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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p2i | ||||||||||||
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タイトル | Dimethylated fusion protein of RSL and nucleoporin peptide (Nup) in complex with cucurbit[7]uril, F432 cage assembly | ||||||||||||
要素 | Fucose-binding lectin protein | ||||||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / biomaterials (生体材料) / coiled coil (コイルドコイル) / crystal engineering / IDP / macrocycle (大員環化合物) | ||||||||||||
機能・相同性 | Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / carbohydrate binding / methyl alpha-L-fucopyranoside / cucurbit[7]uril / Fucose-binding lectin protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Ralstonia solanacearum (青枯病菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.489 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Guagnini, F. / Ramberg, K. / Crowley, P.B. | ||||||||||||
資金援助 | アイルランド, 3件
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引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2021 タイトル: Segregated Protein-Cucurbit[7]uril Crystalline Architectures via Modulatory Peptide Tectons. 著者: Ramberg, K.O. / Guagnini, F. / Engilberge, S. / Wronska, M.A. / Rennie, M.L. / Perez, J. / Crowley, P.B. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p2i.cif.gz | 140.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p2i.ent.gz | 112.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p2i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/7p2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/7p2i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11074.176 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (青枯病菌) 遺伝子: E7Z57_08365, HXP36_18875, RSP795_21825, RSP822_19650, RUN39_v1_50103 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4TLR1 #2: 糖 | ChemComp-MFU / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25 % PEG 3350 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 0.2 M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.489→100.36 Å / Num. obs: 56936 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 1.4 / Rrim(I) all: 0.012 / Net I/σ(I): 28.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.489→1.52 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2792 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2BT9 解像度: 1.489→100.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU R Cruickshank DPI: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.067 / SU Rfree Blow DPI: 0.064 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.059
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原子変位パラメータ | Biso max: 136.73 Å2 / Biso mean: 24.94 Å2 / Biso min: 13.53 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.489→100.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.489→1.52 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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