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- PDB-7pi4: FAK Protac GSK215 in complex with FAK and pVHL:ElonginC:ElonginB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pi4
タイトルFAK Protac GSK215 in complex with FAK and pVHL:ElonginC:ElonginB
要素
  • Elongin-B
  • Focal adhesion kinase 1
  • Isoform 2 of Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードTRANSFERASE / PROTAC
機能・相同性
機能・相同性情報


netrin-activated signaling pathway / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of endothelial cell migration / regulation of epithelial cell migration / regulation of cellular response to hypoxia / detection of muscle stretch / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / JUN kinase binding / target-directed miRNA degradation ...netrin-activated signaling pathway / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of endothelial cell migration / regulation of epithelial cell migration / regulation of cellular response to hypoxia / detection of muscle stretch / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / JUN kinase binding / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / VCB complex / elongin complex / signal complex assembly / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of macrophage proliferation / DCC mediated attractive signaling / positive regulation of fibroblast migration / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Signal regulatory protein family interactions / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / regulation of GTPase activity / growth hormone receptor signaling pathway / MET activates PTK2 signaling / regulation of focal adhesion assembly / intracellular membraneless organelle / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of cell-cell adhesion / positive regulation of wound healing / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / regulation of osteoblast differentiation / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Apoptotic cleavage of cellular proteins / establishment of cell polarity / positive regulation of macrophage chemotaxis / regulation of cytoskeleton organization / regulation of cell adhesion mediated by integrin / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / vascular endothelial cell response to oscillatory fluid shear stress / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / regulation of protein phosphorylation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of anoikis / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / positive regulation of epithelial cell migration / ephrin receptor signaling pathway / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of protein kinase activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / negative regulation of signal transduction / regulation of cell adhesion / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / heart morphogenesis / RNA Polymerase II Transcription Elongation / stress fiber / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine kinase binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / EPHB-mediated forward signaling / Integrin signaling / protein tyrosine phosphatase activity / NCAM signaling for neurite out-growth / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of autophagy / SH2 domain binding / axon guidance / molecular function activator activity / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / transcription corepressor binding / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of cell differentiation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FCGR3A-mediated phagocytosis / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / non-specific protein-tyrosine kinase / cell motility / placenta development / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cell morphogenesis / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity
類似検索 - 分子機能
Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain / Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain superfamily / Focal adhesion kinase, N-terminal / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / Focal adhesion targeting region / FERM N-terminal domain / : / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain ...Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain / Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain superfamily / Focal adhesion kinase, N-terminal / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / Focal adhesion targeting region / FERM N-terminal domain / : / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7QB / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Focal adhesion kinase 1 / Isoform 2 of Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Chung, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Discovery and Characterisation of Highly Cooperative FAK-Degrading PROTACs.
著者: Law, R.P. / Nunes, J. / Chung, C.W. / Bantscheff, M. / Buda, K. / Dai, H. / Evans, J.P. / Flinders, A. / Klimaszewska, D. / Lewis, A.J. / Muelbaier, M. / Scott-Stevens, P. / Stacey, P. / ...著者: Law, R.P. / Nunes, J. / Chung, C.W. / Bantscheff, M. / Buda, K. / Dai, H. / Evans, J.P. / Flinders, A. / Klimaszewska, D. / Lewis, A.J. / Muelbaier, M. / Scott-Stevens, P. / Stacey, P. / Tame, C.J. / Watt, G.F. / Zinn, N. / Queisser, M.A. / Harling, J.D. / Benowitz, A.B.
履歴
登録2021年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
BBB: Elongin-B
CCC: Isoform 2 of Elongin-C
DDD: Focal adhesion kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,40424
ポリマ－72,0864
非ポリマー2,31920
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10680 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area29820 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)59.550, 77.260, 175.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18012.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#2: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11845.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 Isoform 2 of Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369-2
#4: タンパク質 Focal adhesion kinase 1 / FADK 1 / Focal adhesion kinase-related nonkinase / FRNK / Protein phosphatase 1 regulatory subunit ...FADK 1 / Focal adhesion kinase-related nonkinase / FRNK / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 71 / PPP1R71 / Protein-tyrosine kinase 2 / p125FAK / pp125FAK


分子量: 31384.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTK2, FAK, FAK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q05397, non-specific protein-tyrosine kinase

-
非ポリマー , 5種, 170分子

#5: 化合物 ChemComp-7QB / (2S,4R)-4-hydroxy-1-((S)-2-(2-(4-(3-methoxy-4-((4-((2-(methylcarbamoyl)phenyl)amino)-5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl)amino)phenyl)piperazin-1-yl)acetamido)-3,3-dimethylbutanoyl)-N-((S)-1-(4-(4-methylthiazol-5-yl)phenyl)ethyl)pyrrolidine-2-carboxamide / (2S,4R)-1-[(2S)-2-[2-[4-[3-methoxy-4-[[4-[[2-(methylcarbamoyl)phenyl]amino]-5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]amino]phenyl]piperazin-1-yl]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-N-[(1S)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 985.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H59F3N10O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.05M CaCl, 0.1M MES pH 6.5, 45%v/v, PEG200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→58.39 Å / Num. obs: 39778 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.978 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2918 / CC1/2: 0.779 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PSK

3psk


解像度: 2.24→56.381 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 6.949 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2512 1963 4.943 %
Rwork0.1953 37753 -
all0.198 --
obs-39716 99.882 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.214 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.015 Å20 Å20 Å2
2--0.763 Å2-0 Å2
3----0.748 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→56.381 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4929 0 155 150 5234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0135190
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174914
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4311.6546997
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1941.58811390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0785609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.38921.143280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.96115890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4151545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2658
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021097
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2959
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1860.24515
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.22431
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.22356
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1250.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1280.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1740.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1190.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.867.042452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.8597.0382450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.13315.793056
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.13315.7953056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.0797.972738
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.0777.9712739
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.18117.3183941
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.17917.323942
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it12.04962.5465491
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other12.05762.5325475
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.24-2.2980.3241490.26227590.26529110.7980.80799.89690.242
2.298-2.3610.2611320.23226710.23328080.8690.86899.82190.215
2.361-2.4290.2971440.23225800.23527310.8420.8799.74370.212
2.429-2.5040.2411280.21525650.21626970.8990.999.85170.191
2.504-2.5860.31150.20624600.2125750.8670.9071000.189
2.586-2.6760.2531120.19823830.224950.9060.9211000.184
2.676-2.7770.2811080.20223190.20624270.9040.9161000.188
2.777-2.890.231090.19422170.19523260.9130.931000.184
2.89-3.0180.291250.18921100.19522350.8990.9361000.182
3.018-3.1650.2711090.18920400.19321510.9080.9399.9070.19
3.165-3.3360.2381050.19419560.19620610.9240.9321000.194
3.336-3.5380.261920.19518390.19819440.920.93599.33130.205
3.538-3.7810.2191000.1817240.18218250.940.94799.94520.195
3.781-4.0820.266850.17316410.17817260.9230.951000.196
4.082-4.4690.211750.15815020.16115770.9450.961000.188
4.469-4.9930.247690.17113820.17414510.940.9541000.21
4.993-5.7580.233780.20412040.20612830.9430.95399.92210.244
5.758-7.0340.249570.20310490.20511120.9360.94699.46040.248
7.034-9.8710.201470.1758400.1778870.9610.9691000.216
9.871-56.3810.312240.3015120.3025380.920.93399.62830.385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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