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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pl3 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of catalytic domain in closed conformation of LytB from Streptococcus pneumoniae | ||||||||||||
要素 | Putative endo-beta-N-acetylglucosaminidaseEndoglycosidase H | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / glucosaminidase / peptidoglycan hydrolase | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / amidase activity / cell wall organization / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Martinez Caballero, S. / Hermoso, J.A. | ||||||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023 タイトル: Molecular basis of the final step of cell division in Streptococcus pneumoniae. 著者: Martinez-Caballero, S. / Freton, C. / Molina, R. / Bartual, S.G. / Gueguen-Chaignon, V. / Mercy, C. / Gago, F. / Mahasenan, K.V. / Munoz, I.G. / Lee, M. / Hesek, D. / Mobashery, S. / Hermoso, ...著者: Martinez-Caballero, S. / Freton, C. / Molina, R. / Bartual, S.G. / Gueguen-Chaignon, V. / Mercy, C. / Gago, F. / Mahasenan, K.V. / Munoz, I.G. / Lee, M. / Hesek, D. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A. / Grangeasse, C. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pl3.cif.gz | 134.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pl3.ent.gz | 100.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pl3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/7pl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/7pl3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7pj3C 7pj4C 7pj5C 7pj6C 7pl2C 7pl5C 7podC 4q2wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30896.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: lytB, SP_0965 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P59205, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-1PE / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.15 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 300 Bis-Tris calcium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→43.43 Å / Num. obs: 26519 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 19.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.763 / Num. unique obs: 1491 / Rpim(I) all: 0.354 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4Q2W 解像度: 1.8→43.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.695 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.59 Å2 / Biso mean: 24.393 Å2 / Biso min: 11.56 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→43.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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