	3241	X-RAY DIFFRACTION	99.9094
2.006-2.068	0.26	63	0.24	3136	X-RAY DIFFRACTION	100
2.068-2.136	0.229	77	0.223	3048	X-RAY DIFFRACTION	100
2.136-2.211	0.206	74	0.199	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
2.211-2.294	0.201	76	0.183	2858	X-RAY DIFFRACTION	99.9319
2.294-2.388	0.247	54	0.174	2758	X-RAY DIFFRACTION	99.9645
2.388-2.494	0.2	55	0.168	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.9265
2.494-2.615	0.259	53	0.182	2523	X-RAY DIFFRACTION	99.9612
2.615-2.757	0.248	48	0.184	2423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.757-2.924	0.237	69	0.179	2273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.924-3.125	0.282	45	0.197	2181	X-RAY DIFFRACTION	99.9102
3.125-3.375	0.305	56	0.195	2017	X-RAY DIFFRACTION	99.9518
3.375-3.696	0.166	36	0.17	1857	X-RAY DIFFRACTION	99.9472
3.696-4.132	0.205	34	0.175	1717	X-RAY DIFFRACTION	99.9429
4.132-4.768	0.265	28	0.172	1513	X-RAY DIFFRACTION	100
4.768-5.834	0.231	27	0.199	1298	X-RAY DIFFRACTION	99.9246
5.834-8.224	0.174	22	0.2	1044	X-RAY DIFFRACTION	100
8.224-52.335	0.263	17	0.224	609	X-RAY DIFFRACTION	99.3651

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1735	0.0876	0.0191	0.0911	-0.1462	0.6661	-0.0399	-0.0523	-0.0192	-0.017	-0.0021	0.0026	0.0252	-0.059	0.042	0.0241	0.0322	0.0146	0.0634	0.0002	0.0914	2.8901	-5.1134	61.1042
2	0.0552	-0.0544	-0.1352	0.2872	0.0408	0.3727	0.0002	-0.0414	-0.009	0.0048	-0.0175	0.0039	-0.0139	0.107	0.0172	0.0111	0.0203	-0.0082	0.1006	0.013	0.09	17.3698	0.1036	58.098
3	0.0889	-0.0692	-0.1062	0.2082	-0.1226	0.4262	-0.0004	0.0275	0.0188	-0.0157	-0.0099	-0.0007	0.0225	-0.0511	0.0103	0.0021	-0.0063	0.0015	0.0736	0.0011	0.106	4.7851	6.7546	28.6379
4	0.0117	0.0275	0.0247	0.2219	-0.016	0.385	0.0019	0.0034	0.0279	-0.0366	-0.0332	-0.0013	0.0825	0.0784	0.0313	0.0237	0.0176	0.0157	0.0758	0.0144	0.1061	18.083	-0.4223	31.8847

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	4 - 152
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	179 - 312
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	3 - 146
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	179 - 313

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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