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- PDB-7pl5: Crystal structure of choline-binding module (R1-R9) of LytB from ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7pl5 | ||||||
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Title | Crystal structure of choline-binding module (R1-R9) of LytB from Streptococcus pneumoniae | ||||||
![]() | Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / glucosaminidase / peptidoglycan hydrolase / choline-binding | ||||||
Function / homology | ![]() mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / amidase activity / cell wall organization / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Molina, R. / Martinez Caballero, S. / Hermoso, J.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular basis of the final step of cell division in Streptococcus pneumoniae. Authors: Martinez-Caballero, S. / Freton, C. / Molina, R. / Bartual, S.G. / Gueguen-Chaignon, V. / Mercy, C. / Gago, F. / Mahasenan, K.V. / Munoz, I.G. / Lee, M. / Hesek, D. / Mobashery, S. / ...Authors: Martinez-Caballero, S. / Freton, C. / Molina, R. / Bartual, S.G. / Gueguen-Chaignon, V. / Mercy, C. / Gago, F. / Mahasenan, K.V. / Munoz, I.G. / Lee, M. / Hesek, D. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A. / Grangeasse, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 100.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7pj3C ![]() 7pj4C ![]() 7pj5C ![]() 7pj6C ![]() 7pl2C ![]() 7pl3C ![]() 7podC ![]() 2v05S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 1 - 177 / Label seq-ID: 1 - 177
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-
Components
#1: Protein | Mass: 21757.713 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-255 / R6 / Gene: lytB, spr0867 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P59206, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase #2: Chemical | ChemComp-CHT / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-PGE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: MES buffer Zinc sulfate PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 9, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.99→48.2 Å / Num. obs: 28181 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / Rpim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 6 |
Reflection shell | Resolution: 1.99→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.952 / Num. unique obs: 1665 / Rpim(I) all: 0.496 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2V05 Resolution: 1.99→44.504 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 3.885 / SU ML: 0.11 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.167 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.524 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.99→44.504 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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