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- PDB-7p6j: Crystal structure of glycosyl-enzyme intermediate of RBcel1 Y201F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p6j
タイトルCrystal structure of glycosyl-enzyme intermediate of RBcel1 Y201F
要素Endoglucanase
キーワードHYDROLASE / Transglycosylase / GH5_5 family / complex / glycosyl-enzyme intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan catabolic process / cellulase / cellulase activity
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellobiose / beta-cellotetraose / alpha-cellotriose / beta-D-glucopyranose / Endoglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Collet, L. / Dutoit, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Highlighting the factors governing transglycosylation in the GH5_5 endo-1,4-beta-glucanase RBcel1.
著者: Collet, L. / Vander Wauven, C. / Oudjama, Y. / Galleni, M. / Dutoit, R.
履歴
登録2021年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
B: Endoglucanase
C: Endoglucanase
D: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,00413
ポリマ－145,4644
非ポリマー4,5409
水20,8791159
1
A: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3753
ポリマ－36,3661
非ポリマー1,0092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6993
ポリマ－36,3661
非ポリマー1,3332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5373
ポリマ－36,3661
非ポリマー1,1712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3934
ポリマ－36,3661
非ポリマー1,0273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.560, 90.540, 89.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 1163分子 ABCD

#1: タンパク質
Endoglucanase


分子量: 36366.051 Da / 分子数: 4 / 変異: Y201F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pBAD-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: C1JI15, cellulase
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 6種, 9分子

#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-cellotriose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Reservoir: 0.1M Tris, 21% PEG600, pH7 Protein-ligand mix: 100 ul protein (14.1 mg/ml in 20 mM sodium phosphate buffer pH6.5) + 36 ul 212 mM cellotriose. Drop: 2 ul reservoir + 2 ul protein- ...詳細: Reservoir: 0.1M Tris, 21% PEG600, pH7 Protein-ligand mix: 100 ul protein (14.1 mg/ml in 20 mM sodium phosphate buffer pH6.5) + 36 ul 212 mM cellotriose. Drop: 2 ul reservoir + 2 ul protein-ligand mix + 0.2 ul microseeds.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月13日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→44.82 Å / Num. obs: 124776 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.78 % / Biso Wilson estimate: 28.45 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1.088 / Net I/σ(I): 13.54 / Num. measured all: 845927
反射 シェル解像度: 1.75→44.82 Å / 冗長度: 6.23 % / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / Num. measured obs: 9542 / Num. possible: 1498 / Num. unique obs: 1467 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.037 / % possible all: 93.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.77 Å44.82 Å
Translation2.77 Å44.82 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
XDS20190315データ削減
XSCALE20190315データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EE9

4ee9


解像度: 1.75→44.82 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 6235 5 %
Rwork0.172 118499 -
obs0.174 124734 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.4 Å2 / Biso mean: 37.47 Å2 / Biso min: 16.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→44.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10202 0 302 1159 11663
Biso mean--37.02 41.4 -
残基数----1274
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.760.48021790.42213399357886
1.76-1.790.35782050.3543922412799
1.79-1.810.37742090.33183974418399
1.81-1.830.32442060.3083912411899
1.83-1.850.28772090.27043953416299
1.85-1.880.28152050.23713908411399
1.88-1.910.2522060.223911411799
1.91-1.940.25652090.21143954416399
1.94-1.970.25092080.20873956416499
1.97-20.25512070.20673939414699
2-2.030.26172080.20023940414899
2.03-2.070.25282100.1933991420199
2.07-2.110.23462090.19373965417499
2.11-2.150.25032080.20043949415799
2.15-2.20.22712080.20239544162100
2.2-2.250.21452080.186239684176100
2.25-2.310.19852080.169939494157100
2.31-2.370.19272090.171639654174100
2.37-2.440.20922090.171839984207100
2.44-2.520.20962100.179239714181100
2.52-2.610.19252090.174539804189100
2.61-2.710.20892090.178839674176100
2.71-2.830.20882100.186640044214100
2.83-2.980.22072100.180239714181100
2.98-3.170.22012090.173139864195100
3.17-3.420.19462110.161340034214100
3.42-3.760.20252110.155739994210100
3.76-4.30.15872100.13440084218100
4.3-5.420.13732110.128240124223100
5.42-44.820.16762150.15114091430699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20350.2381.11220.50010.24622.7369-0.12780.14510.1174-0.06270.13-0.0219-0.54120.19530.02430.3306-0.02520.03960.18140.03170.2343-24.074620.5837-27.0973
21.46290.15320.73341.0690.36542.97380.02270.0194-0.1390.01230.0948-0.02840.0470.0537-0.14790.20520.01090.02770.16450.01120.2522-21.52058.2362-18.6741
31.78060.39490.4741.18130.74463.7121-0.1255-0.2308-0.24720.10940.15280.08150.1399-0.0021-0.07340.2090.01650.01970.17270.03740.2231-18.404313.3582-7.2975
42.2490.18540.44831.88460.69643.6967-0.025-0.42030.19720.10670.06140.1137-0.5924-0.3065-0.07070.36150.0550.06440.3189-0.00710.2164-22.562423.5094-2.2449
52.3402-0.0055-0.20051.96160.20871.8176-0.1344-0.16940.3718-0.28630.12430.1291-1.064-0.00920.08050.63380.02740.00490.237-0.03470.2847-19.977831.8943-8.6492
61.55090.00810.41.21270.28432.3537-0.2248-0.03120.3034-0.27250.0888-0.0171-0.88680.07770.0940.54830.00550.02190.21810.00560.2679-19.77929.9262-17.479
71.9167-0.2802-0.62671.73890.29931.4481-0.04470.20360.202-0.05020.06910.36580.1177-0.57190.01450.1874-0.05060.00320.38760.0770.3227-52.696518.3894-44.4039
81.50590.0439-0.25321.2718-0.27722.83440.01860.12950.2147-0.01230.11310.3358-0.3239-0.6719-0.13530.17530.0532-0.0180.33180.05950.2769-49.653328.595-48.3265
91.698-0.4837-0.70862.0952-0.11423.01120.09780.06630.2694-0.13130.0410.0742-0.3569-0.247-0.12810.22540.01010.00930.20810.04630.2804-40.151731.3699-52.203
102.8398-0.5154-0.36632.45-0.01953.20910.12210.3979-0.1047-0.4628-0.0608-0.16420.2968-0.1906-0.07250.2731-0.01670.01770.25950.02240.1809-34.209615.7765-61.3364
112.489-0.173-0.43831.666-0.12362.4037-0.12130.0795-0.3717-0.2710.07650.08650.5681-0.27480.02640.2944-0.0854-0.01140.20130.02220.2568-40.17457.8915-53.0919
121.5634-0.7297-0.34251.68340.13722.668-0.17760.0309-0.23510.03630.09820.12780.5264-0.29570.04290.3611-0.05280.02920.21430.03140.277-39.54737.511-46.8872
131.59960.215-0.63652.36640.22932.9362-0.05940.2045-0.0951-0.3414-0.0311-0.08030.08220.03380.07640.20390.030.03660.2086-0.00240.20231.92720.5388-64.3819
142.14730.6256-1.04811.8171-0.04723.1966-0.12330.1836-0.3069-0.1875-0.0305-0.09010.26760.04540.1450.24430.04640.03850.2252-0.01840.26151.086613.8195-61.3885
151.60790.2187-0.47871.77370.10832.4586-0.06240.1284-0.2886-0.1632-0.0692-0.18560.42460.21590.1620.30560.06840.06940.2172-0.00830.31594.04679.5147-56.7635
164.976-0.8769-1.352.96150.0863.8629-0.5456-0.0397-0.58530.32360.1042-0.12450.83050.13480.38740.37430.01820.04780.19060.01770.3236-1.18285.7954-48.215
171.62950.1182-0.851.3660.42842.8821-0.2197-0.3492-0.41170.24970.0019-0.04440.57570.31720.18460.26150.05940.01870.25310.05920.24641.213412.787-42.8709
181.5723-0.78590.11122.8478-0.95332.29640.016-0.1910.14310.1472-0.02220.0392-0.22020.04280.01430.2022-0.01940.00960.2312-0.03790.2176-2.756531.6091-43.3151
192.65490.4809-0.36491.9311.52123.64260.08590.3290.216-0.3589-0.10690.0745-0.4986-0.11850.01960.22770.01630.01420.21970.0150.2397-0.291633.2034-58.5941
201.1812-0.0361-0.59493.1714-0.90241.5988-0.0174-0.33790.07730.1382-0.1294-0.6795-0.10880.43590.16760.27-0.05440.01820.35140.00210.372711.3432.8327-47.1117
214.2702-1.1732-0.04263.28830.59662.5815-0.2012-0.4196-0.34510.52980.18640.27330.4587-0.4641-0.04830.3643-0.03210.09660.33690.01440.27678.839621.1699-10.5599
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242.9605-0.22930.94753.13210.71981.7497-0.0692-0.32970.91360.25810.3698-0.6587-0.63820.3361-0.11790.4295-0.0598-0.03240.3613-0.16660.61824.629533.8815-12.2091
251.22461.17861.46392.98421.22121.80540.07620.23210.56060.00710.3286-1.0396-0.23790.8935-0.39540.33-0.0681-0.06620.6236-0.22430.856635.354530.154-16.1286
262.8881-1.2522-0.3094.23920.98363.80170.07910.2737-0.43950.25160.0798-0.18580.63940.2084-0.14280.34270.0294-0.03860.2591-0.07270.413223.841411.2454-20.0534
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 40 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 41 THROUGH 157 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 158 THROUGH 180 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 181 THROUGH 237 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 238 THROUGH 268 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 269 THROUGH 318 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 40 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 41 THROUGH 106 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 107 THROUGH 176 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 177 THROUGH 237 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 238 THROUGH 285 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 286 THROUGH 321 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'C' AND (RESID 1 THROUGH 64 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'C' AND (RESID 65 THROUGH 106 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'C' AND (RESID 107 THROUGH 137 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'C' AND (RESID 138 THROUGH 158 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'C' AND (RESID 159 THROUGH 193 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'C' AND (RESID 194 THROUGH 268 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'C' AND (RESID 269 THROUGH 297 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'C' AND (RESID 298 THROUGH 318 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'D' AND (RESID 2 THROUGH 40 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'D' AND (RESID 41 THROUGH 64 )D0
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24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'D' AND (RESID 107 THROUGH 176 )D0
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26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'D' AND (RESID 200 THROUGH 297 )D0
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'D' AND (RESID 298 THROUGH 318 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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