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- PDB-7pb8: Crystal structure of the CENP-OPQUR complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pb8
タイトルCrystal structure of the CENP-OPQUR complex
要素(Centromere protein ...) x 5
キーワードCELL CYCLE / Inner kinetochore
機能・相同性
機能・相同性情報


Mis6-Sim4 complex / positive regulation of protein localization to kinetochore / centromere complex assembly / metaphase chromosome alignment / CENP-A containing chromatin assembly / chordate embryonic development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / inner kinetochore / centriolar satellite / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal ...Mis6-Sim4 complex / positive regulation of protein localization to kinetochore / centromere complex assembly / metaphase chromosome alignment / CENP-A containing chromatin assembly / chordate embryonic development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / inner kinetochore / centriolar satellite / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / NRIF signals cell death from the nucleus / positive regulation of epithelial cell proliferation / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / actin cytoskeleton / nuclear body / cell adhesion / cell division / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / apoptotic process / signal transduction / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Centromere protein R / Centromere protein Q / Centromere protein U / Centromere protein P / Kinetochore component, CENP-R / CENP-Q, a CENPA-CAD centromere complex subunit / CENP-A-nucleosome distal (CAD) centromere subunit, CENP-P / CENP-A nucleosome associated complex (NAC) subunit / Centromere protein O / Cenp-O kinetochore centromere component
類似検索 - ドメイン・相同性
Centromere protein R / Centromere protein P / Centromere protein U / Centromere protein Q / Centromere protein O
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Bellini, D. / Yatskevich, S. / Muir, K.W. / Barford, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structure of the human inner kinetochore bound to a centromeric CENP-A nucleosome.
著者: Stanislau Yatskevich / Kyle W Muir / Dom Bellini / Ziguo Zhang / Jing Yang / Thomas Tischer / Masa Predin / Tom Dendooven / Stephen H McLaughlin / David Barford /
要旨: Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron ...Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron microscopy structures of the human inner kinetochore constitutive centromere associated network (CCAN) complex bound to CENP-A reconstituted onto α-satellite DNA. CCAN forms edge-on contacts with CENP-A, and a linker DNA segment of the α-satellite repeat emerges from the fully wrapped end of the nucleosome to thread through the central CENP-LN channel that tightly grips the DNA. The CENP-TWSX histone-fold module further augments DNA binding and partially wraps the linker DNA in a manner reminiscent of canonical nucleosomes. Our study suggests that the topological entrapment of the linker DNA by CCAN provides a robust mechanism by which kinetochores withstand both pushing and pulling forces exerted by the mitotic spindle.
履歴
登録2021年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Centromere protein O
Q: Centromere protein Q
U: Centromere protein U
P: Centromere protein P
R: Centromere protein R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,1175
ポリマ－151,1175
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17500 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area39460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.614, 51.299, 109.999
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.490, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

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Centromere protein ... , 5種, 5分子 OQUPR

#1: タンパク質 Centromere protein O / CENP-O / Interphase centromere complex protein 36


分子量: 33830.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPO, ICEN36, MCM21R / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / Variant (発現宿主): HighFive / 参照: UniProt: Q9BU64
#2: タンパク質 Centromere protein Q / CENP-Q


分子量: 15442.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPQ, C6orf139 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / Variant (発現宿主): HighFive / 参照: UniProt: Q7L2Z9
#3: タンパク質 Centromere protein U / CENP-U / Centromere protein of 50 kDa / CENP-50 / Interphase centromere complex protein 24 / KSHV ...CENP-U / Centromere protein of 50 kDa / CENP-50 / Interphase centromere complex protein 24 / KSHV latent nuclear antigen-interacting protein 1 / MLF1-interacting protein / Polo-box-interacting protein 1


分子量: 47609.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MAPRGRRRPRPHRSEGARRSKNTLERTHSMKDKAGQKCKPIDVFDFPDNSDVSSIGRLGE NEKDEETYETFDPPLHSTAIYADEEEFSKHCGLSLSSTPPGKEAKRSSDTSGNEASEIES VKISAKKPGRKLRPISDDSESIEESDTRRKVKSAEKISTQRHEVIRTTASSELSEKPAES ...詳細: MAPRGRRRPRPHRSEGARRSKNTLERTHSMKDKAGQKCKPIDVFDFPDNSDVSSIGRLGE NEKDEETYETFDPPLHSTAIYADEEEFSKHCGLSLSSTPPGKEAKRSSDTSGNEASEIES VKISAKKPGRKLRPISDDSESIEESDTRRKVKSAEKISTQRHEVIRTTASSELSEKPAES VTSKKTGPLSAQPSVEKENLAIESQSKTQKKGKISHDKRKKSRSKAIGSDTSDIVHIWCP EGMKTSDIKELNIVLPEFEKTHLEHQQRIESKVCKAAIATFYVNVKEQFIKMLKESQMLT NLKRKNAKMISDIEKKRQRMIEVQDELLRLEPQLKQLQTKYDELKERKSSLRNAAYFLSN LKQLYQDYSDVQAQEPNVKETYDSSSLPALLFKARTLLGAESHLRNINHQLEKLLDQG
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPU, ICEN24, KLIP1, MLF1IP, PBIP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / Variant (発現宿主): HighFive / 参照: UniProt: Q71F23
#4: タンパク質 Centromere protein P / CENP-P


分子量: 34005.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / Variant (発現宿主): HighFive / 参照: UniProt: Q6IPU0
#5: タンパク質 Centromere protein R / CENP-R / Beta-3-endonexin / Integrin beta-3-binding protein / Nuclear receptor-interacting factor 3


分子量: 20228.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB3BP, CENPR, NRIF3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / Variant (発現宿主): HighFive / 参照: UniProt: Q13352

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非ポリマー , 1種, 1分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% PEG2kmme, 40 mM NaFormate, 200 mM bis-tris propane pH 6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.68→46.3 Å / Num. obs: 6104 / % possible obs: 77.5 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 79.89 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 3.68→3.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / Num. unique obs: 6104

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QLF

6qlf


解像度: 3.68→25.65 Å / SU ML: 0.6215 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.7058
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3521 295 4.83 %
Rwork0.2563 5809 -
obs0.2608 6104 55.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 100.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.68→25.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5705 0 0 1 5706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00435792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75387791
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0463897
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042992
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.37749
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.68-4.630.4279650.281289X-RAY DIFFRACTION24.94
4.63-25.650.33452300.25094520X-RAY DIFFRACTION85.11
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.64065533549-1.87388386843-2.11332787624.29259108463.155833251464.160213251440.337988359389-0.2428106005910.582109373588-0.6656129810560.880059646075-1.02987918260.06609979880081.91022168232-0.2676392655581.176020730830.03343325945230.3173741033221.94766280050.124075431890.44824404748657.40982446591.0232317938130.432612508
23.28927035703-1.165789133020.2207606613742.3438761449-0.6911539356291.86101628525-0.03062644055340.155607619164-0.566856418684-0.438143145422-0.3165656460450.1414313513230.964663975551-0.259468483489-0.006570951538870.800724742667-0.3323199231510.03198060024390.508461728281-0.3300344220960.28814429990636.3766877826-8.9013482726436.5769786261
32.53530871348-0.883292349437-0.5048059368492.17500132656-0.02730166398792.26804326663-0.5820207061080.312593282344-0.5747725027410.135132835209-0.1680996451240.5108750141460.585547611207-0.3102368430150.5337766259340.40842073139-0.02311070688740.3060320621080.52790761738-0.03378671074470.43941314088324.4128140137-1.3262423348736.3069352509
41.655577093610.5092211703981.623409378282.15043390283-1.119579575962.90531430431-0.283741636756-1.19694436997-0.1672664233110.345244126410.01383208117620.585254935288-0.229236436998-0.351412601903-0.2560419740490.298052411137-0.1799874090850.1302647754770.864330826643-0.1738701344550.78616371729511.01760123318.7748923450344.2376866955
53.7789153764-0.160912768155-1.185948566030.981814570341-0.7494194196360.99062811270.496602491805-0.377784555059-0.6064326852170.108992267607-0.4707520283430.829810318972-0.0380866931451-0.3757926931690.1938783330180.976597824288-0.5807212939510.004186161805340.728974920985-0.158994489260.50854004503411.36258219815.6138944892736.0464339775
62.616023382832.296777354761.867495346612.476872006372.780666698834.16187214756-0.40321570246-0.1530193749291.28452548734-1.011717058690.2529223568180.89526112776-0.930241891080.0232118153594-0.07876706196191.28245312248-0.269910167511-0.3390809024231.612120955621.107300367752.19952556768-1.6758638816513.278690538439.102432625
70.000682811534814-0.0663562257822-0.01915296005362.312373489030.6578332577530.1853871894170.274751763863-0.1822417804220.546601289344-0.209905810042-0.1706706233980.60154587364-0.50165885264-1.761068312640.1014505961860.371639538060.208177247973-0.3848744001961.383471795770.1701975063841.632888773264.1384266251216.54523930634.0378500758
81.22475531031.194782255093.477865125593.24249374263.433881331819.85806755546-1.22078159627-0.3090638883670.3855822566970.157877648163-0.5302868757220.981328922738-0.476810610151-0.7477115082470.2223248919540.467083532360.1282631970.2847517103870.407338981230.1604120328931.2077659823116.933119511918.226944874636.6421149135
91.80997000115-0.4796993470160.9543338503171.29448993572-0.8285192765952.030953731170.671763737506-1.18374912504-0.284290702045-0.186558019450.776752065003-0.132513434974-0.252267330631-0.9084849236-0.8037448423590.920679905313-0.248154079786-0.222696169091.005717381430.3269337265991.18307633687-5.61613258614-17.760486622729.7649668369
102.440466334931.282900090950.9205535759780.729340584402-0.01078271195583.752655978490.06893080713250.4740391311540.415630587331-0.166497330134-1.094750977130.0521646894789-0.2969174761730.1315442145311.108362972170.7144118312010.310301867469-0.007558594299970.561812420692-0.0732412089550.80678630093518.6037458972-16.40388575667.55749676566
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|89-111 }O89 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|112-160 }O112 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|161-210 }O161 - 210
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|211-230 }O211 - 230
5X-RAY DIFFRACTION5{ O|231-248 }O231 - 248
6X-RAY DIFFRACTION6{ O|249-261 }O249 - 261
7X-RAY DIFFRACTION7{ O|262-276 }O262 - 276
8X-RAY DIFFRACTION8{ O|277-289 }O277 - 289
9X-RAY DIFFRACTION9{ Q|153-198 }Q153 - 198
10X-RAY DIFFRACTION10{ Q|199-215 }Q199 - 215
11X-RAY DIFFRACTION11{ Q|216-268 }Q216 - 268
12X-RAY DIFFRACTION12{ U|315-398 }U315 - 398
13X-RAY DIFFRACTION13{ U|399-417 }U399 - 417
14X-RAY DIFFRACTION14{ P|53-184 }P54 - 184
15X-RAY DIFFRACTION15{ P|185-205 }P185 - 205
16X-RAY DIFFRACTION16{ P|206-235 }P206 - 235
17X-RAY DIFFRACTION17{ P|236-255 }P236 - 255
18X-RAY DIFFRACTION18{ P|256-283 }P256 - 283
19X-RAY DIFFRACTION19{ R|84-113 }R84 - 113
20X-RAY DIFFRACTION20{ R|114-130 }R114 - 130
21X-RAY DIFFRACTION21{ R|131-152 }R131 - 152

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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