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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q4t | ||||||
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タイトル | Structure of the Pseudomonas aeruginosa bacteriophage JG004 endolysin Pae87 bound to a peptidoglycan fragment. | ||||||
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![]() | HYDROLASE / endolysin / phage lysozyme / muramidase / monomodular / antimicrobial. | ||||||
機能・相同性 | N-acetylmuramidase / N-acetylmuramidase / Lysozyme-like domain superfamily / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Endolysin![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seoane-Blanco, M. / van Raaij, M.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Monomodular Pseudomonas aeruginosa phage JG004 lysozyme (Pae87) contains a bacterial surface-active antimicrobial peptide-like region and a possible substrate-binding subdomain. 著者: Vazquez, R. / Seoane-Blanco, M. / Rivero-Buceta, V. / Ruiz, S. / van Raaij, M.J. / Garcia, P. #1: ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2021 タイトル: Mining of Gram-Negative Surface-Active Enzybiotic Candidates by Sequence-Based Calculation of Physicochemical Properties. 著者: Vazquez, R. / Blanco-Ganan, S. / Ruiz, S. / Garcia, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 3分子 AAALbL
#1: タンパク質 | 分子量: 23084.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PJG4_087 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 218.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-alpha-muramic acid |
-非ポリマー , 3種, 132分子 ![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.7 % / 解説: bar-shaped |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.12 M Tris-HCl, 20% (w/v) PEG 5000 MME, 8% (v/v) ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.27→69.21 Å / Num. obs: 49510 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 13.938 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.27→1.29 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.753 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2412 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.33 / Rrim(I) all: 0.825 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7Q4S 解像度: 1.27→45.854 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.72 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.016 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.27→45.854 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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