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- PDB-4iji: Crystal structure of a glutathione transferase family member from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iji
タイトルCrystal structure of a glutathione transferase family member from Psuedomonas fluorescens Pf-5, target EFI-900011, with bound S-(propanoic acid)-glutathione
要素Glutathione S-transferase-like protein YibF
キーワードTRANSFERASE / GST / glutathione S-transferase / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...: / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-99T / ACRYLIC ACID / BENZOIC ACID / Glutathione S-transferase-like protein YibF
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas protegens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Sauder, J.M. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Burley, S.K. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a glutathione transferase family member from Psuedomonas fluorescens Pf-5, target EFI-900011, with bound S-(propanoic acid)-glutathione
著者: Vetting, M.W. / Sauder, J.M. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Burley, S.K. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2012年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase-like protein YibF
B: Glutathione S-transferase-like protein YibF
C: Glutathione S-transferase-like protein YibF
D: Glutathione S-transferase-like protein YibF
E: Glutathione S-transferase-like protein YibF
F: Glutathione S-transferase-like protein YibF
G: Glutathione S-transferase-like protein YibF
H: Glutathione S-transferase-like protein YibF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,97018
ポリマ－195,3058
非ポリマー2,66510
水40,1552229
1
A: Glutathione S-transferase-like protein YibF
F: Glutathione S-transferase-like protein YibF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4005
ポリマ－48,8262
非ポリマー5743
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16700 Å2
手法PISA
2
B: Glutathione S-transferase-like protein YibF
C: Glutathione S-transferase-like protein YibF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5854
ポリマ－48,8262
非ポリマー7592
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16330 Å2
手法PISA
3
D: Glutathione S-transferase-like protein YibF
H: Glutathione S-transferase-like protein YibF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4005
ポリマ－48,8262
非ポリマー5743
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16710 Å2
手法PISA
4
E: Glutathione S-transferase-like protein YibF
G: Glutathione S-transferase-like protein YibF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5854
ポリマ－48,8262
非ポリマー7592
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.763, 190.002, 83.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glutathione S-transferase-like protein YibF


分子量: 24413.176 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas protegens (バクテリア)
株: Pf-5 / 遺伝子: yibF, PFL_5710 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K4R5
#2: 化合物
ChemComp-99T / L-gamma-glutamyl-S-(2-carboxyethyl)-L-cysteinylglycine / S-(propanoic acid)glutathione


分子量: 379.386 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H21N3O8S
#3: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#4: 化合物 ChemComp-AKR / ACRYLIC ACID / アクリル酸


分子量: 72.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 100 mM NaCl + 5 mM Reduced glutathione); Reservoir (0.02 M Magnesium Chloride 0.1 M HEPES:NaOH pH 7.5 22% (w/v) Polyacrylic Acid 5100); Cryoprotection (20% ...詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 100 mM NaCl + 5 mM Reduced glutathione); Reservoir (0.02 M Magnesium Chloride 0.1 M HEPES:NaOH pH 7.5 22% (w/v) Polyacrylic Acid 5100); Cryoprotection (20% reservoir, 80% (50% (w/v) Polyacrylic acid); glutathione adduct presumably arising from gluathione attack of free acrylate, benozic acid like molecule of unknown origins, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月8日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→95.001 Å / Num. all: 260818 / Num. obs: 260818 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.5-1.585.10.5751.4189399372400.57596
1.58-1.685.30.3982187611355410.39897
1.68-1.795.50.2952.6185158336280.29597.6
1.79-1.945.80.1914.1182914315720.19198.4
1.94-2.126.10.1216.4177904291580.12198.8
2.12-2.376.40.098.3169402264630.0999
2.37-2.746.70.0779.4157855234510.07799.4
2.74-3.357.20.05811.8142752198790.05899.8
3.35-4.747.60.04316.1117219154490.043100
4.74-95.0017.50.04814.36364384370.04899.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ID0

4id0


解像度: 1.5→36.27 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8847 / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1976 13130 5.04 %RANDOM
Rwork0.1694 ---
obs0.1708 260723 98.05 %-
all-260723 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.61 Å2 / Biso mean: 19.3684 Å2 / Biso min: 4.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12725 0 178 2229 15132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00613331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0718170
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671999
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1324962
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.5170.28134330.24378033846695
1.517-1.53490.26634340.24138002843696
1.5349-1.55360.29124510.23668086853796
1.5536-1.57330.2674610.22648055851696
1.5733-1.5940.24773890.21388054844396
1.594-1.61580.25714240.21198181860597
1.6158-1.63890.23064370.1978110854797
1.6389-1.66340.2254850.19448144862997
1.6634-1.68940.25194050.19698127853297
1.6894-1.71710.24394590.1978238869798
1.7171-1.74670.22874190.18668152857198
1.7467-1.77840.22644130.18868289870298
1.7784-1.81260.23564200.18578275869598
1.8126-1.84960.20414270.17548222864998
1.8496-1.88980.20644380.17448293873198
1.8898-1.93380.20684390.17338230866998
1.9338-1.98220.21854540.1778272872699
1.9822-2.03570.20664410.17538356879799
2.0357-2.09560.21154150.16838336875199
2.0956-2.16330.19444350.16278266870199
2.1633-2.24060.19934400.16148317875799
2.2406-2.33030.18974280.15698366879499
2.3303-2.43630.17964270.15798353878099
2.4363-2.56470.20344370.16348376881399
2.5647-2.72540.18724440.16438390883499
2.7254-2.93570.1914720.163283318803100
2.9357-3.2310.18984560.161984608916100
3.231-3.69810.15644660.151883698835100
3.6981-4.65770.16164540.138284648918100
4.6577-36.28030.18094270.1698446887399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0892-0.0085-0.03220.0107-0.00330.0623-0.0561-0.0850.0349-0.0577-0.0250.0384-0.0771-0.0171-0.02130.0799-0.0132-0.02830.0617-0.01860.076119.923310.717513.4883
20.04030.0281-0.04160.0216-0.02940.044-0.0224-0.0211-0.0005-0.0075-0.05170.027-0.0285-0.0115-0.02920.08580.0066-0.02970.0626-0.03010.047611.3895-2.41339.5284
30.01420.00470.003-0.0003-0.00010.001-0.01490.0062-0.0141-0.0486-0.04690.0475-0.0098-0.0422-0.01910.1212-0.0056-0.01280.1106-0.02720.07081.9458-3.6894-0.9406
40.03490.02760.0120.0285-0.00210.0398-0.0307-0.03470.069-0.0097-0.02040.0805-0.0002-0.0804-0.0177-0.02890.00680.05170.1297-0.08290.06811.98942.370416.8161
50.0434-0.00410.02020.01130.02610.12360.05470.0304-0.0394-0.0028-0.0045-0.020.0721-0.06350.0110.0441-0.0075-0.0180.0647-0.01280.067531.717119.075636.2466
60.0103-0.0020.0057-0.001-0.00340.01770.0353-0.02890.0284-0.0028-0.00480.0140.019-0.01130.01370.0578-0.0078-0.00560.0776-0.00550.047933.531531.67445.7172
70.0019-0.0048-0.00310.0030.00540.00810.0161-0.04790.05040.0591-0.03740.0201-0.0140.00190.00410.1133-0.0023-0.03250.1338-0.01750.084135.181635.713557.4314
80.00560.0023-0.00620.0023-0.00220.00610.0145-0.00060.0360.0164-0.00990.0679-0.0287-0.0843-0.0047-0.15140.03960.05220.1667-0.03630.063720.762831.79846.5189
90.0160.01080.0020.00890.00170.00010.00380.04040.02410.00710.0301-0.0103-0.03160.02860.01110.0467-0.01750.00650.0657-0.01030.087650.385440.366436.1053
100.00050.0004-0.00030.00090.00060.00240.00470.01340.00370.00050.00050.0072-0.0054-0.0013-00.1494-0.0450.01690.12410.0160.140949.382448.051232.2201
11-00-0.0001-00.00010.0002-0.0029-0.0146-0.00120.0103-0.0068-0.0038-0.00490.0026-00.1306-0.02530.01890.1161-0.01190.131743.360142.376248.5661
120.0016-0.00060.00210.00030.00050.0039-0.01090.02370.0210.0018-0.00460.0197-0.0147-0.0066-0.00190.07110.0016-0.01360.0625-0.0010.111139.279941.982233.4039
130.0002-0.00050.00040.0007-0.00050.00020.00180.00640-0.0130.00140.0144-0.01060.004700.0995-0.0048-0.01470.1881-0.01510.070743.589734.350221.3464
140.0013-0.00130.00180.0007-0.00150.01680.03150.0077-0.01350.0161-0.0128-0.0107-0.04420.0217-0.00020.0408-0.0075-0.00050.086-0.01870.060646.504126.317840.6587
150.00850.0117-0.00360.0241-0.00880.00310.05980.0195-0.05640.0348-0.0443-0.01910.01410.01910.00430.06980.0167-0.03220.0781-0.0220.079350.348320.133251.6351
160.01840.00360.01870.00030.00620.0210.00970.0269-0.0201-0.00090.0217-0.03290.00410.07240.0297-0.0643-0.01150.00710.1992-0.08270.113958.395527.070736.3623
170.06930.00390.06240.03090.02330.05940.0008-0.1171-0.02380.07440.0371-0.03170.0625-0.0450.00480.081-0.0058-0.00340.0589-0.0030.076424.711536.13894.1284
180.0049-00.005-0.00010.00410.0194-0.0157-0.01440.0522-0.0478-0.03610.0752-0.0047-0.0462-0.00010.1154-0.01370.0340.1024-0.03140.196110.372549.913-7.9619
190.0252-00.01210.00750.01690.03490.03130.0101-0.0253-0.0501-0.0155-0.01110.0329-0.04550.03090.1398-0.0288-0.00420.0502-0.03770.025620.899835.248-12.6218
200.03070.0167-0.02240.0336-0.01840.0371-0.05170.06580.0366-0.02010.05520.0255-0.0221-0.075-0.01180.10030.00120.00590.07870.01930.049236.6391-5.829239.0603
210.1065-0.00480.00030.03760.00320.0063-0.0314-0.0802-0.05840.0428-0.0157-0.0229-0.0329-0.008-0.00540.06370.0010.00080.03420.0020.043740.912-13.912856.1379
220.00730.00390.00180.0110.00760.01830.04790.0093-0.04370.01230.00150.00050.0510.00260.02920.0739-0.00380.00110.0592-0.01010.075620.8873-15.84356.6096
230.03950.05450.03830.09410.05050.0909-0.0490.0702-0.035-0.10580.0174-0.0713-0.06850.1237-0.0090.055-0.01720.00240.0788-0.0140.027728.215-1.8274-3.0895
240.0172-0.0069-0.00190.0124-0.00140.0056-0.07250.0122-0.0979-0.08090.0271-0.06320.07950.0066-0.0120.1507-0.0080.05290.0658-0.01320.11240.9734-31.69441.6317
250.00450.0051-0.00380.01080.00480.0061-0.01440.0079-0.0332-0.04580.04190.0204-0.0110.01120.00340.146-0.04190.01790.11660.00980.072828.546-21.522840.0213
260.0047-0.00210.00130.0039-0.0020.0009-0.02340.04540.0344-0.01620.02940.0535-0.0246-0.0051-0.00340.1681-0.0130.02910.15960.08650.157517.5068-20.156346.7253
270.00320.0052-0.00070.0062-0.00110.0016-0.01220.0405-0.0075-0.06090.03890.00150.017-0.01540.04950.2464-0.213-0.04910.2403-0.04250.071822.9646-30.349232.6486
280.02110.0010.0020.007-0.01430.03660.0131-0.00860.0545-0.04250.044-0.0538-0.0350.00990.02350.0775-0.02230.03510.0283-0.02430.138631.86359.2979-0.8405
290.0399-0.0041-0.00250.10230.02060.03380.0052-0.02840.03310.22050.00030.03140.0148-0.02250.04150.09710.0070.01260.0798-0.04290.122223.013954.36414.3772
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 87 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 88 through 116 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 117 through 145 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 146 through 203 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 0 through 89 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 90 through 117 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 118 through 145 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 146 through 203 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 22 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 23 through 32 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 33 through 54 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 55 through 76 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 77 through 87 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 88 through 117 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 118 through 145 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 146 through 204 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 1 through 117 )D0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 118 through 145 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 146 through 203 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 0 through 87 )E0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 88 through 203 )E0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 0 through 76 )F0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 77 through 204 )F0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 0 through 88 )G0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 89 through 116 )G0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 117 through 146 )G0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 147 through 203 )G0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 0 through 74 )H0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 75 through 207 )H0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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