PDB-7qvr: Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant RDM1-37...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qvr

タイトル

Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant RDM1-37 (G206S, R207T, D210S)

要素

Beta-aspartyl-peptidase
Isoaspartyl peptidase

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / Ntn-hydrolase / EcAIII

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-aspartyl-peptidase / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / protein autoprocessing / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Kadziolka, K. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and biophysical studies of new L-asparaginase variants: lessons from random mutagenesis of the prototypic Escherichia coli Ntn-amidohydrolase.
著者: Loch, J.I. / Klonecka, A. / Kadziolka, K. / Bonarek, P. / Barciszewski, J. / Imiolczyk, B. / Brzezinski, K. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2022年1月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qvr.cif.gz	220.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qvr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qvr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qvr_validation.pdf.gz	456.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qvr_full_validation.pdf.gz	460.9 KB	表示
XML形式データ	7qvr_validation.xml.gz	28.4 KB	表示
CIF形式データ	7qvr_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/7qvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/7qvr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7qq8C 7qsfC 7qtcC 7qy6C 7qymC 7qyxC 7r1gC 7r5cC 2zalS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/R3BTBM / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoaspartyl peptidase

BBB: Beta-aspartyl-peptidase

CCC: Isoaspartyl peptidase

DDD: Beta-aspartyl-peptidase

ヘテロ分子

66.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.224, 74.112, 147.766
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	CCC
3	2	BBB
4	2	DDD

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	ARG	ARG	AAA	A	4 - 157	4 - 157
2	2	1	ALA	ALA	ARG	ARG	CCC	C	4 - 157	4 - 157
3	3	2	THR	THR	GLU	GLU	BBB	B	179 - 313	1 - 135
4	4	2	THR	THR	GLU	GLU	DDD	D	179 - 313	1 - 135

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: タンパク質	Isoaspartyl peptidase / Beta-aspartyl-peptidase / EcAIII / Isoaspartyl dipeptidase 分子量: 19013.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: P37595, beta-aspartyl-peptidase
#2: タンパク質	Beta-aspartyl-peptidase 分子量: 14374.072 Da / 分子数: 2 / Mutation: G206S, R207T, D210S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: iaaA, BE930_09970, C6B13_14600, CDL57_12485, D2183_02875, D9F92_01450, EIA08_01415, ELV10_03530, G5603_02075, GLW94_04880, HH411_000278, HL425_03125, HL601_10320, HLZ20_00445, HND12_01415, ...遺伝子: iaaA, BE930_09970, C6B13_14600, CDL57_12485, D2183_02875, D9F92_01450, EIA08_01415, ELV10_03530, G5603_02075, GLW94_04880, HH411_000278, HL425_03125, HL601_10320, HLZ20_00445, HND12_01415, HNV94_01710, HVW04_06855 プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A1A394, beta-aspartyl-peptidase
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG 6000, 0,2 M MgCl2 in 0.1M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54056 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20.281 Å / Num. obs: 42970 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.6 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_rim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / R_merge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2773 / CC_1/2: 0.702 / R_rim(I) all: 0.487 / % possible all: 89.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZAL

2zal

解像度: 1.9→20.281 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.855 / SU B: 12.748 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.191

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2883	1055	2.458 %
R_work	0.2228	41874	-
all	0.224	-	-
obs	-	42929	94.978 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.575 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.523 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.376 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20.281 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4252	0	4	526	4782

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	4352
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.015	4176
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.657	1.631	5909
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.439	1.569	9595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.283	5	598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.093	22.183	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.621	15	700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.365	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	588
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5054
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	942
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	4375
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	389
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.119	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.152	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.273	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.281	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.037	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.732	1.173	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.729	1.172	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.269	1.753	2942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.269	1.754	2943
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.813	1.323	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.813	1.32	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.327	1.932	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.327	1.932	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.729	15.003	5038
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.701	14.978	5030
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.105	0.05	4466
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.097	0.05	3714

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10501	0.05007
1	2	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10501	0.05007
2	3	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09715	0.05008
2	4	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09715	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.366	90	0.334	2918	0.335	3247	0.681	0.729	92.6394	0.316
1.949-2.002	0.379	76	0.305	2941	0.306	3180	0.742	0.789	94.8742	0.286
2.002-2.059	0.359	73	0.276	2974	0.277	3116	0.793	0.839	97.7856	0.26
2.059-2.122	0.347	74	0.271	2886	0.273	2994	0.803	0.836	98.8644	0.259
2.122-2.191	0.336	71	0.273	2835	0.275	2929	0.813	0.846	99.2148	0.255
2.191-2.267	0.322	74	0.242	2740	0.244	2833	0.844	0.881	99.3293	0.225
2.267-2.351	0.299	74	0.224	2655	0.226	2738	0.862	0.899	99.6713	0.205
2.351-2.446	0.337	58	0.224	2593	0.226	2658	0.849	0.898	99.7366	0.205
2.446-2.553	0.291	54	0.241	2472	0.242	2533	0.864	0.882	99.7236	0.222
2.553-2.675	0.303	59	0.236	2347	0.238	2426	0.867	0.888	99.1756	0.219
2.675-2.817	0.25	65	0.218	2232	0.219	2333	0.898	0.908	98.4569	0.2
2.817-2.985	0.311	48	0.219	2097	0.221	2204	0.892	0.907	97.3231	0.204
2.985-3.186	0.295	36	0.205	1970	0.207	2086	0.874	0.911	96.1649	0.192
3.186-3.434	0.312	49	0.195	1779	0.197	1947	0.897	0.933	93.888	0.186
3.434-3.751	0.202	41	0.176	1564	0.177	1813	0.95	0.95	88.5273	0.172
3.751-4.176	0.236	25	0.167	1359	0.169	1635	0.94	0.956	84.6483	0.166
4.176-4.788	0.15	24	0.155	1185	0.155	1483	0.96	0.967	81.5239	0.154
4.788-5.784	0.195	29	0.177	1042	0.178	1281	0.955	0.962	83.6066	0.176
5.784-7.866	0.254	28	0.185	825	0.187	1025	0.929	0.952	83.2195	0.178
7.866-20.281	0.21	7	0.182	460	0.182	684	0.974	0.959	68.2749	0.181

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.032	0.0316	-0.0013	0.2276	-0.1425	0.1545	-0.004	0.0023	-0.0271	0.0362	0.0034	0.0141	-0.0133	-0.0034	0.0006	0.0149	-0.0006	0.0145	0.0003	-0.0019	0.0549	2.8029	-4.6749	46.6506
2	0.2027	-0.1268	-0.1026	0.2827	0.134	0.1376	-0.0018	0.0161	-0.0347	0.0252	-0.0128	-0.0209	-0.0383	0.0287	0.0145	0.0392	-0.029	-0.0166	0.0244	0.008	0.0305	17.3248	1.091	43.3456
3	0.2511	-0.0575	-0.185	0.1161	0.0865	0.3393	-0.0347	0.0363	0.0244	-0.0219	0.0059	0.0459	-0.0044	-0.0106	0.0289	0.0173	-0.0131	-0.0162	0.0125	0.0052	0.0409	2.6628	4.1605	13.0748
4	0.0788	-0.0064	0.0641	0.1903	-0.0169	0.2218	-0.003	-0.0131	-0.0151	-0.0349	-0.0173	-0.0197	-0.007	0.0327	0.0204	0.0112	-0.0027	0.0157	0.0198	-0.0016	0.0479	17.6507	0.3874	17.1314

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	2 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	163
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AbA	164 - 350
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	179 - 313
5	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BaB	314
6	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BbB	315 - 436
7	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	4 - 158
8	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CaC	159
9	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CbC	160 - 334
10	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	179 - 313
11	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DaD	314
12	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DbD	315 - 410

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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