PDB-7q4t: Structure of the Pseudomonas aeruginosa bacteriophage JG004 endol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q4t

タイトル

Structure of the Pseudomonas aeruginosa bacteriophage JG004 endolysin Pae87 bound to a peptidoglycan fragment.

要素

ALA-DGL
Endolysin

キーワード

HYDROLASE / endolysin / phage lysozyme / muramidase / monomodular / antimicrobial.

機能・相同性

N-acetylmuramidase / N-acetylmuramidase / Lysozyme-like domain superfamily / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Endolysin

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas phage JG004 (ファージ)

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.27 Å

データ登録者

Seoane-Blanco, M. / van Raaij, M.J.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Monomodular Pseudomonas aeruginosa phage JG004 lysozyme (Pae87) contains a bacterial surface-active antimicrobial peptide-like region and a possible substrate-binding subdomain.
著者: Vazquez, R. / Seoane-Blanco, M. / Rivero-Buceta, V. / Ruiz, S. / van Raaij, M.J. / Garcia, P.

履歴

登録	2021年11月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q4t.cif.gz	98.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q4t.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q4t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q4sSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6a6i-2 5a68-d 7q4s-2 7q4s-1 2het-4 5csi-d 5qnr-2 5qnu-2 2voo-1 2b3s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Endolysin

LbL: ALA-DGL

ヘテロ分子

24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.581, 61.173, 69.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 3分子 AAALbL

#1: タンパク質

Endolysin

分子量: 23084.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas phage JG004 (ファージ)
遺伝子: PJG4_087 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F4YDQ3

#2: タンパク質・ペプチド

ALA-DGL

分子量: 218.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-alpha-muramic acid

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 496.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4MurNAc1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2NCC/3=O_3OC^RCO/4=O/3C][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 132分子

#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.7 % / 解説: bar-shaped
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.12 M Tris-HCl, 20% (w/v) PEG 5000 MME, 8% (v/v) ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.27→69.21 Å / Num. obs: 49510 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 13.938 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.042 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 1.27→1.29 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.753 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2412 / CC_1/2: 0.903 / R_pim(I) all: 0.33 / R_rim(I) all: 0.825 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	Jan 31, 2020	データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
MOLREP	11.7.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7Q4S

7q4s

解像度: 1.27→45.854 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 1.72 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1608	2454	4.963 %
R_work	0.1304	46988	-
all	0.132	-	-
obs	-	49442	99.81 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.016 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.729 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.137 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.592 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.27→45.854 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1500	0	99	117	1716

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.361	1.667	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.445	1.6	3673
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.636	5	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.452	23.012	83
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.083	15	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.866	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	375
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	805
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.094	0.2	707
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.249	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.671	1.832	754
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.671	1.832	754
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.951	2.758	939
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.95	2.759	940
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.576	2.307	889
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.575	2.311	890
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.208	3.243	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.207	3.246	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.244	22.899	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.066	22.679	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.417	3	3238

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.27-1.303	0.246	178	0.243	3425	0.243	3605	0.9	0.876	99.9445	0.21
1.303-1.339	0.256	170	0.214	3351	0.216	3521	0.87	0.894	100	0.183
1.339-1.377	0.227	184	0.194	3220	0.196	3411	0.908	0.917	99.7948	0.159
1.377-1.42	0.207	172	0.175	3181	0.177	3353	0.923	0.936	100	0.14
1.42-1.466	0.181	159	0.152	3062	0.153	3223	0.94	0.95	99.9379	0.12
1.466-1.518	0.186	145	0.126	2967	0.129	3118	0.949	0.963	99.8076	0.098
1.518-1.575	0.152	132	0.111	2901	0.112	3035	0.968	0.974	99.9341	0.086
1.575-1.639	0.155	125	0.108	2786	0.111	2913	0.97	0.972	99.9313	0.087
1.639-1.712	0.15	148	0.101	2646	0.104	2800	0.972	0.978	99.7857	0.081
1.712-1.795	0.136	136	0.093	2540	0.096	2684	0.977	0.981	99.7019	0.078
1.795-1.892	0.135	126	0.093	2428	0.095	2557	0.981	0.984	99.8827	0.081
1.892-2.007	0.151	132	0.096	2279	0.099	2417	0.978	0.984	99.7518	0.086
2.007-2.145	0.125	108	0.097	2166	0.098	2279	0.983	0.986	99.7806	0.09
2.145-2.317	0.125	110	0.098	2023	0.099	2142	0.983	0.987	99.5798	0.093
2.317-2.537	0.159	111	0.106	1867	0.108	1981	0.972	0.984	99.8486	0.102
2.537-2.836	0.154	95	0.125	1680	0.126	1784	0.974	0.978	99.4955	0.126
2.836-3.272	0.153	83	0.131	1522	0.132	1611	0.973	0.977	99.6276	0.137
3.272-4.002	0.152	57	0.134	1305	0.135	1367	0.973	0.977	99.6342	0.147
4.002-5.639	0.171	46	0.154	1027	0.154	1083	0.97	0.977	99.0766	0.18
5.639-45.854	0.207	37	0.223	612	0.222	652	0.968	0.965	99.5399	0.258

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 3分子 AAALbL

-
非ポリマー , 3種, 132分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 3分子 AAALbL

-非ポリマー , 3種, 132分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 3分子 AAALbL

-
非ポリマー , 3種, 132分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)