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- PDB-6i4b: Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase (DHODH) co-cry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i4b
タイトルPlasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase (DHODH) co-crystallized with 3-Hydroxy-1-methyl-5-((3-(trifluoromethyl)phenoxy)methyl)-1H-pyrazole-4-carboxylic acid
要素Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / dhodh / plasmodium falciparum dhodh
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine biosynthesis / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E2N / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Goyal, P. / Sainas, S. / Pippione, A.C. / Boschi, D. / Al-Kadaraghi, S.
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018
タイトル: Hydroxyazole scaffold-based Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase inhibitors: Synthesis, biological evaluation and X-ray structural studies.
著者: Pippione, A.C. / Sainas, S. / Goyal, P. / Fritzson, I. / Cassiano, G.C. / Giraudo, A. / Giorgis, M. / Tavella, T.A. / Bagnati, R. / Rolando, B. / Caing-Carlsson, R. / Costa, F.T.M. / Andrade, ...著者: Pippione, A.C. / Sainas, S. / Goyal, P. / Fritzson, I. / Cassiano, G.C. / Giraudo, A. / Giorgis, M. / Tavella, T.A. / Bagnati, R. / Rolando, B. / Caing-Carlsson, R. / Costa, F.T.M. / Andrade, C.H. / Al-Karadaghi, S. / Boschi, D. / Friemann, R. / Lolli, M.L.
履歴
登録2018年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年12月24日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entry_details / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,5628
ポリマ－91,7052
非ポリマー1,8576
水5,260292
1
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7814
ポリマ－45,8521
非ポリマー9293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7814
ポリマ－45,8521
非ポリマー9293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.607, 158.121, 61.753
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 45852.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PFF0160c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q08210, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID


分子量: 156.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#4: 化合物 ChemComp-E2N / 1-methyl-3-oxidanyl-5-[[3-(trifluoromethyl)phenoxy]methyl]pyrazole-4-carboxylic acid


分子量: 316.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11F3N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 7.5-9.5), 35 % (w/v) PEG 4000 and 50 mM sodium formate
PH範囲: 7.5-9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-2 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→79.061 Å / Num. obs: 64341 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 32.38 Å2 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.119 / Rsym value: 0.11 / Net I/av σ(I): 5.3 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.98-2.097.41.1340.794550.4451.2191.13499.9
2.09-2.217.40.8210.989550.3240.8830.82199.9
2.21-2.377.40.4981.683830.1960.5360.49899.9
2.37-2.567.30.3342.377790.1320.3590.33499.8
2.56-2.87.20.2153.671690.0860.2320.21599.3
2.8-3.1370.1345.563760.0540.1450.13497.9
3.13-3.616.30.0778.655100.0330.0840.07795.8
3.61-4.437.50.05810.748500.0230.0630.058100
4.43-6.267.40.05111.737810.020.0550.05199.9
6.26-48.7257.10.04310.820830.0180.0470.04399.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.98→48.725 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2262 3260 5.07 %
Rwork0.1921 --
obs0.1939 64264 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 129.79 Å2 / Biso mean: 48.5579 Å2 / Biso min: 22.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→48.725 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5988 0 128 292 6408
Biso mean--47.47 44.82 -
残基数----755
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.98-2.00960.37211460.335926852831100
2.0096-2.0410.29791480.32226672815100
2.041-2.07440.32561350.298826742809100
2.0744-2.11020.31791400.284126862826100
2.1102-2.14860.31311410.267726332774100
2.1486-2.18990.39071510.313126622813100
2.1899-2.23460.26161500.228526402790100
2.2346-2.28320.26851460.22612666281299
2.2832-2.33630.27131350.210326252760100
2.3363-2.39470.25151290.216427032832100
2.3947-2.45950.25241440.197926632807100
2.4595-2.53190.2781440.19592659280399
2.5319-2.61360.26661270.197326512778100
2.6136-2.7070.23491410.18922655279699
2.707-2.81530.22831540.18252667282199
2.8153-2.94350.21091390.18082614275398
2.9435-3.09860.24351230.17992611273497
3.0986-3.29270.20571440.18232574271897
3.2927-3.54690.19331230.18292534265794
3.5469-3.90370.22851580.174726662824100
3.9037-4.46820.19551410.163126872828100
4.4682-5.62820.18371550.159326862841100
5.6282-48.73960.17921460.170526962842100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.07550.1139-2.64682.68140.41413.74970.1286-0.5521-0.98770.1299-0.118-0.10390.66910.57290.15911.09120.0549-0.40230.45050.08080.780619.0547-43.804632.4155
24.5443-0.59552.56263.3332-2.5173.23270.40890.0843-0.45590.0254-0.034-0.55210.0670.7702-0.13140.73560.027-0.26510.32880.01520.576622.7762-32.805229.5938
31.72110.13140.81821.9127-0.05812.43110.1285-0.0858-0.18210.10380.0180.01750.1669-0.074-0.1210.43560.0208-0.11230.25550.01170.250510.8623-18.997222.9167
41.86460.6890.64462.630.75272.7759-0.144-0.27120.32380.3279-0.01590.0585-0.87540.10320.18210.9915-0.0953-0.32710.41390.01290.534733.075224.371763.4456
50.38550.5119-0.21761.51870.04570.343-0.32780.05730.26650.2493-0.0207-0.1473-0.61140.35010.19350.463-0.1125-0.17160.33850.07250.344333.03339.879956.6121
62.3054-0.380.26082.32060.41684.59030.05930.0589-0.1353-0.01850.00090.05770.23420.1465-0.02170.2706-0.0303-0.09390.20220.03030.229828.4465-3.28553.6702
71.0063-0.21910.14772.72630.14921.1414-0.21810.34190.3742-0.272-0.1632-0.1561-0.71350.58250.28920.5758-0.1629-0.14420.46220.12050.375934.737813.570142.5495
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 157 through 178 )A157 - 178
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 179 through 205 )A179 - 205
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 206 through 567 )A206 - 567
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 158 through 205 )B158 - 205
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 206 through 282 )B206 - 282
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 283 through 449 )B283 - 449
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 450 through 567 )B450 - 567

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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