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- PDB-7pbi: 4-ethylphenol oxidase from Gulosibacter chungangensis: isoeugenol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pbi
タイトル4-ethylphenol oxidase from Gulosibacter chungangensis: isoeugenol complex
要素FAD-binding oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoprotein / biocatalysis / genome mining / enzyme structure / 4-vinylphenol / dehydrogenation / 4-alkylphenol oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


D-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / lactate catabolic process / D-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / FAD binding
類似検索 - 分子機能
FAD-linked oxidase, C-terminal / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. ...FAD-linked oxidase, C-terminal / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / ISOEUGENOL / FAD-binding oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Gulosibacter chungangensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Alvigini, L. / Mattevi, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)Bio Based Industries Joint Undertaking under the European Union's Horizon 2020 research and innovation program under Grant Agreement No. 837890 (SMARTBOX)European Union
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: Discovery, Biocatalytic Exploration and Structural Analysis of a 4-Ethylphenol Oxidase from Gulosibacter chungangensis.
著者: Alvigini, L. / Gran-Scheuch, A. / Guo, Y. / Trajkovic, M. / Saifuddin, M. / Fraaije, M.W. / Mattevi, A.
履歴
登録2021年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD-binding oxidoreductase
B: FAD-binding oxidoreductase
C: FAD-binding oxidoreductase
D: FAD-binding oxidoreductase
E: FAD-binding oxidoreductase
F: FAD-binding oxidoreductase
G: FAD-binding oxidoreductase
H: FAD-binding oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)479,70422
ポリマ－472,4348
非ポリマー7,27014
水00
1
A: FAD-binding oxidoreductase
B: FAD-binding oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,0086
ポリマ－118,1092
非ポリマー1,9004
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9810 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area34400 Å2
手法PISA
2
C: FAD-binding oxidoreductase
D: FAD-binding oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,0086
ポリマ－118,1092
非ポリマー1,9004
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9870 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area34700 Å2
手法PISA
3
E: FAD-binding oxidoreductase
F: FAD-binding oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,0086
ポリマ－118,1092
非ポリマー1,9004
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10050 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area34620 Å2
手法PISA
4
G: FAD-binding oxidoreductase
H: FAD-binding oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,6804
ポリマ－118,1092
非ポリマー1,5712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9920 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area34560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.586, 228.209, 300.824
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
FAD-binding oxidoreductase


分子量: 59054.285 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gulosibacter chungangensis (バクテリア)
遺伝子: F8O05_00770 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB 10beta / 参照: UniProt: A0A7J5BGR1
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-H7Y / ISOEUGENOL / trans-イソオイゲノ-ル


分子量: 164.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaCl and 2.2 M (NH4)2SO4.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000041 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000041 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.14 Å / Num. obs: 115793 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.113 / Rrim(I) all: 0.295 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.887 / Num. unique obs: 5628 / CC1/2: 0.41 / Rpim(I) all: 0.785 / Rrim(I) all: 2.046 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7PBG

7pbg


解像度: 2.8→49.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 19.838 / SU ML: 0.369 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.417 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2654 5889 5.1 %RANDOM
Rwork0.2076 ---
obs0.2106 109803 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 134.96 Å2 / Biso mean: 51.923 Å2 / Biso min: 27.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3 Å20 Å20 Å2
2--4.01 Å2-0 Å2
3----2.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→49.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32848 0 496 0 33344
Biso mean--51.4 --
残基数----4192
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01334221
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01730570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4631.6546546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3041.57570926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.03754184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.84521.9871892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.023155400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.27815252
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.24336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0238866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.027344
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 418 -
Rwork0.325 7973 -
all-8391 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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