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- PDB-7pv9: Listeria monocytogene InlB (internalin B) residues 36-392 (intern... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pv9
タイトルListeria monocytogene InlB (internalin B) residues 36-392 (internalin domain and B-repeat)
要素Internalin B
キーワードCELL INVASION / LEUCINE RICH REPEAT / PROTEIN BINDING / PATHOGENICITY / VIRULENCE FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / peptidoglycan-based cell wall / heparin binding / lipid binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Listeria-Bacteroides repeat domain / GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent ...Listeria-Bacteroides repeat domain / GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Internalin, N-terminal / Bacterial adhesion/invasion protein N terminal / Immunoglobulin-like - #1220 / : / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Geerds, C. / Niemann, H.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: A recurring packing contact in crystals of InlB pinpoints functional binding sites in the internalin domain and the B repeat.
著者: Geerds, C. / Bleymuller, W.M. / Meyer, T. / Widmann, C. / Niemann, H.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2021年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Internalin B
B: Internalin B
C: Internalin B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,2653
ポリマ－121,2653
非ポリマー00
水00
1
A: Internalin B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4221
ポリマ－40,4221
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Internalin B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4221
ポリマ－40,4221
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Internalin B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4221
ポリマ－40,4221
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.490, 148.410, 220.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 36 through 353 or resid 373 through 391))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 36 through 353 or resid 373 through 391))
d_3ens_1chain "C"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUGLNA1 - 318
d_12ens_1ASNGLUA338 - 356
d_21ens_1GLUGLNB1 - 318
d_22ens_1ASNGLUB338 - 356
d_31ens_1GLUGLUC1 - 337

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999549117063, -0.0268389989223, 0.0134621958238), (0.026269890277, 0.998821714912, 0.0408053266762), (-0.0145415076378, -0.0404332778434, 0.9990764208)-0.474219594221, -46.8573849964, 0.54177715719
2given(-0.998642235565, 0.052049082464, 0.00213971050509), (0.0520916566761, 0.997472976394, 0.048312738156), (0.000380330286203, 0.0483586019033, -0.998829965996)-44.6582297071, -20.0008996878, -111.552683905

-
要素

#1: タンパク質 Internalin B / InlB / Invasion protein InlB


分子量: 40421.789 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: inlB, lmo0434 / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon Plus / 参照: UniProt: P0DQD2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 % / 解説: rod-shaped (roughly 0.01 x 0.01 x 0.08 mm)
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Reservoir solution (Morpheus screen (Molecular Dimensions) condition E6): 0.1 M (HEPES sodium salt / MOPS acid), pH 7.5, 20 % v/v ethylene glycol, 10 % w/v PEG 8,000, 0.03 M diethylene ...詳細: Reservoir solution (Morpheus screen (Molecular Dimensions) condition E6): 0.1 M (HEPES sodium salt / MOPS acid), pH 7.5, 20 % v/v ethylene glycol, 10 % w/v PEG 8,000, 0.03 M diethylene glycol, 0.03 M triethylene-glycol, 0.03 M tetraethylene glycol, 0.03 M pentaethylene glycol; Protein solution: 10 mg/ml in 10 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl; Drop size: 100 nl + 100 nl (protein + reservoir)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9164 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9164 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 22938 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 56.76 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rrim(I) all: 0.34 / Net I/σ(I): 6.49
反射 シェル解像度: 3.3→3.39 Å / 冗長度: 8.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 1677 / CC1/2: 0.6 / Rrim(I) all: 1.205 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180307データ削減
XSCALEVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180307データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H6T, 2Y5P

1h6t

2y5p


解像度: 3.3→48.27 Å / SU ML: 0.4463 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8522
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Reference model restraints were used with PDB ID 7nms as reference model. NCS restraints were used during refinement. TLS refinement was used with TLS groups automatically determined by phenix.refine.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2723 1112 4.87 %
Rwork0.2303 21712 -
obs0.2324 22824 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8279 0 0 0 8279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00278431
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.631311451
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04921357
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00461460
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.99563148
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.664562055878
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.03515699394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.450.36021260.31352698X-RAY DIFFRACTION99.93
3.45-3.630.34141130.27742656X-RAY DIFFRACTION99.86
3.63-3.860.30711450.24982639X-RAY DIFFRACTION99.71
3.86-4.160.31851220.23252702X-RAY DIFFRACTION99.89
4.16-4.580.26111530.19852693X-RAY DIFFRACTION99.89
4.58-5.240.20581340.1862709X-RAY DIFFRACTION99.79
5.24-6.590.25041530.21962748X-RAY DIFFRACTION99.9
6.6-48.270.24821660.22342867X-RAY DIFFRACTION98.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.478725429080.4225271449090.4459913084570.4767627209140.1175736938572.03238327493-0.09196788110650.08821063960950.0268216977835-0.2592650949370.1261663851070.0973529248674-0.361952494862-0.009564372406910.2955254725660.9770273795370.171470306812-0.2880855205730.986702380394-0.1957370072220.363539394456-28.8645388024-33.1391809605-65.0854237001
20.1613887968110.09902600683840.1471771132920.06325076794270.06217268592170.458891199603-0.0457866115776-0.03868169329660.0452844474216-0.203296387583-0.0462555549910.0656010884874-0.0807726448987-0.308838155452-0.445186632950.7356380706420.0325597303902-0.2391830464430.262957421137-0.09476266870420.0173849684701-20.8320280507-30.275396844-56.1050591792
33.064765182150.4475704738020.1266321693395.04972151046-2.760337362742.293913615050.02158564125540.337788846349-0.0632298568172-0.665468496836-0.440255914579-0.132464215626-0.188685597636-0.5915006306190.4307679341340.562999250522-0.0006312766590480.02629568427640.58690976855-0.04766498406490.18485069136-14.375732767-29.8626959445-46.9166663829
43.120394465781.371353855132.516685266454.561283779951.281904291593.16423358313-0.0232853619290.535888330338-0.11391586021-0.527903050089-0.0126525952727-0.227527983340.447061648322-0.527973897595-0.05268711876970.5256373906320.1406384672150.01502690650170.681682126532-0.03836294893170.22645605378-9.77490309935-27.7278014351-38.4149935066
50.72461006893-0.7435334869770.04468505281150.9338381496220.09421691938660.1167603245190.15748242156-0.0410428356581-0.214158715635-0.0632287933183-0.3560004310620.101991393984-0.0268747486190.0243430210709-0.1719233063890.2157128619160.06569505493520.01564241115680.898196566860.04378000031580.255619282763-8.05066048635-20.3306081895-28.9429729967
60.8664275876220.612481893645-0.7166945112840.475478859929-0.1537397849413.20327892753-0.269585231939-0.0699416906152-0.158359923563-0.0654820469655-0.0342481055077-0.0339933843642-0.00113123442255-0.184335765713-0.2952842922560.2214056646030.08374183762280.01730793992290.736077533247-0.06944152742840.273634790577-12.6539455436-26.9446410094-11.1749010334
73.114215442351.0376933607-1.523637848441.96805656976-0.3834552643780.7611307747540.108552130236-0.186363589773-0.07042134716570.089178853445-0.0887421974423-0.0128226802275-0.002756812661010.2861559636790.1679202327390.178271073227-0.05141780468890.03927816475070.5527337007650.05205237909240.243383579565-11.8562717276-22.0024761874-4.65757787718
81.084921311231.37879204118-1.11617884613.02132440616-2.4754418172.575288250290.4132038721810.25600044260.3980332583010.0568409488178-0.07577576962390.80505790565-0.198995505155-0.00799034587574-0.4046279984570.2207573634140.06342370531920.03614600854850.6652525556460.01266483028090.37047936805-13.8100529962-17.8672041034-16.3532366581
92.65924277066-0.3422977312930.424325178660.9338001609660.3158853573340.334865587565-0.258459993250.0287547636798-0.275701471357-0.03104491002340.3195641145640.00340466262265-0.1297187159680.184983696987-0.0395268873040.233118211582-0.04670776180630.00947027711780.816371646799-0.0177320766140.298443207244-8.72458858089-55.97847606639.70856937412
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 36 through 71 )BB36 - 711 - 36
22chain 'B' and (resid 72 through 123 )BB72 - 12337 - 88
33chain 'B' and (resid 124 through 148 )BB124 - 14889 - 113
44chain 'B' and (resid 149 through 192 )BB149 - 192114 - 157
55chain 'B' and (resid 193 through 233 )BB193 - 233158 - 198
66chain 'B' and (resid 234 through 256 )BB234 - 256199 - 221
77chain 'B' and (resid 257 through 292 )BB257 - 292222 - 257
88chain 'B' and (resid 293 through 318 )BB293 - 318258 - 283
99chain 'B' and (resid 319 through 371 )BB319 - 371284 - 336
1010chain 'B' and (resid 372 through 391 )BB372 - 391337 - 356
1111chain 'A' and (resid 36 through 71 )AA36 - 711 - 36
1212chain 'A' and (resid 72 through 123 )AA72 - 12337 - 88
1313chain 'A' and (resid 124 through 233 )AA124 - 23389 - 198
1414chain 'A' and (resid 234 through 318 )AA234 - 318199 - 283
1515chain 'A' and (resid 319 through 391 )AA319 - 391284 - 356
1616chain 'C' and (resid 36 through 123 )CC36 - 1231 - 88
1717chain 'C' and (resid 124 through 148 )CC124 - 14889 - 113
1818chain 'C' and (resid 149 through 268 )CC149 - 268114 - 233
1919chain 'C' and (resid 269 through 304 )CC269 - 304234 - 269
2020chain 'C' and (resid 305 through 349 )CC305 - 349270 - 314
2121chain 'C' and (resid 350 through 391 )CC350 - 391315 - 337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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