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- PDB-4gsn: Crystal Structure of GSTe2 ZAN/U variant from Anopheles gambiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gsn
タイトルCrystal Structure of GSTe2 ZAN/U variant from Anopheles gambiae
要素Glutathione S-transferase E2
キーワードTRANSFERASE / GST
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily ...Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / glutathione transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mayans, O. / Lu, F.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Metabolic and Target-Site Mechanisms Combine to Confer Strong DDT Resistance in Anopheles gambiae.
著者: Mitchell, S.N. / Rigden, D.J. / Dowd, A.J. / Lu, F. / Wilding, C.S. / Weetman, D. / Dadzie, S. / Jenkins, A.M. / Regna, K. / Boko, P. / Djogbenou, L. / Muskavitch, M.A. / Ranson, H. / Paine, ...著者: Mitchell, S.N. / Rigden, D.J. / Dowd, A.J. / Lu, F. / Wilding, C.S. / Weetman, D. / Dadzie, S. / Jenkins, A.M. / Regna, K. / Boko, P. / Djogbenou, L. / Muskavitch, M.A. / Ranson, H. / Paine, M.J. / Mayans, O. / Donnelly, M.J.
履歴
登録2012年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase E2
B: Glutathione S-transferase E2
C: Glutathione S-transferase E2
D: Glutathione S-transferase E2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,56110
ポリマ－99,0024
非ポリマー1,5606
水3,567198
1
A: Glutathione S-transferase E2
B: Glutathione S-transferase E2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4466
ポリマ－49,5012
非ポリマー9454
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area17530 Å2
手法PISA
2
C: Glutathione S-transferase E2
D: Glutathione S-transferase E2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1154
ポリマ－49,5012
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.330, 86.380, 92.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Glutathione S-transferase E2


分子量: 24750.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
プラスミド: pOPIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9GPL8
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.84 %
結晶化温度: 295 K / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 6000, 0.1 M BIsTris pH 6.5, 1 mM B-ME Plates: 24-well VDX plates, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 35923 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 3.82 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.507 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
DNAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU ML: 0.26 / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.44 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 1123 3.13 %
Rwork0.1733 --
obs0.1749 35923 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å20.47 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6944 0 96 198 7238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047212
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7689771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6942689
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281114
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031250
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.40470.31031430.20954323X-RAY DIFFRACTION99
2.4047-2.53140.24531270.19664355X-RAY DIFFRACTION100
2.5314-2.68990.28011440.19764351X-RAY DIFFRACTION100
2.6899-2.89740.26421290.19754320X-RAY DIFFRACTION100
2.8974-3.18870.26561320.1874388X-RAY DIFFRACTION100
3.1887-3.64930.20541550.17554315X-RAY DIFFRACTION99
3.6493-4.59480.18311540.14294338X-RAY DIFFRACTION99
4.5948-29.13640.20031390.15684410X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.07050.2813-0.09332.0772-0.26021.51790.0168-0.0442-0.0070.2092-0.0528-0.1365-0.00930.09750.02950.10150.0204-0.0020.16210.00450.15314.77165.755514.6203
21.5539-0.0934-0.45421.5474-0.31021.66160.0052-0.02430.05150.17190.06410.2371-0.0174-0.1422-0.05060.09420.01260.02370.19130.01230.2266-7.57639.500812.5205
32.8444-0.3536-0.14662.73340.31622.58550.1901-0.14170.15170.0965-0.1625-0.33240.00050.1715-0.01420.2679-0.0431-0.00340.13270.03020.214223.568-25.892829.5242
41.2922-0.0177-0.24132.67540.32821.96970.2284-0.2486-0.28690.6485-0.1581-0.11380.65350.0526-0.03610.6889-0.0475-0.10480.2120.06330.294418.7246-47.849532.8735
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 2 through 301)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 2 through 301)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 2 through 301)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 2 through 301)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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