PDB-7qym: Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant RDM1-18...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qym

タイトル

Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant RDM1-18 (R207V, D210P, S211W)

要素

Beta-aspartyl-peptidase
Isoaspartyl peptidase

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-aspartyl-peptidase / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / protein autoprocessing / hydrolase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Klonecka, A. / Kadziolka, K. / Bonarek, P. / Barciszewski, J. / Imiolczyk, B. / Brzezinski, K. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and biophysical studies of new L-asparaginase variants: lessons from random mutagenesis of the prototypic Escherichia coli Ntn-amidohydrolase.
著者: Loch, J.I. / Klonecka, A. / Kadziolka, K. / Bonarek, P. / Barciszewski, J. / Imiolczyk, B. / Brzezinski, K. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2022年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qym.cif.gz	245.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qym.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qym.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qym_validation.pdf.gz	452.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qym_full_validation.pdf.gz	456.7 KB	表示
XML形式データ	7qym_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	7qym_validation.cif.gz	44.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/7qym	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qq8C 7qsfC 7qtcC 7qvrC 7qy6C 7qyxC 7r1gC 7r5cC 2zalS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/LIENZ5 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoaspartyl peptidase

BBB: Beta-aspartyl-peptidase

CCC: Isoaspartyl peptidase

DDD: Beta-aspartyl-peptidase

ヘテロ分子

67.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.552, 75.006, 146.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Isoaspartyl peptidase / Beta-aspartyl-peptidase / EcAIII / Isoaspartyl dipeptidase 分子量: 19013.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: P37595, beta-aspartyl-peptidase
#2: タンパク質	Beta-aspartyl-peptidase 分子量: 14451.242 Da / 分子数: 2 / Mutation: R207V, D210P, S211W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: iaaA, BH692_00390, EA435_03160, ELT72_09480, ELV13_05050, ELV22_03305, ELX56_08605, ELX68_03450, ELX70_05465, ELX79_08565, ELX83_03275, ELY23_01235, ELY24_20545, ELY50_10250, EPS76_07410, ...遺伝子: iaaA, BH692_00390, EA435_03160, ELT72_09480, ELV13_05050, ELV22_03305, ELX56_08605, ELX68_03450, ELX70_05465, ELX79_08565, ELX83_03275, ELY23_01235, ELY24_20545, ELY50_10250, EPS76_07410, FNJ67_18185, G3565_10375, G6P89_17140, GRC73_03160, GUI33_12170, HIE29_000291 プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A066T6R7, beta-aspartyl-peptidase
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% PEG 6K; 15% PEG 400; 0.2M MgCl2 in 0.1 Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.7749 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→66.896 Å / Num. obs: 167749 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 13.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 1.786 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 8018 / CC_1/2: 0.556 / R_rim(I) all: 1.857 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZAL

2zal

解像度: 1.2→66.896 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.984 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 1.638 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.032

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1534	1086	0.648 %
R_work	0.127	166598	-
all	0.127	-	-
obs	-	167684	97.797 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.234 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.915 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.462 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.377 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→66.896 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4248	0	7	614	4869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	4541
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4406
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.727	1.63	6195
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.605	1.57	10138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.608	5	634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.22	21.912	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.445	15	737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.675	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	609
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	992
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	936
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	4377
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	2158
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	389
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.11	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.289	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.296	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.183	1.671	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.172	1.67	2428
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.738	2.515	3046
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.744	2.515	3047
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.713	2.106	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.712	2.107	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.089	3.011	3131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.088	3.012	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.676	22.697	5133
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.612	22.412	5095
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.304	3	8947

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.231	0.297	65	0.258	12015	X-RAY DIFFRACTION	95.6301
1.231-1.265	0.266	65	0.225	11676	X-RAY DIFFRACTION	96.4908
1.265-1.302	0.228	75	0.205	11461	X-RAY DIFFRACTION	96.6974
1.302-1.342	0.189	75	0.179	11172	X-RAY DIFFRACTION	97.0322
1.342-1.386	0.161	75	0.167	10790	X-RAY DIFFRACTION	97.0869
1.386-1.434	0.186	80	0.149	10476	X-RAY DIFFRACTION	97.425
1.434-1.488	0.146	61	0.133	10175	X-RAY DIFFRACTION	97.6159
1.488-1.549	0.188	57	0.118	9876	X-RAY DIFFRACTION	97.7465
1.549-1.618	0.161	53	0.104	9431	X-RAY DIFFRACTION	98.036
1.618-1.697	0.12	68	0.099	9057	X-RAY DIFFRACTION	98.1922
1.697-1.789	0.123	60	0.095	8636	X-RAY DIFFRACTION	98.4044
1.789-1.897	0.135	44	0.092	8224	X-RAY DIFFRACTION	98.6282
1.897-2.028	0.132	53	0.1	7740	X-RAY DIFFRACTION	98.8082
2.028-2.19	0.139	61	0.106	7248	X-RAY DIFFRACTION	98.9709
2.19-2.399	0.141	51	0.105	6703	X-RAY DIFFRACTION	99.2214
2.399-2.682	0.13	33	0.109	6103	X-RAY DIFFRACTION	99.3041
2.682-3.096	0.144	43	0.12	5429	X-RAY DIFFRACTION	99.5271
3.096-3.79	0.16	28	0.129	4631	X-RAY DIFFRACTION	99.7004
3.79-5.353	0.16	28	0.129	3634	X-RAY DIFFRACTION	99.7277
5.353-66.896	0.16	11	0.198	2121	X-RAY DIFFRACTION	99.0246

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)