PDB-7q2d: mycolic acid methyltransferase Hma (MmaA4) from Mycobac-terium tu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q2d

タイトル

mycolic acid methyltransferase Hma (MmaA4) from Mycobac-terium tuberculosis in complex with ZT320

要素

Hydroxymycolate synthase MmaA4

キーワード

TRANSFERASE / mycolic acid methyltransferase mycobacterium tuberculosis fragment based ligand discovery

機能・相同性

機能・相同性情報

mycolic acid biosynthetic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Maveyraud, L. / Galy, R. / Mourey, L.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Pharmaceuticals / 年: 2021
タイトル: Fragment-Based Ligand Discovery Applied to the Mycolic Acid Methyltransferase Hma (MmaA4) from Mycobacterium tuberculosis : A Crystallographic and Molecular Modelling Study.
著者: Galy, R. / Ballereau, S. / Genisson, Y. / Mourey, L. / Plaquevent, J.C. / Maveyraud, L.

履歴

登録	2021年10月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q2d.cif.gz	135.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q2d.ent.gz	104 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q2d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7q2d_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q2d_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7q2d_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	7q2d_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q2d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q2bC 7q2cC 7q2eC 7q2fC 7q2gC 7q2hC 2fk7S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7q2f-d 7q2h-d 2fk8-d 7q2b-d 7q2c-d 7q2g-d 3ha3-d 5oon-d 1l1e-1 3my0-18 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hydroxymycolate synthase MmaA4

ヘテロ分子

36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.022, 57.022, 207.345
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Hydroxymycolate synthase MmaA4 / Mycolic acid methyltransferase / MA-MT / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / AdoMet-MT / SAM-MT 分子量: 36521.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: mmaA4, hma, mma4, Rv0642c / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q79FX8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ZZT / 2-METHOXY-5-METHYLANILINE / p-クレシジン分子量: 137.179 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: BisTris 50 mM, PEG 3350 4% (w/v), pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976251 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→57.02 Å / Num. obs: 31853 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.39 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.085 / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 16.15
反射シェル	解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 11.76 % / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / Num. unique obs: 5032 / CC_1/2: 0.892 / R_rim(I) all: 0.951 / R_sym value: 0.909 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 2FK7

2fk7

解像度: 1.89→49.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 7.195 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22809	1645	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18557	-	-	-
obs	0.18771	30494	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.131 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.44 Å²	0.22 Å²	0 Å²
2-	-	0.44 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.89→49.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2285	0	28	107	2420

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2181
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.225	1.657	3236
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.236	1.586	5011
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.754	5	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.377	21.752	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.018	15	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.575	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2733
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	583
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.487	22.399	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.482	22.38	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.956	32.323	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.959	32.343	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.139	24.791	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.136	24.812	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.92	34.916	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.479	69.297	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.48	69.323	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.894→1.943 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	106	-
R_work	0.296	2157	-
obs	-	-	97.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 26.119 Å / Origin y: 8.275 Å / Origin z: 16.762 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1242 Å²	-0.0224 Å²	-0.0025 Å²	-	0.0467 Å²	-0.0007 Å²	-	-	0.0299 Å²
L	1.1007 °²	-0.174 °²	-0.5354 °²	-	1.9092 °²	0.159 °²	-	-	2.353 °²
S	-0.0673 Å °	0.0225 Å °	0.1753 Å °	-0.13 Å °	0.179 Å °	-0.0809 Å °	-0.4069 Å °	-0.0709 Å °	-0.1118 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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