PDB-7q19: Beta-lactoglobulin mutant FAW (I56F/L39A/M107W) in complex with d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q19

タイトル

Beta-lactoglobulin mutant FAW (I56F/L39A/M107W) in complex with desipramine (FAW-DSM#3)

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lactoglobulin / mutation / desipramine

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Barciszewski, J. / Pokrywka, K. / Lewinski, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: New ligand-binding sites identified in the crystal structures of [beta]-lactoglobulin complexes with desipramine
著者: Loch, J.I. / Barciszewski, J. / Sliwiak, J. / Bonarek, P. / Wrobel, P. / Pokrywka, K. / Shabalin, I.G. / Minor, W. / Jaskolski, M. / Lewinski, K.

履歴

登録	2021年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q19.cif.gz	78.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q19.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q19.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7q19_validation.pdf.gz	725.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q19_full_validation.pdf.gz	723.1 KB	表示
XML形式データ	7q19_validation.xml.gz	9.7 KB	表示
CIF形式データ	7q19_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q19	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q17C 7q18C 7q2nC 7q2oC 7q2pC 1bsyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.298, 66.298, 60.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-203- SO4
2	1	AAA-204- SO4
3	1	AAA-204- SO4
4	1	AAA-390- HOH
5	1	AAA-406- HOH
6	1	AAA-420- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18279.965 Da / 分子数: 1 / 変異: L1A, I2S, L39A, I56F, M107W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pET-DUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Origami B / 参照: UniProt: P02754

-
非ポリマー , 5種, 127分子

#2: 化合物	ChemComp-DSM / 3-(10,11-DIHYDRO-5H-DIBENZO[B,F]AZEPIN-5-YL)-N-METHYLPROPAN-1-AMINE / Desipramine;Norpramin / デシプラミン分子量: 266.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗うつ薬, 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.40 M (NH4)2SO4, 0.5 M Tris-HCl pH 8.5, desipramine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→41.69 Å / Num. obs: 22796 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 23.24
反射シェル	解像度: 1.55→1.64 Å / 冗長度: 9.11 % / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique obs: 3482 / CC_1/2: 0.087 / R_rim(I) all: 1.022 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BSY

1bsy

解像度: 1.55→41.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 4.015 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.094

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2337	1000	4.387 %
R_work	0.1971	21796	-
all	0.199	-	-
obs	-	22796	99.917 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.512 Å²	0.256 Å²	-0 Å²
2-	-	0.512 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→41.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1254	0	37	120	1411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.629	1.645	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.385	1.607	2968
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.88	5	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.606	25.738	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.175	15	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	3.015	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	265
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	217
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	611
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	637
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.032	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.183	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.632	2.279	634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.633	2.278	633
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.659	3.417	792
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.657	3.419	793
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.309	2.649	692
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.32	2.618	685
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.639	3.851	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.658	3.801	993
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.169	27.978	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.165	27.485	1381

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.589	0.288	71	0.273	1566	X-RAY DIFFRACTION	99.2723
1.589-1.633	0.313	71	0.245	1543	X-RAY DIFFRACTION	99.8762
1.633-1.68	0.291	68	0.233	1487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.732	0.295	69	0.215	1501	X-RAY DIFFRACTION	100
1.732-1.789	0.288	65	0.218	1411	X-RAY DIFFRACTION	99.8647
1.789-1.851	0.265	63	0.2	1366	X-RAY DIFFRACTION	100
1.851-1.921	0.202	60	0.19	1322	X-RAY DIFFRACTION	100
1.921-1.999	0.219	60	0.19	1305	X-RAY DIFFRACTION	100
1.999-2.088	0.273	57	0.201	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
2.088-2.189	0.261	53	0.19	1156	X-RAY DIFFRACTION	100
2.189-2.308	0.232	52	0.197	1141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.308-2.447	0.214	49	0.206	1070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.447-2.615	0.286	46	0.209	998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.615-2.824	0.22	43	0.22	932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.824-3.092	0.32	40	0.207	885	X-RAY DIFFRACTION	100
3.092-3.455	0.206	37	0.185	788	X-RAY DIFFRACTION	100
3.455-3.985	0.22	32	0.182	698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.985-4.869	0.184	27	0.158	608	X-RAY DIFFRACTION	99.8428
4.869-6.839	0.17	23	0.218	489	X-RAY DIFFRACTION	100
6.839-41.689	0.279	14	0.193	296	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -12.8202 Å / Origin y: 52.1562 Å / Origin z: 15.2609 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0758 Å²	0.032 Å²	-0.0093 Å²	-	0.0267 Å²	0.0117 Å²	-	-	0.03 Å²
L	0.2489 °²	0.3581 °²	0.0644 °²	-	0.7209 °²	0.3262 °²	-	-	0.9186 °²
S	-0.0708 Å °	-0.0298 Å °	-0.0334 Å °	-0.0946 Å °	0.0096 Å °	0.0049 Å °	-0.1226 Å °	-0.0248 Å °	0.0612 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	4 - 161
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	201

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関連情報:EMDBヘッダ

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