PDB-7qtc: Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant RDM1-3 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qtc

タイトル

Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant RDM1-3 (G206H, R207T, D210P, S211Q)

要素

Isoaspartyl peptidase
Isoaspartyl peptidase subunit beta

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / Ntn-hydrolase / EcAIII

機能・相同性

beta-aspartyl-peptidase / Peptidase T2, asparaginase 2 / Asparaginase / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / protein autoprocessing / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / hydrolase activity / Isoaspartyl peptidase

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Kadziolka, K. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and biophysical studies of new L-asparaginase variants: lessons from random mutagenesis of the prototypic Escherichia coli Ntn-amidohydrolase.
著者: Loch, J.I. / Klonecka, A. / Kadziolka, K. / Bonarek, P. / Barciszewski, J. / Imiolczyk, B. / Brzezinski, K. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2022年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qtc.cif.gz	203.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qtc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qtc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qtc_validation.pdf.gz	408.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qtc_full_validation.pdf.gz	412.4 KB	表示
XML形式データ	7qtc_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	7qtc_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qtc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qtc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qq8C 7qsfC 7qvrC 7qy6C 7qymC 7qyxC 7r1gC 7r5cC 2zalS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/R8VJ7V / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoaspartyl peptidase

BBB: Isoaspartyl peptidase subunit beta

CCC: Isoaspartyl peptidase

DDD: Isoaspartyl peptidase subunit beta

ヘテロ分子

67 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.353, 75.039, 149.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	CCC
3	2	BBB
4	2	DDD

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	PHE	PHE	AAA	A	4 - 144	4 - 144
2	2	1	ALA	ALA	PHE	PHE	CCC	C	4 - 144	4 - 144
3	3	2	THR	THR	GLU	GLU	BBB	B	179 - 313	1 - 135
4	4	2	THR	THR	GLU	GLU	DDD	D	179 - 313	1 - 135

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: タンパク質	Isoaspartyl peptidase / Beta-aspartyl-peptidase / EcAIII / Isoaspartyl dipeptidase 分子量: 19013.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: P37595, beta-aspartyl-peptidase
#2: タンパク質	Isoaspartyl peptidase subunit beta 分子量: 14476.230 Da / 分子数: 2 / Mutation: G206H, R207T, D210P, S211Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: P37595
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.2 M MgCl2 in 0.1M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54056 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→20.36 Å / Num. obs: 17974 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.119 / R_rim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.676 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2215 / CC_1/2: 0.604 / R_rim(I) all: 0.83 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZAL

2zal

解像度: 2.55→20.358 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 23.841 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 2.323 / ESU R Free: 0.33

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2483	1010	5.632 %
R_work	0.2023	16922	-
all	0.205	-	-
obs	-	17932	92.044 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.407 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.204 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.543 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.747 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→20.358 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4022	0	2	142	4166

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4091
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.015	3906
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.585	1.629	5551
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.39	1.57	8968
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.093	5	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.155	22.581	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.067	15	639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.894	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	547
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4754
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	878
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	902
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	3954
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.044	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.187	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.325	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.326	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.399	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.468	2.364	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.467	2.362	2218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.611	3.536	2766
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.61	3.538	2767
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.365	2.643	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.363	2.64	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.374	3.866	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.373	3.866	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.949	43.913	16300
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.925	43.944	16259
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.133	0.05	3932
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.126	0.05	3526

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13294	0.05007
1	2	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13294	0.05007
2	3	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12641	0.05007
2	4	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12641	0.05007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.615	0.351	75	0.319	1239	X-RAY DIFFRACTION	94.7368
2.615-2.686	0.277	70	0.291	1239	X-RAY DIFFRACTION	95.2
2.686-2.762	0.355	50	0.284	1186	X-RAY DIFFRACTION	94.3511
2.762-2.845	0.43	59	0.273	1139	X-RAY DIFFRACTION	92.9403
2.845-2.937	0.31	58	0.258	1113	X-RAY DIFFRACTION	94.0562
2.937-3.038	0.311	68	0.253	1060	X-RAY DIFFRACTION	92.7632
3.038-3.15	0.273	68	0.231	1015	X-RAY DIFFRACTION	93.2014
3.15-3.275	0.283	62	0.218	978	X-RAY DIFFRACTION	91.954
3.275-3.417	0.243	67	0.209	918	X-RAY DIFFRACTION	90.0366
3.417-3.578	0.264	52	0.189	911	X-RAY DIFFRACTION	93.2236
3.578-3.765	0.259	49	0.222	821	X-RAY DIFFRACTION	87.0871
3.765-3.985	0.244	60	0.179	810	X-RAY DIFFRACTION	90.8142
3.985-4.249	0.204	47	0.149	761	X-RAY DIFFRACTION	91.61
4.249-4.573	0.148	44	0.127	712	X-RAY DIFFRACTION	90
4.573-4.984	0.157	39	0.131	676	X-RAY DIFFRACTION	91.0828
4.984-5.531	0.22	51	0.151	600	X-RAY DIFFRACTION	90.795
5.531-6.31	0.207	35	0.174	567	X-RAY DIFFRACTION	92.4731
6.31-7.549	0.244	22	0.158	499	X-RAY DIFFRACTION	91.2434
7.549-10.01	0.192	18	0.131	392	X-RAY DIFFRACTION	89.9123
10.01-20.358	0.21	16	0.212	286	X-RAY DIFFRACTION	92.9231

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6493	-0.3369	-0.346	0.4862	-0.2436	0.9241	0.03	0.0494	0.1526	-0.064	0.028	-0.0133	0.1304	-0.0617	-0.058	0.0478	0.0044	0.0466	0.1515	0.043	0.1354	4.4	7.62	27.961
2	0.4083	-0.1925	0.1931	0.7424	-0.4947	0.8887	0.0382	-0.079	0.0803	-0.0797	-0.1379	-0.0454	0.1969	0.1531	0.0997	0.0468	0.033	0.026	0.1751	0.0288	0.0373	16.953	-0.166	31.206
3	0.7725	0.4208	0.5289	0.3903	0.1483	1.4806	-0.1892	-0.0973	-0.0101	-0.0447	-0.0111	0.051	-0.0135	-0.0613	0.2003	0.1003	0.0734	0.059	0.1509	-0.0035	0.1014	3.373	-5.65	61.099
4	0.777	0.1321	-0.0103	0.0797	0.1847	0.8989	-0.2174	-0.0058	0.0113	-0.0387	0.0236	0.0459	-0.0689	0.2323	0.1938	0.0928	0.0144	-0.0306	0.2198	0.0081	0.0584	17.381	-0.195	57.634

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	2 - 145
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	179 - 313
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	4 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	179 - 313

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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