PDB-7q1b: Crystal structure of Trypanosoma cruzi histone deacetylase DAC2 c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q1b

タイトル

Crystal structure of Trypanosoma cruzi histone deacetylase DAC2 complexed with Quisinostat

要素

Histone deacetylase DAC2

キーワード

HYDROLASE / Epigenetics / Trypanosoma cruzi / Histone deacetylase / DAC2 / Pathogen

機能・相同性

Chem-GOK / :

機能・相同性情報

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Marek, M. / Ramos-Morales, E. / Romier, C.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Species-selective targeting of pathogens revealed by the atypical structure and active site of Trypanosoma cruzi histone deacetylase DAC2.
著者: Marek, M. / Ramos-Morales, E. / Picchi-Constante, G.F.A. / Bayer, T. / Norstrom, C. / Herp, D. / Sales-Junior, P.A. / Guerra-Slompo, E.P. / Hausmann, K. / Chakrabarti, A. / Shaik, T.B. / ...

履歴

登録	2021年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q1b.cif.gz	213.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q1b.ent.gz	141 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q1b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7q1b_validation.pdf.gz	784.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q1b_full_validation.pdf.gz	785.1 KB	表示
XML形式データ	7q1b_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	7q1b_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q1b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q1cC 1t67S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wi3-1 6i4b-1 4gsn-1 6who-1 6whq-2 2cy7-d 1mei-d 7kbh-1 1rfi-1 3i65-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histone deacetylase DAC2

ヘテロ分子

51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.167, 93.584, 119.462
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Histone deacetylase DAC2 分子量: 50408.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 231分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-GOK / 2-[4-[[(1-methylindol-3-yl)methylamino]methyl]piperidin-1-yl]-~{N}-oxidanyl-pyrimidine-5-carboxamide / キシノスタット分子量: 394.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₆N₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗腫瘍剤, 阻害剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 5%(W/V) PEG 6000, 0.1 M Hepes pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 50638 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 31.14 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.7→1.81 Å / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 2.387 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 8053 / CC_1/2: 0.674

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19rc4_4035	精密化
PHENIX	1.19rc4_4035	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1T67

1t67

解像度: 1.75→46.79 Å / SU ML: 0.3232 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.8332
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2182	4462	5 %
R_work	0.1923	84758	-
obs	0.1936	46459	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3037	0	38	226	3301

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	3147
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7431	4273
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0492	485
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	570
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9065	1146

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.6175	141	0.5788	2686	X-RAY DIFFRACTION	96.52
1.77-1.79	0.5368	152	0.5189	2873	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.79-1.81	0.5284	145	0.4826	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.81-1.84	0.4171	155	0.3948	2877	X-RAY DIFFRACTION	99.44
1.84-1.86	0.3178	143	0.381	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.39
1.86-1.89	0.3531	150	0.3407	2801	X-RAY DIFFRACTION	99.56
1.89-1.91	0.3767	150	0.3163	2884	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.91-1.94	0.358	143	0.2858	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.94-1.97	0.323	147	0.2659	2843	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.97-2.01	0.2854	151	0.2556	2860	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.01-2.04	0.2956	146	0.2338	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.08	0.284	148	0.2427	2829	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.08-2.12	0.2623	147	0.2276	2814	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.12-2.16	0.2488	155	0.2243	2864	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.16-2.21	0.2539	145	0.2217	2831	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.21-2.26	0.2534	149	0.2232	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.32	0.2266	151	0.191	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.1939	145	0.1802	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.45	0.2137	149	0.1913	2823	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.45-2.53	0.1984	152	0.1963	2832	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.53-2.62	0.2117	147	0.1791	2835	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.62-2.72	0.2327	152	0.1868	2840	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.72-2.85	0.2401	150	0.1886	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.85-3	0.229	144	0.19	2833	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3-3.18	0.1952	151	0.1746	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.43	0.2181	148	0.1786	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.77	0.1814	150	0.1598	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.32	0.1658	150	0.1438	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-5.44	0.1548	154	0.1409	2837	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.44-46.79	0.1867	152	0.1665	2830	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 22.5271301061 Å / Origin y: 114.518105177 Å / Origin z: 16.0733411453 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.271163438017 Å²	-0.0174539709491 Å²	0.0298936721854 Å²	-	0.268722281699 Å²	-0.0787182104011 Å²	-	-	0.259939798626 Å²
L	1.46959474442 °²	0.313438341758 °²	0.268033150256 °²	-	0.860797880194 °²	-0.0438993374518 °²	-	-	0.559017004457 °²
S	-0.126949132578 Å °	0.111227496219 Å °	-0.263477401933 Å °	-0.0356433002183 Å °	0.0965287226999 Å °	-0.0689381612475 Å °	-0.0156371961578 Å °	-0.0448314572825 Å °	4.91180220153E-5 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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