PDB-7pj5: Crystal structure of catalytic domain of LytB from Streptococcus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pj5

タイトル

Crystal structure of catalytic domain of LytB from Streptococcus pneumoniae in complex with NAG-NAG-NAG-NAG tetrasaccharide

要素

Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase

キーワード

HYDROLASE / glucosaminidase / peptidoglycan hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / amidase activity / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Martinez Caballero, S. / Hermoso, J.A.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of the final step of cell division in Streptococcus pneumoniae.
著者: Martinez-Caballero, S. / Freton, C. / Molina, R. / Bartual, S.G. / Gueguen-Chaignon, V. / Mercy, C. / Gago, F. / Mahasenan, K.V. / Munoz, I.G. / Lee, M. / Hesek, D. / Mobashery, S. / Hermoso, ...

履歴

登録	2021年8月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月21日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.2	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pj5.cif.gz	130.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pj5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pj5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/7pj5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/7pj5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pj3SC 7pj4C 7pj6C 7pl2C 7pl3C 7pl5C 7podC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase

ヘテロ分子

32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.679, 92.358, 124.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 AAA

#1: タンパク質

Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Murein hydrolase

分子量: 30896.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: lytB, spr0867 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P59206, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 830.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 179分子

#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 300 Bis-Tris Calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→46.18 Å / Num. obs: 40276 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 24.5
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / R_merge(I) obs: 0.701 / Num. unique obs: 1981 / R_pim(I) all: 0.199

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7PJ3

7pj3

解像度: 1.55→46.174 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 2.807 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1917	1991	4.948 %
R_work	0.1436	38244	-
all	0.146	-	-
obs	-	40235	99.975 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.592 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.171 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.672 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.501 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→46.174 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2174	0	88	175	2437

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2362
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.018	0.017	2149
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.668	1.674	3196
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.931	1.62	4986
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.598	5	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.094	24.224	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.753	15	386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.472	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	307
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2660
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	536
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.111	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.119	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.258	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.323	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.229	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.769	2.148	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.741	2.146	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.1	3.236	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.103	3.237	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.661	2.619	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.66	2.619	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.184	3.77	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.183	3.77	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.17	26.065	2646
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.102	25.748	2616
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.724	3	4511

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.55-1.59	0.207	155	0.121	2786	0.126	2941	0.943	0.96	100	0.121
1.59-1.634	0.257	129	0.136	2733	0.141	2862	0.912	0.949	100	0.136
1.634-1.681	0.217	157	0.126	2619	0.131	2776	0.939	0.96	100	0.126
1.681-1.733	0.214	124	0.121	2591	0.125	2715	0.943	0.963	100	0.121
1.733-1.79	0.204	138	0.112	2472	0.116	2611	0.944	0.968	99.9617	0.112
1.79-1.852	0.213	133	0.111	2428	0.116	2561	0.947	0.971	100	0.111
1.852-1.922	0.157	123	0.106	2336	0.108	2459	0.969	0.975	100	0.106
1.922-2	0.179	103	0.115	2263	0.118	2366	0.963	0.974	100	0.115
2-2.089	0.177	112	0.118	2158	0.121	2270	0.963	0.974	100	0.118
2.089-2.191	0.151	101	0.11	2069	0.112	2170	0.971	0.979	100	0.11
2.191-2.309	0.162	110	0.118	1963	0.121	2073	0.969	0.976	100	0.118
2.309-2.449	0.186	91	0.129	1886	0.132	1979	0.964	0.972	99.8989	0.129
2.449-2.617	0.176	89	0.147	1758	0.149	1847	0.957	0.964	100	0.147
2.617-2.826	0.208	85	0.156	1658	0.158	1743	0.948	0.964	100	0.156
2.826-3.095	0.19	85	0.16	1508	0.161	1594	0.952	0.962	99.9373	0.16
3.095-3.458	0.209	79	0.162	1390	0.164	1470	0.941	0.964	99.932	0.162
3.458-3.989	0.165	55	0.154	1237	0.155	1293	0.972	0.971	99.9227	0.154
3.989-4.877	0.175	45	0.141	1054	0.142	1100	0.976	0.976	99.9091	0.141
4.877-6.859	0.226	57	0.196	823	0.198	881	0.951	0.955	99.8865	0.196
6.859-46.174	0.269	20	0.207	512	0.209	532	0.933	0.956	100	0.207

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