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- PDB-7pj3: Crystal structure of catalytic domain in open conformation of Lyt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pj3
タイトルCrystal structure of catalytic domain in open conformation of LytB from Streptococcus pneumoniae
要素Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidaseEndoglycosidase H
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / glucosaminidase / peptidoglycan hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / amidase activity / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan hydrolase LytB, WW-like domain / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase LytB, WW domain / Peptidoglycan hydrolase LytB WW-like domain / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase LytB SH3 domain / Choline-binding repeat / Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Martinez Caballero, S. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of the final step of cell division in Streptococcus pneumoniae.
著者: Martinez-Caballero, S. / Freton, C. / Molina, R. / Bartual, S.G. / Gueguen-Chaignon, V. / Mercy, C. / Gago, F. / Mahasenan, K.V. / Munoz, I.G. / Lee, M. / Hesek, D. / Mobashery, S. / Hermoso, ...著者: Martinez-Caballero, S. / Freton, C. / Molina, R. / Bartual, S.G. / Gueguen-Chaignon, V. / Mercy, C. / Gago, F. / Mahasenan, K.V. / Munoz, I.G. / Lee, M. / Hesek, D. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A. / Grangeasse, C.
履歴
登録2021年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月21日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.22023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5376
ポリマ－30,8961
非ポリマー6415
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area13320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.276, 92.614, 124.392
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Endoglycosidase H / Murein hydrolase


分子量: 30896.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: lytB, spr0867 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P59206, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase

-
非ポリマー , 5種, 186分子

#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 300 Bis-Tris calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→46.31 Å / Num. obs: 50892 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.012 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 1.43→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.775 / Num. unique obs: 2479 / Rpim(I) all: 0.219

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q2W

4q2w


解像度: 1.43→43.434 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.225 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1852 2535 4.985 %
Rwork0.1438 48313 -
all0.146 --
obs-50848 99.994 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 22.694 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.288 Å2-0 Å20 Å2
2---1.56 Å20 Å2
3----0.729 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→43.434 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2174 0 41 181 2396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132355
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0180.0172152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5971.6373182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7271.5884988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4985290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.54524.153118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.68915394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.141156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2422
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2040.21962
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.21133
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.21014
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1240.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2030.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1960.229
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2560.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2550.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1930.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1632.0361136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0732.0341135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4923.0691434
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4963.071435
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4212.521219
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.422.5211220
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0273.6131748
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0263.6141749
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.98724.5622659
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.89724.2232628
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.4534507
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.43-1.4670.2311710.16535420.16837140.9270.94699.97310.165
1.467-1.5070.2291800.15834280.16136080.9190.9421000.158
1.507-1.5510.1961730.13433460.13735190.9420.9591000.134
1.551-1.5990.1981870.12132450.12534320.9510.9631000.121
1.599-1.6510.1921500.11931790.12233290.9480.9661000.119
1.651-1.7090.1851360.11330680.11632040.9570.9711000.113
1.709-1.7730.1561570.10929470.11231040.9630.9741000.109
1.773-1.8450.1881730.12728420.1330150.950.9681000.127
1.845-1.9270.1651540.11727390.1228930.9680.9741000.117
1.927-2.0210.1761390.12125880.12427270.9560.9741000.121
2.021-2.130.1721070.12425000.12626070.9570.9721000.124
2.13-2.2590.1551270.12123830.12325100.9740.9771000.121
2.259-2.4150.1881180.12822090.13123270.9580.971000.128
2.415-2.6080.1861040.13421010.13722050.9620.9711000.134
2.608-2.8550.187900.14619180.14820080.9660.9711000.146
2.855-3.1910.1811040.15417400.15618440.9620.9661000.154
3.191-3.6810.18800.16315610.16416410.9580.9651000.163
3.681-4.50.162860.14113000.14213860.9720.9761000.141
4.5-6.330.22600.18210510.18411110.9690.9691000.182
6.33-43.4340.241390.2226270.2236660.9550.9511000.222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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