PDB-7q4s: Structure of the Pseudomonas aeruginosa bacteriophage JG004 endol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q4s

タイトル

Structure of the Pseudomonas aeruginosa bacteriophage JG004 endolysin Pae87, apo form.

要素

Endolysin

キーワード

HYDROLASE / endolysin / phage lysozyme / muramidase / monomodular / antimicrobial.

機能・相同性

N-acetylmuramidase / N-acetylmuramidase / Lysozyme-like domain superfamily / Endolysin

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas phage JG004 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Seoane-Blanco, M. / van Raaij, M.J.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Monomodular Pseudomonas aeruginosa phage JG004 lysozyme (Pae87) contains a bacterial surface-active antimicrobial peptide-like region and a possible substrate-binding subdomain.
著者: Vazquez, R. / Seoane-Blanco, M. / Rivero-Buceta, V. / Ruiz, S. / van Raaij, M.J. / Garcia, P.

履歴

登録	2021年11月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月7日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_type / citation / pdbx_contact_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q4s.cif.gz	160 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q4s.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q4s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q4s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q4tC 5nm7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6a6i-2 4ocf-4 6wo2-d 7q4t-d 5csi-d 6dhs-3 6d2z-d 5v1m-d 2het-4 1ti1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Endolysin

BBB: Endolysin

ヘテロ分子

46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Endolysin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Endolysin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.247, 68.085, 93.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Endolysin 分子量: 23084.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas phage JG004 (ファージ) 遺伝子: PJG4_087 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F4YDQ3
#2: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.6 % / 解説: rounded wedge-shaped plate
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 20% (w/v) PEG 8000, 0.1 M CHES-NaOH, 20 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→59.25 Å / Num. obs: 13640 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 31.796 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.183 / R_pim(I) all: 0.083 / R_rim(I) all: 0.202 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1509 / CC_1/2: 0.86 / R_pim(I) all: 0.444 / R_rim(I) all: 1.087 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS	2.2.10	データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
MOLREP	11.7.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NM7

5nm7

解像度: 2.5→55.018 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 14.596 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.361 / ESU R Free: 0.346 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2779	658	4.839 %
R_work	0.2222	12941	-
all	0.225	-	-
obs	-	13599	99.743 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.402 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.567 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.533 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→55.018 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2964	0	39	99	3102

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	3073
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2907
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.121	1.633	4130
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.037	1.591	6697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.813	5	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.684	23.106	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.734	15	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.027	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.033	0.2	364
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.028	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	3480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	740
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.158	0.2	620
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.147	0.2	2541
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.113	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.112	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.129	5.975	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.127	5.972	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.011	8.952	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.011	8.955	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.825	6.099	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.825	6.102	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.533	9.097	2266
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.533	9.101	2267
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.214	68.858	3439
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.214	68.881	3440

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.561	0.321	48	0.31	932	X-RAY DIFFRACTION	98.5915
2.561-2.631	0.364	48	0.293	910	X-RAY DIFFRACTION	99.8957
2.631-2.707	0.318	49	0.297	892	X-RAY DIFFRACTION	100
2.707-2.791	0.325	49	0.304	855	X-RAY DIFFRACTION	99.7793
2.791-2.882	0.376	34	0.26	842	X-RAY DIFFRACTION	99.5455
2.882-2.983	0.276	37	0.252	823	X-RAY DIFFRACTION	99.6524
2.983-3.096	0.374	40	0.239	794	X-RAY DIFFRACTION	99.6416
3.096-3.222	0.344	39	0.245	752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.222-3.365	0.285	44	0.232	721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.365-3.529	0.241	34	0.238	697	X-RAY DIFFRACTION	99.7271
3.529-3.719	0.283	32	0.222	683	X-RAY DIFFRACTION	99.8603
3.719-3.945	0.269	34	0.205	627	X-RAY DIFFRACTION	99.8489
3.945-4.217	0.246	32	0.198	595	X-RAY DIFFRACTION	100
4.217-4.554	0.226	23	0.182	567	X-RAY DIFFRACTION	99.6622
4.554-4.987	0.309	25	0.186	520	X-RAY DIFFRACTION	100
4.987-5.574	0.232	26	0.188	468	X-RAY DIFFRACTION	100
5.574-6.432	0.378	23	0.215	425	X-RAY DIFFRACTION	99.7773
6.432-7.868	0.216	17	0.21	363	X-RAY DIFFRACTION	100
7.868-11.088	0.152	17	0.152	292	X-RAY DIFFRACTION	99.6774
11.088-55.018	0.265	7	0.211	183	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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