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- PDB-7pl2: Crystal structure of choline-binding module of LytB from Streptoc... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7pl2 | ||||||
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Title | Crystal structure of choline-binding module of LytB from Streptococcus pneumoniae | ||||||
![]() | Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / glucosaminidase / peptidoglycan hydrolase / choline-binding | ||||||
Function / homology | ![]() mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / amidase activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell wall organization / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Martinez Caballero, S. / Hermoso, J.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular basis of the final step of cell division in Streptococcus pneumoniae. Authors: Martinez-Caballero, S. / Freton, C. / Molina, R. / Bartual, S.G. / Gueguen-Chaignon, V. / Mercy, C. / Gago, F. / Mahasenan, K.V. / Munoz, I.G. / Lee, M. / Hesek, D. / Mobashery, S. / ...Authors: Martinez-Caballero, S. / Freton, C. / Molina, R. / Bartual, S.G. / Gueguen-Chaignon, V. / Mercy, C. / Gago, F. / Mahasenan, K.V. / Munoz, I.G. / Lee, M. / Hesek, D. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A. / Grangeasse, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 253.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 212.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 445.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 452.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7pj3C ![]() 7pj4C ![]() 7pj5C ![]() 7pj6C ![]() 7pl3C ![]() 7pl5C ![]() 7podC ![]() 4cnlS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 48528.203 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-255 / R6 / Gene: lytB, spr0867 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P59206, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-CHT / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.22 Å3/Da / Density % sol: 61.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: Ammonium acetate Bis-Tris propane |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 12, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979312 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.98→48.54 Å / Num. obs: 12892 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 4.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.98→3.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2036 / Rpim(I) all: 0.467 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4CNL Resolution: 2.98→43.76 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 165.18 Å2 / Biso mean: 67.683 Å2 / Biso min: 28.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.98→43.76 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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