PDB-7qpw: X-ray structure of the adduct obtained upon reaction of [cis-Rh2(...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qpw

タイトル

X-ray structure of the adduct obtained upon reaction of [cis-Rh2(OCOCH3)2(OCOCF3)2] with RNase A (1)

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / Protein metalation / dirhodium tetraacetate derivative / dimetallic paddlewheel complexes

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Loreto, D. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2022
タイトル: Reactivity of a fluorine-containing dirhodium tetracarboxylate compound with proteins.
著者: Loreto, D. / Esposito, A. / Demitri, N. / Guaragna, A. / Merlino, A.

履歴

登録	2022年1月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qpw.cif.gz	136 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qpw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qpw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qpw_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qpw_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7qpw_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	7qpw_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/7qpw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qpyC 7qpzC 7qq0C 7qq1C 1jvtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7qpz-1 3d6q-2 2xog-2 1bel-d 7qpy-1 2xoi-2 6gok-2 1c8w-d 7p8r-1 1izp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

AAA: Ribonuclease pancreatic

BBB: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

28.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.500, 32.910, 73.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.164, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-468- HOH
2	1	BBB-374- HOH
3	1	BBB-523- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-F5T / cis-bis(mi2-acetato-O, O')-(mi2-trifluoroacetato-O, O')-diaquo-dirhodium (II) 分子量: 473.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁F₃O₈Rh₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-F3I / (mi2-acetato-O, O')-hexaaquo-dirhodium (II) 分子量: 367.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₁₀O₈Rh₂
#4: 化合物	ChemComp-F5I / cis-bis(mi2-acetato-O, O')-tetraaquo-dirhodium(II) 分子量: 393.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂O₈Rh₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 22 % PEG 4K 0.01 M sodium citrate pH 5.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→73.06 Å / Num. obs: 84723 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.699 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4212 / CC_1/2: 0.738 / R_pim(I) all: 0.479 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
AutoProcess		データ削減
AutoProcess		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JVT

1jvt

解像度: 1.15→73.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 1.228 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1654	4156	4.892 %
R_work	0.136	80792	-
all	0.137	-	-
obs	-	84723	99.6 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.985 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.771 Å²	0 Å²	0.508 Å²
2-	-	0.268 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→73.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1881	0	45	489	2415

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.018	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.404	1.704	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.659	1.584	4205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.34	5	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.841	23.981	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.296	15	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.199	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	2609
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.285	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	986
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	894
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	301
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.016	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.206	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.298	1.55	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.3	1.55	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.315	2.31	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.313	2.31	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.735	1.821	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.731	1.814	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.537	2.61	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.537	2.596	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.318	21.79	2586
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.841	19.949	2360
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.571	3	3949

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.15-1.18	0.285	276	0.246	5840	X-RAY DIFFRACTION	97.9343
1.18-1.212	0.257	262	0.227	5798	X-RAY DIFFRACTION	98.6649
1.212-1.247	0.231	278	0.2	5620	X-RAY DIFFRACTION	99.983
1.247-1.286	0.19	303	0.183	5528	X-RAY DIFFRACTION	100
1.286-1.328	0.202	251	0.162	5334	X-RAY DIFFRACTION	99.9821
1.328-1.374	0.166	294	0.133	5069	X-RAY DIFFRACTION	99.1129
1.374-1.426	0.147	282	0.116	4982	X-RAY DIFFRACTION	99.981
1.426-1.485	0.144	263	0.109	4745	X-RAY DIFFRACTION	99.9601
1.485-1.55	0.131	252	0.105	4600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.626	0.149	207	0.104	4332	X-RAY DIFFRACTION	98.8889
1.626-1.714	0.141	190	0.103	4235	X-RAY DIFFRACTION	99.7745
1.714-1.818	0.141	209	0.105	3979	X-RAY DIFFRACTION	99.7618
1.818-1.943	0.168	194	0.121	3711	X-RAY DIFFRACTION	99.6428
1.943-2.099	0.142	189	0.118	3462	X-RAY DIFFRACTION	99.7814
2.099-2.299	0.144	159	0.123	3189	X-RAY DIFFRACTION	98.6737
2.299-2.57	0.16	161	0.124	2888	X-RAY DIFFRACTION	99.8363
2.57-2.967	0.159	139	0.13	2562	X-RAY DIFFRACTION	99.1557
2.967-3.633	0.16	107	0.133	2196	X-RAY DIFFRACTION	99.4387
3.633-5.131	0.164	87	0.14	1705	X-RAY DIFFRACTION	99.8329

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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