PDB-7pl5: Crystal structure of choline-binding module (R1-R9) of LytB from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pl5

タイトル

Crystal structure of choline-binding module (R1-R9) of LytB from Streptococcus pneumoniae

要素

Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase

キーワード

HYDROLASE / glucosaminidase / peptidoglycan hydrolase / choline-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / amidase activity / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Molina, R. / Martinez Caballero, S. / Hermoso, J.A.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of the final step of cell division in Streptococcus pneumoniae.
著者: Martinez-Caballero, S. / Freton, C. / Molina, R. / Bartual, S.G. / Gueguen-Chaignon, V. / Mercy, C. / Gago, F. / Mahasenan, K.V. / Munoz, I.G. / Lee, M. / Hesek, D. / Mobashery, S. / Hermoso, ...

履歴

登録	2021年8月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月21日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.2	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2023年7月19日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pl5.cif.gz	100.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pl5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pl5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pl5_validation.pdf.gz	416.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pl5_full_validation.pdf.gz	418.6 KB	表示
XML形式データ	7pl5_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	7pl5_validation.cif.gz	14.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/7pl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/7pl5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pj3C 7pj4C 7pj5C 7pj6C 7pl2C 7pl3C 7podC 2v05S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase

BBB: Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase

ヘテロ分子

45.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.5 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.299, 96.143, 49.096
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.966, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 1 - 177 / Label seq-ID: 1 - 177

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	AAA	A
2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Murein hydrolase / choline-binding module 分子量: 21757.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: lytB, spr0867 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P59206, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase
#2: 化合物	ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン分子量: 104.171 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄NO
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MES buffer Zinc sulfate PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→48.2 Å / Num. obs: 28181 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.238 / R_pim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 1.99→2.03 Å / R_merge(I) obs: 0.952 / Num. unique obs: 1665 / R_pim(I) all: 0.496

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2V05

2v05

解像度: 1.99→44.504 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 3.885 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.167 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2328	1439	5.115 %
R_work	0.1723	26695	-
all	0.175	-	-
obs	-	28134	99.245 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.524 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.866 Å²	-0 Å²	1.014 Å²
2-	-	-0.332 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.862 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→44.504 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3029	0	98	212	3339

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	3230
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.018	2871
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.827	1.631	4371
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.512	1.596	6565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.298	5	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.769	24.944	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.074	15	493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	34.099	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	350
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3699
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	849
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	2684
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.072	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.049	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.293	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.121	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.983	2.259	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.974	2.256	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.202	3.369	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.202	3.372	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.98	2.846	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.979	2.848	1779
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.998	4.059	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.996	4.061	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.704	25.73	3852
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.7	25.645	3827
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.108	0.05	5795

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1082	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1082	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.99-2.042	0.237	110	0.214	1821	0.215	2100	0.908	0.905	91.9524	0.214
2.042-2.097	0.261	91	0.188	1924	0.191	2015	0.91	0.926	100	0.188
2.097-2.158	0.213	90	0.18	1912	0.181	2007	0.924	0.934	99.7509	0.18
2.158-2.224	0.265	91	0.191	1817	0.195	1908	0.913	0.93	100	0.191
2.224-2.297	0.26	97	0.186	1743	0.191	1841	0.909	0.927	99.9457	0.186
2.297-2.377	0.234	88	0.175	1714	0.178	1803	0.914	0.933	99.9445	0.175
2.377-2.467	0.219	88	0.16	1654	0.163	1745	0.93	0.946	99.8281	0.16
2.467-2.567	0.25	82	0.166	1593	0.171	1676	0.924	0.945	99.9403	0.166
2.567-2.681	0.244	75	0.156	1525	0.16	1600	0.922	0.952	100	0.156
2.681-2.811	0.249	80	0.158	1464	0.162	1545	0.924	0.955	99.9353	0.158
2.811-2.963	0.213	69	0.152	1372	0.155	1445	0.934	0.955	99.7232	0.152
2.963-3.142	0.214	74	0.16	1319	0.163	1396	0.931	0.952	99.7851	0.16
3.142-3.357	0.229	94	0.163	1195	0.168	1292	0.943	0.95	99.7678	0.163
3.357-3.625	0.23	70	0.174	1141	0.177	1213	0.934	0.942	99.8351	0.174
3.625-3.968	0.255	60	0.164	1066	0.169	1128	0.935	0.953	99.8227	0.164
3.968-4.432	0.163	48	0.145	956	0.146	1008	0.962	0.967	99.6032	0.145
4.432-5.109	0.225	40	0.169	858	0.172	901	0.946	0.966	99.667	0.169
5.109-6.237	0.251	42	0.225	727	0.226	771	0.957	0.951	99.7406	0.225
6.237-8.735	0.233	36	0.19	560	0.193	596	0.925	0.949	100	0.19
8.735-44.504	0.307	14	0.228	334	0.232	349	0.871	0.915	99.7135	0.228

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関連情報:EMDBヘッダ

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